马体尺性状的全基因组关联分析

发布时间：2021-10-14 22:43

　　马匹（Equus caballus）体尺性状影响马运动性能,利用新技术研究马体尺性状为马匹运动性能的研究引入新方法。为丰富马体尺性状与运动性能的研究内容,探索间接调控运动性能的基因,本研究利用全基因组关联分析方法（genome-wide association study, GWAS）挖掘影响马体尺性状的遗传标记和功能基因。利用马670 K高密度芯片,对伊犁马、纯血马、俄罗斯速步马、奥尔洛夫马共4个品种157个个体的体尺性状（体高,体长,管围,尻高）及体尺指数（体长率,管围率,胸围率）进行全基因组关联分析。利用Plink1.9软件对SNP位点进行质控,质控后剩余494 137个SNP用于后续关联分析。利用Ensembl等数据库进行基因注释和基因功能分析,通过基因组水平的Bonferroni校正,从体高、管围、尻高、胸围率、管围率5个性状中分别检测到3、15、1、1和9个潜在显著关联的SNP （P<9.29E-06）,未检测到与体长和体长率显著相关的SNP。结果发现泛素结合酶E2家族的第三亚家族（ubiquitin conjugating enzyme E2 E3,UBE2E3）、... 

【文章来源】：农业生物技术学报. 2020,28(11)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

群体结构多维度分析

马体型结构影响马匹的运动性能。马匹的管部越长，运动过程中对肌腱和韧带的压迫较大，容易导致马匹奔跑时腿部相互碰撞，从而使马匹运动速度受阻；而管围粗的马匹，地面的冲击对马匹在运动时的前肢影响较大(Brenda,2007)。在傅晓峰(1990)研究中，管围和速度之间的相关性呈较强的负相关。在裴红罗(2003)的研究中，对于不同距离的比赛，管围越小，马匹的成绩越好，且短距离的比赛对马匹管围的要求更高。在李敏等(2014)研究中，管围和管围率与伊犁马的速度呈极显著负相关。管围的大小影响马匹运动速度，则与管围相关的基因影响马匹的运动性能。3.1 UBE2E3基因与运动性能

本研究采用MLM对4个品种马7个体尺指标性状(体高,体长,管围,尻高,体长率,胸围率,管围率)进行GWAS分析，校正方法为Bonferroni，即P值低于4.64 E-07 (0.05/107680)的SNP位点则认为与表型显著相关；P值低于9.29E-06 (1/107680)的SNP位点则认为与表型潜在相关。由图3可知，未发现在基因组水平与7个性状显著相关的SNP位点；与体高潜在关联的位点有3个；与管围潜在关联的位点有15个；与尻高潜在关联的位点有1个；与胸围率潜在关联的位点有1个；与管围率潜在关联的位点有9个；在全基因组水平没有与体长、体长率性状潜在关联的SNP位点。寻找可能影响体尺性状的关键位点，为关键基因的挖掘提供基础资料。


本文编号：3436954