山羊地方性鼻内肿瘤病毒ENTV/CH/GT/2015株全基因组cDNA文库的构建及生物信息学分析

发布时间：2021-07-28 20:34

　　为获得山羊地方性鼻内肿瘤病毒（ENTV-2）古田株（暂命名为:ENTV/CH/GT/2015株）全基因组序列。通过PCR方法从山羊鼻内肿瘤组织中分段扩增获得ENTV-2全基因组7个片段,目的片段经胶回收后分别连接至pMD19-T载体上,并转化至基因工程菌DH5a,提取阳性质粒进行测序,利用生物学软件对获得的序列进行拼接分析。获得ENTV/CH/GT/2015株全基因组序列长度为7 506 bp,包含相互重叠的gag-pro-pol-env编码区及5′端非编码区,并上传至GenBank上获得登录号为MK210250.1;与国外NC004994.2株和AY197548.2株核苷酸同源性均为87.5%,与国内ENTV-2CHN8株核苷酸同源性为97.7%。氨基酸序列分析结果显示,gag蛋白在124～126 aa插入GVE 3个氨基酸和229～232 aa插入APPP 4个氨基酸,env蛋白在590～593 aa处存在AESL 4个氨基酸的缺失;gag和env蛋白抗原表位分析结果显示,尽管存在氨基酸的突变和缺失,但抗原表位并没有明显差异。糖基化位点预测结果显示:gag、pro、pol和env蛋... 

【文章来源】：中国兽医学报. 2020,40(09)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

ENTV/CH/GT/2015全基因组扩增结果

将ENTV/CH/GT/2015株gag和env核苷酸序列推导氨基酸序列与其他参考株进行比较。ENTV/CH/GT/2015株gag蛋白序列与国内ENTV-2的相似性为88.6%～96.1%,与国外AY197548.2株和NC004994.2株的相似性均为88.9%,与ENTV-1的相似性为89.4%～89.7%,与JSRV的相似为89.1%～89.4%;ENTV/CH/GT/2015株 gag核苷酸推导的氨基酸序列与参考株相比,ENTV/CH/GT/2015株在124～126 aa插入GVE 3个氨基酸和229～232 aa插入APPP 4个氨基酸(图2)。env蛋白序列与国内 ENTV-2相似性为93.1%～97.7%,与国外AY197548.2株和NC004994.2株的相似性均为91.4%,与ENTV-1的相似性为86.6%～86.7%,与JSRV的相似性为89.7%～88.9%;ENTV/CH/GT/2015株env核苷酸推导的氨基酸序列与参考株相比,在590～593 aa处存在AESL 4个氨基酸缺失(图3)。图3 3种乙型逆转录病毒env基因核苷酸同源性比较

3种乙型逆转录病毒env基因核苷酸同源性比较

【参考文献】：
期刊论文
[1]山羊地方性鼻内肿瘤病毒Shaanxi株前病毒全基因组克隆及生物信息学分析[J]. 何亚鹏,付明哲,许信刚,庞文静,王景,周曼,张琪.  中国预防兽医学报. 2017(01)
[2]山羊地方性鼻内肿瘤病毒ENTV-SC株基因组cDNA文库的构建及生物信息学分析[J]. 冯迎春,颜其贵,郭万柱,王小玉,舒蕾.  中国兽医科学. 2011(02)
[3]山羊和绵羊地方性鼻内腺癌研究进展[J]. 张国俊,冯迎春,颜其贵,郭万柱,王小玉.  动物医学进展. 2009(11)



本文编号：3308599