太湖流域地方品种猪支原体肺炎遗传机制研究
发布时间：2021-10-23 01:00
本研究基于数量性状基因座（quantitative trait locus,QTL）对太湖流域地方品种关于猪支原体肺炎（mycoplasmal pneumonia of swine,MPS）的遗传机制展开了三个层面的研究:（1）MPS候选基因分析。借助语义相似性分析、通路分析、富集分析等对MPS相关QTL进行筛选与生物学注释,辅以文本挖掘手段,找出相关基因以建立猪支原体肺炎候选基因集（MPSgdb）;（2）MPS与经济性状的相关。根据MPSgdb及猪QTL数据库,利用生物信息学工具分析MPS可能影响的经济性状及其调控网络、作用通路等,找到潜在多效基因;（3）MPS的品种间差异。利用实验室的简化基因组测序方法（genotyping by genome reducing and sequencing,GGRS）测定数据,观察太湖群体与西方群体在MPS候选基因及多效基因的基因频率是否存在显著差异,从而找到造成品种差异的关键位点,完成候选基因的群体水平验证。研究目的在于利用相关理论与研究成果指导实际生产、提高生产效率、优化抗病育种,同时也为太湖流域地方品种罹患MPS较为严重的情况寻找历史依据。...
【文章来源】：上海交通大学上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：84 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
猪QTL数据库与外部公共数据库连接的概念结构图
第三章 MPS 与经济性状的相关搭载效应(hitchhikingeffect)是一种遗传进化机制，是指受选位点周围的中性或者近中性位点会随受选位点的频率提高而提高频率的现象。在搭载效应中，携带受选等位基因的单倍型的频率会迅速升高，从而导致受选位点周围区域发生强烈的连锁不平衡[53]。由于生产、经济等需要，在对物种的人工选择过程中，通常会对一些重要的经济性状进行选择，比如太湖流域地方品种的繁殖力、肉质、毛色、抗病等特性。那么在长期的驯化过程中，这些经过选择的性状特点就在群体中保留。从基因组结构的角度，即某些控制重要经济性状的基因组区段中极个别等位基因被选择保留下来，从而导致某些基因座的遗传多样性显著低于基因组的平均水平。同时，这种选择作用会产生搭载效应[54]（见图 3-1）。因此，可以通过观察某些基因组区段或基因座的多样性是否显著偏低，来判断其附近是否存在控制重要经济性状的基因或主效 QTL[54]。
图 3-1 MPS 候选基因关系网络 6Fig. 3-1 Network 6 of MPS candidate genes育、血液系统发育和功能、造血作用lar Development, Hematological System Development and Function,
【参考文献】：
期刊论文
[1]绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因预测分析[J]. 管毓渝,廖荣荣,王振,赵静,陈振亮,张哲,肖倩,孙浩,王起山,张向喆,杨长锁,潘玉春. 中国畜牧兽医. 2016(06)
[2]CYP1A1与PPAR-γ在猪肺炎支原体感染炎性反应调控中的作用关系[J]. 徐杰,赵为民,任守文,赵芳,周艳红,李惠侠,方晓敏. 畜牧兽医学报. 2016(03)
[3]猪支原体肺炎发生的品种敏感差异及分子基础[J]. 方晓敏,赵为民,付言峰,涂枫,李碧侠,王学敏,赵芳,任守文. 中国农业科学. 2015(14)
[4]上海地区规模猪场猪气喘病感染状况的调查[J]. 孙泉云,卫金良,甘叶青,夏炉明,卢军. 畜禽业. 2014(07)
[5]猪支原体肺炎研究进展[J]. 李莹莹,何颖,赵武,李斌,秦毅斌,卢冰霞,梁家幸,陆芹章. 动物医学进展. 2013(10)
[6]猪支原体肺炎的诊断与防治[J]. 程龙,辛蕊华,罗永江,王贵波,罗超应,谢家声,李锦宇,郑继方. 黑龙江畜牧兽医. 2013(19)
[7]猪气喘病的研究进展[J]. 杨莉,杨茂生,吴位珩,史开志,杨潇. 上海畜牧兽医通讯. 2011(06)
[8]肺炎支原体感染与哮喘的关系[J]. 黄寒,毛定安. 医学综述. 2010(20)
[9]猪支原体肺炎流行病学和诊断技术研究进展[J]. 王华,张清,王君玮,徐天刚,吴延功,王志亮. 动物医学进展. 2009(09)
[10]肺炎支原体与哮喘的关系[J]. 王晓芳,洪建国. 中国实用儿科杂志. 2009(08)
博士论文
[1]藏猪高海拔环境适应性分子机制探讨[D]. 董坤哲.中国农业科学院 2015
硕士论文
[1]CYP3A29基因在猪支原体肺炎发生过程中的作用研究[D]. 郅西柱.南京农业大学 2014
[2]基于基因本体（GO）的基因语义相似性度量方法的研究及应用[D]. 连爱娥.上海师范大学 2010
本文编号：3452163
【文章来源】：上海交通大学上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：84 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
猪QTL数据库与外部公共数据库连接的概念结构图
第三章 MPS 与经济性状的相关搭载效应(hitchhikingeffect)是一种遗传进化机制，是指受选位点周围的中性或者近中性位点会随受选位点的频率提高而提高频率的现象。在搭载效应中，携带受选等位基因的单倍型的频率会迅速升高，从而导致受选位点周围区域发生强烈的连锁不平衡[53]。由于生产、经济等需要，在对物种的人工选择过程中，通常会对一些重要的经济性状进行选择，比如太湖流域地方品种的繁殖力、肉质、毛色、抗病等特性。那么在长期的驯化过程中，这些经过选择的性状特点就在群体中保留。从基因组结构的角度，即某些控制重要经济性状的基因组区段中极个别等位基因被选择保留下来，从而导致某些基因座的遗传多样性显著低于基因组的平均水平。同时，这种选择作用会产生搭载效应[54]（见图 3-1）。因此，可以通过观察某些基因组区段或基因座的多样性是否显著偏低，来判断其附近是否存在控制重要经济性状的基因或主效 QTL[54]。
图 3-1 MPS 候选基因关系网络 6Fig. 3-1 Network 6 of MPS candidate genes育、血液系统发育和功能、造血作用lar Development, Hematological System Development and Function,
【参考文献】：
期刊论文
[1]绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因预测分析[J]. 管毓渝,廖荣荣,王振,赵静,陈振亮,张哲,肖倩,孙浩,王起山,张向喆,杨长锁,潘玉春. 中国畜牧兽医. 2016(06)
[2]CYP1A1与PPAR-γ在猪肺炎支原体感染炎性反应调控中的作用关系[J]. 徐杰,赵为民,任守文,赵芳,周艳红,李惠侠,方晓敏. 畜牧兽医学报. 2016(03)
[3]猪支原体肺炎发生的品种敏感差异及分子基础[J]. 方晓敏,赵为民,付言峰,涂枫,李碧侠,王学敏,赵芳,任守文. 中国农业科学. 2015(14)
[4]上海地区规模猪场猪气喘病感染状况的调查[J]. 孙泉云,卫金良,甘叶青,夏炉明,卢军. 畜禽业. 2014(07)
[5]猪支原体肺炎研究进展[J]. 李莹莹,何颖,赵武,李斌,秦毅斌,卢冰霞,梁家幸,陆芹章. 动物医学进展. 2013(10)
[6]猪支原体肺炎的诊断与防治[J]. 程龙,辛蕊华,罗永江,王贵波,罗超应,谢家声,李锦宇,郑继方. 黑龙江畜牧兽医. 2013(19)
[7]猪气喘病的研究进展[J]. 杨莉,杨茂生,吴位珩,史开志,杨潇. 上海畜牧兽医通讯. 2011(06)
[8]肺炎支原体感染与哮喘的关系[J]. 黄寒,毛定安. 医学综述. 2010(20)
[9]猪支原体肺炎流行病学和诊断技术研究进展[J]. 王华,张清,王君玮,徐天刚,吴延功,王志亮. 动物医学进展. 2009(09)
[10]肺炎支原体与哮喘的关系[J]. 王晓芳,洪建国. 中国实用儿科杂志. 2009(08)
博士论文
[1]藏猪高海拔环境适应性分子机制探讨[D]. 董坤哲.中国农业科学院 2015
硕士论文
[1]CYP3A29基因在猪支原体肺炎发生过程中的作用研究[D]. 郅西柱.南京农业大学 2014
[2]基于基因本体（GO）的基因语义相似性度量方法的研究及应用[D]. 连爱娥.上海师范大学 2010
本文编号：3452163
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