猪不同泌乳期乳汁Exosome中microRNA转录组的鉴定和表达谱分析

发布时间：2021-09-19 11:12

　　乳汁是哺乳动物新生儿最重要的营养和被动免疫来源,富含多种免疫成分,能够满足婴幼儿大脑发育、生长以及健康免疫系统的各种需求。动物体液中的microRNA （miRNA）通常被选择性地包裹在exosome中。Exosome是由很多种类的细胞所分泌的一种带膜囊泡,这些exosome中的miRNAs能够被主动地定向输送到受体细胞,并调节靶基因的表达和受体细胞的功能。本研究中,利用原子力显微镜（Atomic force microscope, AFM）证实猪乳汁中大量存在exosome的基础上,构建了约克夏猪整个泌乳期内（从初生到28日龄）6个不同泌乳阶段（出生后0、3、7、14、21和28d）乳汁exosome small RNA文库,以出生后0d和3d的乳汁作为初乳,其他日龄的乳汁作为常乳进行对比性分析,用高通量测序的方法分析和注解了初乳（0d和3d）和常乳（7、14、21和28d）exosome中的miRNA表达谱,筛选与免疫密切相关的miRNA,分析其在不同环境下的耐受（稳定）性；对免疫相关的miRNA在仅初乳和仅常乳喂养的仔猪体内的差异表达进行研究，通过仔猪活体模型研究以评估其在仔猪生... 

【文章来源】：四川农业大学四川省 211工程院校

【文章页数】：133 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
    1 Exosome与细胞外小泡体(EVs)
        1.1 EVs的研究进展
        1.2 人类体液中的EVs
        1.3 EVs的形成和分泌
        1.4 EVs的分离与鉴定
        1.5 细胞释放的小泡体的分类与特性
        1.6 EVs的功能
        1.7 人类医学中EVs的应用
        1.8 关于EVs研究存在的问题及未来发展方向
    2 miRNA与免疫调控
        2.1 miRNA概况
        2.2 细胞外miRNA的发现
        2.3 细胞外miRNA的存在形式
        2.4 细胞释放miRNA的选择性
        2.5 细胞外miRNA的生物学功能
        2.6 乳汁中的miRNA与免疫调节
    3 本研究的目的及意义
第二章 材料与方法
    1 实验猪只和乳汁收集
        1.1 实验猪只的选择
        1.2 乳汁采样时间的确定
        1.3 乳汁的收集
    2 乳汁exosome的AFM检测
        2.1 乳汁exosome的制备
        2.2 乳汁exosome的AFM检测
    3 乳汁exosome中RNA的抽提和分析
        3.1 乳汁exosome中RNA的抽提
        3.2 乳汁exosome中RNA的质量分析
    4 Small RNA测序及其功能与表达谱分析
        4.1 乳汁样品的分组和small RNA文库的构建
        4.2 Small RNA测序
        4.3 测序数据处理
        4.4 miRNA的预测和挖掘
        4.5 miRNA的表达特性和表达谱分析
    5 各泌乳阶段特异性高丰度miRNAs表达水平的q-PCR定量检测
        5.1 q-PCR的检测方法
        5.2 miRNA的表达水平分析
        5.3 高丰度miRNAs在不同泌乳期乳汁中的表达量差异分析
    6 猪乳汁exosome中miRNAs的稳定性分析
        6.1 极端环境条件处理
        6.2 miRNA表达水平的q-PCR定量检测
        6.3 统计分析和显著性检验
    7 饲喂初乳和常乳对仔猪的影响
        7.1 实验仔猪的选择
        7.2 饲养实验
        7.3 血液代谢指标和miRNA表达量分析
        7.4 统计分析和显著性检验
第三章 结果与分析
    1 猪乳汁中exosome的分离和检测
        1.1 乳汁exosome的制备
        1.2 乳汁exosome的AFM检测
        1.3 乳汁exosome的形态测定
    2 猪乳汁exosome中RNA的抽提和分析
        2.1 猪乳汁exosome中RNA的抽提
        2.2 猪乳汁exosome中的RNA分析
    3 猪乳汁exosome中miRNAs的分析鉴定
        3.1 猪乳汁exosome中small RNA文库的构建
        3.2 猪乳汁exosome中small RNA测序原始读数读取
        3.3 猪乳汁exosome small RNA文库的可定位读数的获取
        3.4 猪乳汁exosome中miRNA的鉴定和预测
        3.5 猪乳汁exosome中miRNA的同源性分析
        3.6 猪乳汁exosome中泌乳相关miRNA的表达谱和功能分析
    4 Exosome中免疫相关miRNA在初乳和常乳间的表达差异
    5 乳汁exosome来源miRNAs的抗降解能力和稳定性分析
    6 免疫相关miRNAs在仅喂初乳和仅喂常乳仔猪血液中的表达差异
        6.1 饲喂初乳对仔猪血液代谢指标的影响
        6.2 饲喂初乳对仔猪血液中免疫相关miRNAs表达量的影响
第四章 讨论
    1 关于猪乳汁exosome
    2 关于miRNA和猪乳汁exosome miRNAs
    3 相对基因芯片和q-PCR技术,高通量测序技术在mi RNAs挖掘研究中的前景与局限性
    4 关于exosome miRNA直接通过乳汁经消化道由母体传递给仔猪
    5 猪具有作为理想动物模型的优势
    6 关于miR-148a功能的相关研究
    7 乳汁中miRNA的筛选及其功能研究
第五章 结论
论文创新点
参考文献
致谢
附录
攻读学位期间发表的学术论文



本文编号：3401508