苏尼特羊不同时期肌肉组织IncRNA的鉴定及功能预测
发布时间：2021-08-08 18:06
本研究利用RNA-Seq技术,对苏尼特羊120天胎儿和5月龄羔羊的骨骼肌组织进行了比较分析,筛选出差异表达lncRNA及其靶基因,并对预测的靶基因进行了GO和KEGG分析,同时对随机筛选的差异表达lncRNA进行了 qRT-PCR验证。通过对苏尼特羊骨骼肌相关lncRNA的研究,为进一步了解肌肉生长发育的遗传调控机制提供重要的理论基础,也为绵羊分子辅助育种提供新的途径。主要研究结果如下:（1）对比分析lncRNA与mRNA,发现与mRNA相比,lncRNA长度区间在200bp-3000bp的lncRNA数占lncRNA总数的80.0%。包含两个和三个外显子的lncRNA数占所有lncRNA的87.3%（971个）。mRNA的ORF长度明显大于lncRNA,对比lncRNA和mRNA的表达量,发现lncRNA的整体表达量明显低于mRNA（P<0.05）。（2）共发现了 1112个lncRNA,其中包括586个已知lncRNA和526个新lncRNA,其中肌肉不同发育时期差异表达的lncRNA数为626个,共靶向1273个mRNA编码基因。（3）通过对lncRNA在不同样本中的FPK...
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：49 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１实验研究技术路线??Ｆｉｇ．?１?Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ?ｒｅｓｅａｒｃｈ?ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ?ｒｏｕｔｅ??
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图３候选ＩｎｃＲＮＡ筛选结果图??Ｆｉｇｕｒｅ．３?Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ?ｒｅｓｕｌｔｓ?ｏｆ?ｃａｎｄｉｄａｔｅ?ＩｎｃＲＮＡ??
【参考文献】：
期刊论文
[1]F17大肠杆菌在湖羊羔羊个体脾脏中LncRNA表达谱变化[J]. 黄赛男,金澄艳,鲍建军,王悦,陈炜昊,吴天弋,王利宏,吕晓阳,高雯,王步忠,朱国强,戴国俊,孙伟. 中国农业科学. 2019(07)
[2]苏博美利奴羊毛囊发育不同时期皮肤组织LncRNAs及其靶基因的差异表达[J]. 朱桦,黄锡霞,田可川,何军敏,付雪峰,赵冰茹,徐新明,田月珍,阿布来提·苏来曼,陈华峰. 农业生物技术学报. 2018(12)
[3]腺苷酸活化蛋白激酶与脓毒症心功能不全的研究进展[J]. 李亚敏,乔建峰,张雯瑄,彭振宇. 中南大学学报(医学版). 2018(12)
博士论文
[1]Lnc-SEMT促进绵羊肌肉分化生成的功能研究[D]. 吴明明.中国农业大学 2016
[2]利用条件性敲除小鼠模型对mTOR在肌肉和脂肪发育中的功能研究[D]. 张朋朋.华中农业大学 2015
硕士论文
[1]绵羊骨骼肌lncRNA的表达分析及lncRNA-MRLN蛋白编码能力的分析[D]. 刘芝瑾.石河子大学 2019
[2]苏尼特羊BMPR-IB、BMP15和GDF9基因与多胎性状关联性分析及BMP15基因突变检测[D]. 杨艳影.内蒙古大学 2017
[3]绵羊GV期和MⅡ期卵母细胞差异mRNA和lncRNA的筛选[D]. 牛梦涵.安徽农业大学 2017
[4]肉用绵羊IncRNA特征分析及细胞水平功能验证[D]. 刘瑞凿.中国农业科学院 2015
[5]鸭MyoD1和Myf5基因CDS区克隆及其在肌肉组织中发育差异性表达研究[D]. 魏园丁.四川农业大学 2009
[6]骨骼肌在兴奋收缩偶联过程中超微结构形态变化实时研究[D]. 李霆.第二军医大学 2004
本文编号：3330426
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：49 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１实验研究技术路线??Ｆｉｇ．?１?Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ?ｒｅｓｅａｒｃｈ?ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ?ｒｏｕｔｅ??
?０．４??Ｔｏｔａｌ?２０．０??ＰＣＲ反应程序：９５°Ｃ反应３ｍｉｎ?；?９５°Ｃ反应５ｓ，；?６０°Ｃ反应３０ｓ，共４０个循环，??９５°Ｃ反应１５ｍｉｎ，放于４°Ｃ保存。羔羊ＩｎｃＲＮＡ的相对表达量用２３＆ｅｔ法计算，并和??转录组测序结果进行比对验证。??３．?３结累与分析??３．?３．?１肌肉组织总ＲＮＡ提取检测结果??利用ＮａｎｏＤｒｏｐ２０００紫外分光光度计检测肌肉组织样本的总ＲＮＡ，ＯＤ２６０／２８０??值均在１．８－２．０之间，用１％琼脂糖凝胶电泳检测，如图２所示，２８ｓ、ＩＳｓ条带清晰完??整性良好，证明无蛋白和有机试剂污染，可以进行后续实验。???多?２８ｓ??Ｋ￣＞?１８ｓ??ｓｓ??图２肌肉组织总ＲＮＡ琼脂糖凝胶电泳检测结果??Ｆｉｇｕｒｅ．２?Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ?ｒｅｓｕｌｔｓ?ｏｆ?ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ?ａｇａｒｏｓｅ?ｇｅｌ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ?ｉｎ?ｍｕｓｃｌｅ?ｔｉｓｓｕｅ??３．３．２测序质量和序列比对??过滤分析测序得到的原始数据（Ｒａｗｒｅａｄｓ）如表５所示。两组样本的总ｃｌｅａｎ?ｒｅａｄｓ的??
图３候选ＩｎｃＲＮＡ筛选结果图??Ｆｉｇｕｒｅ．３?Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ?ｒｅｓｕｌｔｓ?ｏｆ?ｃａｎｄｉｄａｔｅ?ＩｎｃＲＮＡ??
【参考文献】：
期刊论文
[1]F17大肠杆菌在湖羊羔羊个体脾脏中LncRNA表达谱变化[J]. 黄赛男,金澄艳,鲍建军,王悦,陈炜昊,吴天弋,王利宏,吕晓阳,高雯,王步忠,朱国强,戴国俊,孙伟. 中国农业科学. 2019(07)
[2]苏博美利奴羊毛囊发育不同时期皮肤组织LncRNAs及其靶基因的差异表达[J]. 朱桦,黄锡霞,田可川,何军敏,付雪峰,赵冰茹,徐新明,田月珍,阿布来提·苏来曼,陈华峰. 农业生物技术学报. 2018(12)
[3]腺苷酸活化蛋白激酶与脓毒症心功能不全的研究进展[J]. 李亚敏,乔建峰,张雯瑄,彭振宇. 中南大学学报(医学版). 2018(12)
博士论文
[1]Lnc-SEMT促进绵羊肌肉分化生成的功能研究[D]. 吴明明.中国农业大学 2016
[2]利用条件性敲除小鼠模型对mTOR在肌肉和脂肪发育中的功能研究[D]. 张朋朋.华中农业大学 2015
硕士论文
[1]绵羊骨骼肌lncRNA的表达分析及lncRNA-MRLN蛋白编码能力的分析[D]. 刘芝瑾.石河子大学 2019
[2]苏尼特羊BMPR-IB、BMP15和GDF9基因与多胎性状关联性分析及BMP15基因突变检测[D]. 杨艳影.内蒙古大学 2017
[3]绵羊GV期和MⅡ期卵母细胞差异mRNA和lncRNA的筛选[D]. 牛梦涵.安徽农业大学 2017
[4]肉用绵羊IncRNA特征分析及细胞水平功能验证[D]. 刘瑞凿.中国农业科学院 2015
[5]鸭MyoD1和Myf5基因CDS区克隆及其在肌肉组织中发育差异性表达研究[D]. 魏园丁.四川农业大学 2009
[6]骨骼肌在兴奋收缩偶联过程中超微结构形态变化实时研究[D]. 李霆.第二军医大学 2004
本文编号：3330426
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