利用选择性清除方法鉴定牛繁殖性状相关的候选基因
发布时间：2021-09-24 07:07
为探究与牛繁殖性状相关的候选基因组区域和候选基因,采集97头郏县红牛和32头中国荷斯坦奶牛母牛血样并提取基因组DNA,利用简化基因组测序（SLAF-seq）技术获得了其全基因组SNP标记及个体基因型。通过计算各SNP位点的遗传分化系数（Fst）和核苷酸多态性（πratio）,利用选择性清除方法筛选2个品种间差异的基因组区域,并与动物QTL数据库中牛繁殖性状相关QTLs进行比对,将重合区域作为候选区域。在Animal Omics Database数据库中查看候选区域内基因在母牛繁殖相关组织中的表达情况,将表达量高（FPKM>10）的基因优先作为候选基因。结果显示,根据Fst值和πratio值的99%分位数（Fst>0.390,πratio>1.49）筛选得到了42个品种间高度差异的基因组区域,其中11个基因组区域与繁殖性状QTL重合。其中,9个基因在卵巢、输卵管壶腹部或黄体中表达（FPKM>1）。CFDP1、CFDP2和FAM204A基因在各组织中均高表达（FPKM>10）。以上结果提示,CFDP1、CFDP2和FAM204A基因可优先作为牛繁殖性状相关候选...
【文章来源】：河南农业科学. 2020,49(07)北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
郏县红牛和中国荷斯坦奶牛品种间差异的基因组区域
表1 郏县红牛和中国荷斯坦奶牛品种间与繁殖性状相关QTL重合的高差异基因组区域Tab.1 Highly diverged genomic regions between Jiaxian Red cattle and Chinese Holstein cattle which overlap with QTLs of reproductive traits 染色体Chromosome 开始位置/bpStart position 结束位置/bpEnd position Fst值Fst value π ratio值π ratio value 重合的繁殖性状相关QTLOverlapping QTLs of reproductive traits 1 77 220 001 77 320 000 0.53 2.18 每次怀孕授精次数(QTL_28557)、怀孕率(QTL_138545) 3 80 640 001 80 780 000 0.45 1.58 产犊后首次发情间隔(QTL_30280、QTL_30012、QTL_30048、QTL_30312) 3 92 200 001 92 300 000 0.80 1.95 产犊指数(QTL_15172)、产犊难易度(QTL_15173)、死产(QTL_15174) 6 12 230 001 12 350 000 0.48 1.51 产犊难易度(QTL_106433) 10 37 200 001 37 340 000 0.71 1.68 分娩至怀孕间隔(QTL_126860)、产犊后首次发情间隔(QTL_126861)、首次至最后一次授精间隔(QTL_126862) 17 31 700 001 31 810 000 0.42 2.96 黄体活力(QTL_120318) 18 2 720 001 2 840 000 0.40 1.51 女儿怀孕率(QTL_57109)、怀孕率(QTL_ 57153)、第一次怀孕时间(QTL_127017)、产犊指数(QTL_30538) 18 21 540 001 21 640 000 0.39 2.12 生育指数(QTL_30537) 25 27 800 001 27 900 000 0.42 11.22 父本怀孕率(QTL_124006)、产犊难易度(QTL_30564) 26 16 460 001 16 570 000 0.48 1.78 第一次怀孕时间(QTL_22897) 26 38 800 001 38 990 000 0.47 2.17 产犊难易度(QTL_52887、QTL_52902)、女儿怀孕率(QTL_52888)、死产(QTL_52903)3 结论与讨论
【参考文献】：
期刊论文
[1]郏县红牛生长发育性状全基因组关联分析[J]. 陈付英,牛晖,施巧婷,滑留帅,冯亚杰,徐照学,王二耀. 中国牛业科学. 2018(05)
[2]郏县红牛同期发情及超数排卵的研究[J]. 李志钢,王新庄,于文浩,石奎林,秦瑞峰,石育铭,翟明胜,刘远哲. 中国牛业科学. 2015(01)
[3]郏县红牛种质资源个性描述[J]. 魏成斌,吴姣,蔺萍,盛卫东,徐照学. 中国牛业科学. 2013(01)
博士论文
[1]奶牛繁殖性状遗传参数估计与基因组预测[D]. 刘澳星.中国农业大学 2018
本文编号：3407325
【文章来源】：河南农业科学. 2020,49(07)北大核心
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
郏县红牛和中国荷斯坦奶牛品种间差异的基因组区域
表1 郏县红牛和中国荷斯坦奶牛品种间与繁殖性状相关QTL重合的高差异基因组区域Tab.1 Highly diverged genomic regions between Jiaxian Red cattle and Chinese Holstein cattle which overlap with QTLs of reproductive traits 染色体Chromosome 开始位置/bpStart position 结束位置/bpEnd position Fst值Fst value π ratio值π ratio value 重合的繁殖性状相关QTLOverlapping QTLs of reproductive traits 1 77 220 001 77 320 000 0.53 2.18 每次怀孕授精次数(QTL_28557)、怀孕率(QTL_138545) 3 80 640 001 80 780 000 0.45 1.58 产犊后首次发情间隔(QTL_30280、QTL_30012、QTL_30048、QTL_30312) 3 92 200 001 92 300 000 0.80 1.95 产犊指数(QTL_15172)、产犊难易度(QTL_15173)、死产(QTL_15174) 6 12 230 001 12 350 000 0.48 1.51 产犊难易度(QTL_106433) 10 37 200 001 37 340 000 0.71 1.68 分娩至怀孕间隔(QTL_126860)、产犊后首次发情间隔(QTL_126861)、首次至最后一次授精间隔(QTL_126862) 17 31 700 001 31 810 000 0.42 2.96 黄体活力(QTL_120318) 18 2 720 001 2 840 000 0.40 1.51 女儿怀孕率(QTL_57109)、怀孕率(QTL_ 57153)、第一次怀孕时间(QTL_127017)、产犊指数(QTL_30538) 18 21 540 001 21 640 000 0.39 2.12 生育指数(QTL_30537) 25 27 800 001 27 900 000 0.42 11.22 父本怀孕率(QTL_124006)、产犊难易度(QTL_30564) 26 16 460 001 16 570 000 0.48 1.78 第一次怀孕时间(QTL_22897) 26 38 800 001 38 990 000 0.47 2.17 产犊难易度(QTL_52887、QTL_52902)、女儿怀孕率(QTL_52888)、死产(QTL_52903)3 结论与讨论
【参考文献】：
期刊论文
[1]郏县红牛生长发育性状全基因组关联分析[J]. 陈付英,牛晖,施巧婷,滑留帅,冯亚杰,徐照学,王二耀. 中国牛业科学. 2018(05)
[2]郏县红牛同期发情及超数排卵的研究[J]. 李志钢,王新庄,于文浩,石奎林,秦瑞峰,石育铭,翟明胜,刘远哲. 中国牛业科学. 2015(01)
[3]郏县红牛种质资源个性描述[J]. 魏成斌,吴姣,蔺萍,盛卫东,徐照学. 中国牛业科学. 2013(01)
博士论文
[1]奶牛繁殖性状遗传参数估计与基因组预测[D]. 刘澳星.中国农业大学 2018
本文编号：3407325
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3407325.html
