8株分离自四川、贵州地区猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株的全基因组特征分析

发布时间：2021-09-01 13:20

　　本研究旨在了解近年来我国四川、贵州地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的分子流行病学及遗传变异情况,对该地区2016—2018年间采集的8份PRRSV阳性样品进行病毒分离鉴定和全基因组测序,进一步使用RDP4和Simplot生物软件对全基因序列进行重组分析。结果显示,8个PRRSV毒株全基组全长为15 010～15 321 nt,毒株间相似性为80.9%～91.7%。NSP2氨基酸分析结果显示,4个毒株表现出与HP-PRRSV毒株一致的30 aa缺失,另外4株表现出与NADC30毒株一致的131 aa缺失。其中,GZgy17表现为"1+19+29 aa"新型缺失模式。ORF5氨基酸分析显示,3个毒株在33位点出现新型的1 aa缺失。遗传重组分析显示,8个毒株表现出PRRSV-2毒株6种不同谱系（Lineage）间的重组方式,分别如下:1) SCnj16:L8+L1; 2) SCxyz17:L1+L5; 3) SCya18:L1+L3; 4) GZgy17:L8+L3; 5) SCcd17和SCN17:L1+L8+L5; 6) SCcd16和SCya17:L1+L8+L3。本研究结果... 

【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(06)北大核心CSCD

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

PRRSV分离株全基因组RT-PCR 扩增凝胶电泳图

使用重组分析软件(RDP4和SimPlot软件)对这8株病毒全基因组进行遗传重组分析。将分离毒株作为目的比对序列,各亚群代表毒株(JXA1、VR-2332、CH-1a、QYYZ和NADC30)或中国流行的PRRSV毒株作为参考序列,使用重组分析软件Simplot和RDP4对其毒株全基因组序列进行遗传重组分析。结果显示,2016—2018年8株西南地区的PRRSV分离株共表现出6种不同的重组方式,分别如下,1) SCnj16: L8+L1; 2) SCxyz17: L1+L5; 3) SCya18: L1+L3; 4) GZgy17: L8+L3; 5) SCcd17和SCN17: L1+L8+L5; 6) SCcd16和SCya17: L1+L8+L3(图4)。图4 8株PRRSV分离株全基因组重组分析结果

8株PRRSV分离株全基因组重组分析结果

【参考文献】：
期刊论文
[1]从疑似PRRS流产胎儿分离PRRSV的研究[J]. 郭宝清,陈章水,刘文兴,崔益洙.  中国畜禽传染病. 1996(02)



本文编号：3377052