新城疫病毒感染鸡胚成纤维细胞的mRNAs和lncRNAs的研究

发布时间：2021-09-15 17:16

　　新城疫（Newcastle disease,ND）是由新城疫病毒（NDV）引起的一种烈性病毒性传染病,是当今全球范围内最严重的家禽传染病之一,被国际兽疫局列为必须报告的疾病,其强毒可引起全身性出血和胃肠道病变,引起家禽的大量死亡,是严重危害养禽业的烈性传染病。尽管已有多种新城疫病毒疫苗问世,但世界动物卫生组织（OIE）最新数据显示新城疫病毒在全球的流行并无减缓趋势,随着Class I新城疫病毒的出现,新城疫病毒防控面临着新的挑战。因此,认识新城疫病毒的复制机制以及新城疫病毒与宿主的相互作用对于新城疫的防控十分重要,研究新城疫病毒与宿主细胞互作有利于发现新的抗病毒靶点。在本研究中,我们用新城疫参考强毒Herts/33和弱毒LaSota分别感染了原代鸡胚成纤维细胞,经转录组测序和生物信息学分析发现,感染新城疫参考强毒Herts/33后获得1ncRNA992条,感染新城疫参考弱毒LaSota后获得1ncRNA572条,其中404条是感染新城疫参考强毒Herts/33和参考弱毒LaSota共有的;,感染新城疫参考强毒Herts/33后获得mRNA7603条,感染新城疫参考弱毒LaSota后获得... 

【文章来源】：中国农业科学院北京市

【文章页数】：56 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一部分 引言
    1.1 利用测序技术分析病毒-宿主相互作用
        1.1.1 一代、二代和三代测序技术原理与比较
        1.1.2 利用转录组分析病毒-宿主相互作用
    1.2 非编码RNA与病毒感染
        1.2.1 非编码RNA
        1.2.2 长链非编码RNA与病毒感染
        1.2.3 鸡的长链非编码RNA的发现和研究
    1.3 新城疫病毒
    1.4 研究目的和意义
第二部分 NDV感染鸡胚成纤维细胞的mRNAs分析
    2.1 材料和方法
        2.1.1 原代鸡胚成纤维细胞和病毒制备
        2.1.2 病毒感染
        2.1.3 RNA提取
        2.1.4 RNA测序
        2.1.5 生物信息学分析
        2.1.6 编码潜能分析
        2.1.7 表达分析
        2.1.8 GO富集分析和KEGG pathway分析
        2.1.9 ISGs分析
        2.1.10 荧光定量PCR对转录组数据的验证
    2.2 结果
        2.2.1 新城疫病毒感染CEFs编码转录本的鉴定
        2.2.2 新城疫病毒感染引起的转录本变化
        2.2.3 差异表达基因的功能分析
        2.2.4 对感染NDV后CEFs细胞的ISG分析
        2.2.5 荧光定量PCR对转录组数据的验证
    2.3 讨论
第三部分 NDV感染鸡胚成纤维细胞的lncRNAs分析
    3.1 材料和方法
        3.1.1 样品制备与测序
        3.1.2 lncRNA筛选
        3.1.3 lncRNA定量分析
        3.1.4 用实时荧光定量PCR对lncRNA数据的验证
        3.1.5 与病毒复制有关的lncRNA的筛选
        3.1.6 针对lncRNA LNC_000710 RNAi靶点的筛选
        3.1.7 lncRNA LNC_000710与病毒复制的关系
        3.1.8 lncRNA LNC_000710在不同感染剂量后的表达
        3.1.9 获得lncRNALNC_000710的全长
        3.1.10 lncRNA LNC_000710的亚细胞定位
    3.2 结果
        3.2.1 新城疫病毒感染CEFs lncRNA的鉴定
        3.2.2 实时荧光定量PCR对lncRNA测序数据的验证
        3.2.3 筛选与病毒复制有关的lncRNA
        3.2.4 针对lncRNA LNC_000710 RNAi靶点的筛选
        3.2.5 lncRNA LNC_000710与病毒复制的关系
        3.2.6 lncRNA LNC_000710在不同感染剂量后的表达
        3.2.7 lncRNA LNC_000710 RACE结果
        3.2.8 lncRNA LNC_000710的亚细胞定位
    3.3 讨论
全文总结
参考文献
致谢
博士后期间发表文章及基金资助


【参考文献】：
期刊论文
[1]我国当前新城疫流行概况及防控对策[J]. 张明富,郎应仁.  河南农业. 2016(28)
[2]DNA测序技术的发展历史与最新进展[J]. 解增言,林俊华,谭军,舒坤贤.  生物技术通报. 2010(08)
[3]全胚连续消化制备鸡胚成纤维细胞技术研究[J]. 吴长新,甘军纪,刘秀梵,詹爱军.  生命科学研究. 1998(04)



本文编号：3396474