基于转录组测序筛选黄牛低氧适应性相关差异基因
发布时间：2021-07-20 05:47
为探明藏黄牛对低氧适应的相关差异表达基因并分析差异表达基因功能和代谢通路,以藏黄牛和三江黄牛心脏组织为研究对象,提取总RNA,建立测序文库后利用Illumina HiSeqTM 4000进行测序,经生物信息学分析筛选出差异表达转录本,并对差异表达基因进行GO富集和KEGG通路分析,最后采用荧光定量PCR（RT-qPCR）验证测序数据的准确性。结果表明:藏黄牛相比于三江黄牛得到显著差异表达基因608个,其中上调基因467个,下调基因141个,推测表达量较高的B2M、COX7C、NFATC1、ECE1、CAST基因是与低氧适应性相关的基因;差异转录本GO功能富集分析可知,在分子功能、细胞组分、生物过程分别富集到327,253,2 191个条目,其中富集程度最高的条目分别是细胞发育过程、结合与转录因子活性、细胞前缘。KEGG分析结果表明,差异转录本显著富集在8条通路,筛选低氧适应性候选基因NFATC1是MP-PKG信号通路与T细胞受体信号通路成员,推测其通过cGMP-PKG通路与T细胞受体信号通路参与低氧适应性调控。采用高通量测序技术对藏黄牛和三江黄牛心脏组织进行转录组测序分析,获得大量差异...
【文章来源】：华北农学报. 2020,35(02)北大核心CSCD
【文章页数】：11 页
【部分图文】：
差异可变剪切分类和数量统计图
对所有样本转录本的表达量丰度进行比较,其中横坐标为log10(FPKM),数值越高表示转录本表达量越高;纵坐标为转录本的丰度,即为对应横轴表达量的转录本数 / 检测已表达转录本的总数。结果如图2显示,三江黄牛3个样本的转录本表达量丰度明显高于藏黄牛样本转录本的表达量。根据FPKM计算结果对转录本表达量进行计算,根据结果计算出各样品之间的相关性(图3)。以三江黄牛样本1与2组比较为例,r2值为0.973 7,表明其重复性高,数据准确且稳定。藏黄牛样本的相关性系数r2平均值为0.889 0,三江黄牛样本的相关性系数r2平均值为0.972 6。
根据FPKM计算结果对转录本表达量进行计算,根据结果计算出各样品之间的相关性(图3)。以三江黄牛样本1与2组比较为例,r2值为0.973 7,表明其重复性高,数据准确且稳定。藏黄牛样本的相关性系数r2平均值为0.889 0,三江黄牛样本的相关性系数r2平均值为0.972 6。2.5 mRNA差异表达分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]Blunted nitric oxide regulation in Tibetans under high-altitude hypoxia[J]. Yaoxi He,Xuebin Qi,Ouzhuluobu,Shiming Liu,Jun Li,Hui Zhang,Baimakangzhuo,Caijuan Bai,Wangshan Zheng,Yongbo Guo,Duojizhuoma,Baimayangji,Dejiquzong,Bianba,Gonggalanzi,Yongyue Pan,Qula,Cirenyangji,Wei Guo,Yangla,Yi Peng,Xiaoming Zhang,Kun Xiang,Zhaohui Yang,Liangbang Wang,Gengdeng,Yanfeng Zhang,Tianyi Wu,Bing Su,Chaoying Cui. National Science Review. 2018(04)
[2]基于RNA-Seq技术的牦牛体外受精胚胎发育转录组分析[J]. 字向东,罗斌,夏威,郑玉才,熊显荣,李键,钟金城,朱江江,张正帆. 中国农业科学. 2018(08)
[3]蒙古马高负荷运动训练前后miRNA差异表达分析[J]. 赵启南,芒来,白东义,赵一萍,李蓓,乌尼尔夫,乌英嘎,苏日嘎,敖乳嘎. 中国农业大学学报. 2018(03)
[4]不同海拔地区藏鸡生理生化指标的研究[J]. 王志敏,徐亚欧,杨磊,徐珑洋,王英明. 畜牧与饲料科学. 2018(02)
[5]半番鸭与番鸭精巢组织差异表达转录组测序分析[J]. 李丽,缪中纬,辛清武,朱志明,章琳俐,庄晓东,郑嫩珠. 中国农业科学. 2017(18)
[6]牦牛肺转录组图谱绘制及特有正选择遗传进化基因探究[J]. 杨琦玥,陈通,兰道亮,熊显荣,候定超,李键. 畜牧兽医学报. 2017(07)
[7]不同生长时期梅花鹿鹿茸转录组分析[J]. 张然然,刘华淼,王磊,邢秀梅,苏伟林,高兵. 畜牧兽医学报. 2017(02)
[8]牦牛、藏黄牛低氧适应血液生理表征研究[J]. 齐晓园,马黎,杨舒黎,孔小艳,严达伟. 黑龙江畜牧兽医. 2017(01)
[9]三江黄牛全基因组数据分析[J]. 宋娜娜,钟金城,柴志欣,汪琦,何世明,吴锦波,蹇尚林,冉强,蒙欣,胡红春. 中国农业科学. 2017(01)
硕士论文
[1]不同海拔高度来源山羊心肌、肺和背最长肌的转录组比较分析[D]. 李菁.四川农业大学 2016
[2]西藏藏猪耐低氧基因ECE1的分子克隆及其表达分析[D]. 王延东.山东农业大学 2016
本文编号：3292258
【文章来源】：华北农学报. 2020,35(02)北大核心CSCD
【文章页数】：11 页
【部分图文】：
差异可变剪切分类和数量统计图
对所有样本转录本的表达量丰度进行比较,其中横坐标为log10(FPKM),数值越高表示转录本表达量越高;纵坐标为转录本的丰度,即为对应横轴表达量的转录本数 / 检测已表达转录本的总数。结果如图2显示,三江黄牛3个样本的转录本表达量丰度明显高于藏黄牛样本转录本的表达量。根据FPKM计算结果对转录本表达量进行计算,根据结果计算出各样品之间的相关性(图3)。以三江黄牛样本1与2组比较为例,r2值为0.973 7,表明其重复性高,数据准确且稳定。藏黄牛样本的相关性系数r2平均值为0.889 0,三江黄牛样本的相关性系数r2平均值为0.972 6。
根据FPKM计算结果对转录本表达量进行计算,根据结果计算出各样品之间的相关性(图3)。以三江黄牛样本1与2组比较为例,r2值为0.973 7,表明其重复性高,数据准确且稳定。藏黄牛样本的相关性系数r2平均值为0.889 0,三江黄牛样本的相关性系数r2平均值为0.972 6。2.5 mRNA差异表达分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]Blunted nitric oxide regulation in Tibetans under high-altitude hypoxia[J]. Yaoxi He,Xuebin Qi,Ouzhuluobu,Shiming Liu,Jun Li,Hui Zhang,Baimakangzhuo,Caijuan Bai,Wangshan Zheng,Yongbo Guo,Duojizhuoma,Baimayangji,Dejiquzong,Bianba,Gonggalanzi,Yongyue Pan,Qula,Cirenyangji,Wei Guo,Yangla,Yi Peng,Xiaoming Zhang,Kun Xiang,Zhaohui Yang,Liangbang Wang,Gengdeng,Yanfeng Zhang,Tianyi Wu,Bing Su,Chaoying Cui. National Science Review. 2018(04)
[2]基于RNA-Seq技术的牦牛体外受精胚胎发育转录组分析[J]. 字向东,罗斌,夏威,郑玉才,熊显荣,李键,钟金城,朱江江,张正帆. 中国农业科学. 2018(08)
[3]蒙古马高负荷运动训练前后miRNA差异表达分析[J]. 赵启南,芒来,白东义,赵一萍,李蓓,乌尼尔夫,乌英嘎,苏日嘎,敖乳嘎. 中国农业大学学报. 2018(03)
[4]不同海拔地区藏鸡生理生化指标的研究[J]. 王志敏,徐亚欧,杨磊,徐珑洋,王英明. 畜牧与饲料科学. 2018(02)
[5]半番鸭与番鸭精巢组织差异表达转录组测序分析[J]. 李丽,缪中纬,辛清武,朱志明,章琳俐,庄晓东,郑嫩珠. 中国农业科学. 2017(18)
[6]牦牛肺转录组图谱绘制及特有正选择遗传进化基因探究[J]. 杨琦玥,陈通,兰道亮,熊显荣,候定超,李键. 畜牧兽医学报. 2017(07)
[7]不同生长时期梅花鹿鹿茸转录组分析[J]. 张然然,刘华淼,王磊,邢秀梅,苏伟林,高兵. 畜牧兽医学报. 2017(02)
[8]牦牛、藏黄牛低氧适应血液生理表征研究[J]. 齐晓园,马黎,杨舒黎,孔小艳,严达伟. 黑龙江畜牧兽医. 2017(01)
[9]三江黄牛全基因组数据分析[J]. 宋娜娜,钟金城,柴志欣,汪琦,何世明,吴锦波,蹇尚林,冉强,蒙欣,胡红春. 中国农业科学. 2017(01)
硕士论文
[1]不同海拔高度来源山羊心肌、肺和背最长肌的转录组比较分析[D]. 李菁.四川农业大学 2016
[2]西藏藏猪耐低氧基因ECE1的分子克隆及其表达分析[D]. 王延东.山东农业大学 2016
本文编号：3292258
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