LncRNA-9560和LncRNA-9606调节猪流行性腹泻病毒复制的研究
发布时间：2021-10-26 16:39
长链非编码RNA（lncRNA）是一类具有多种功能的RNA分子,参与调控机体的生命活动。近期研究结果显示,在病毒感染的组织或细胞中lncRNA差异表达。目前,有关人类的lncRNA研究较多,而在动物体上的研究相对较少。本研究旨在分析猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染宿主细胞后lncRNA表达谱的变化以及差异表达的lncRNA对PEDV及宿主的调节功能。首先,为探究PEDV感染是否影响宿主lncRNA的表达水平,本研究对感染PEDV的猪小肠上皮细胞（IPEC-J2细胞）样本进行转录组测序及生物信息学分析,分析结果表明,PEDV可诱导IPEC-J2细胞中的lncRNA发生差异表达,且其表达水平随PEDV感染时间推移呈现不同倍数的增多或减少;采用基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）对差异表达的lncRNA进行功能富集,发现在PEDV感染后的不同时间点宿主lncRNA所富集的信号通路不尽相同,这表明宿主的主要生命过程随病毒感染的时间推移呈现动态变化。通过靶基因预测,发现lncRNA-9560和lncRNA-9606靶向同一个转录本,而该转录本编码的蛋白质与IgA生成密切相关。...
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：70 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
长链非编码RNA基于其基因序列与编码蛋白质的基因的相对位置的分类Fig.1-1CurrentclassificationoflongnoncodingRNAs(lncRNAs)basedonthepositionalrelationshipbetween
中国农业科学院硕士学位论文第二章PEDV感染IPEC-J2细胞lncRNA的转录组分析9(2)在EP管中加入RNAisoPlus的1/5体积量的三氯甲烷，剧烈震荡直至溶液由清亮变浑浊，室温静置10min。(3)于4℃12000g离心15min，此时溶液分为三层，上层水相中含RNA，下层酚相含DNA，中间的是蛋白质，吸取水相至新的EP管中。(4)加入异丙醇(RNAisoPlus的1/2体积量)，室温沉淀RNA10min后，于4℃12000g离心15min。(5)用1mL的75%的无水乙醇清洗沉淀，于4℃7500g离心5min，弃上清，加入无酶水溶解沉淀。(6)使用超微量分光光度计分析RNA样品的质量：主要检测A260/A280及A230/260比值。2.2.4.3RNA-seq文库构建及测序使用Ribo-ZerorRNAremovalKit去除总RNA中的核糖体RNA(rRNA)，使用RNA断裂试剂将RNA随机打断为200-500nt的短片段，以短片段为模板，用ProtoScriptII反转录酶、随机引物和ActinomycinD合成第一链cDNA，再加入第二链合成酶试剂盒(含dACG-TP/dUTP)合成第二链cDNA。用QiaQuickPCR试剂盒纯化双链cDNA，EB缓冲液洗脱，进行末端修复、加碱基A和测序接头，采用UNG酶降解第二条链cDNA，最后用琼脂糖凝胶电泳选择片段大小，PCR扩增，采用IlluminaHiSeqTM4000对建好的cDNA文库进行测序，cDNA文库构建示意图2-1所示：图2-1cDNA文库构建示意图Fig.2-1ConstructiondiagramofcDNAlibrary
中国农业科学院硕士学位论文第二章PEDV感染IPEC-J2细胞lncRNA的转录组分析11图2-2样品碱基位置质量分数分布Fig.2-2MassdistributionofbasepositionsofsequencingsamplesA-F分别为Mock36h，60h，72h和PEDV感染36h，60h，72h样品的碱基位置质量分数分布情况通过分析样品的碱基序列平均质量分布，判断测序质量，下图(图2-3)中X轴表示序列平均碱基质量值，Y轴是序列数量，当大部分碱基序列的平均质量值峰值大于30时，可以判断序列质量较好。由下图可知，六组RNA样品中的大部分碱基序列的平均质量值峰值均高于30，约为40左右，表明这六组样品的碱基序列平均质量较好。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Analysis of Expression Profiles of Long Noncoding RNAs and mRNAs in A549 Cells Infected with H3N2 Swine Influenza Virus by RNA Sequencing[J]. Yina Zhang,Tianqi Yu,Yingnan Ding,Yahui Li,Jing Lei,Boli Hu,Jiyong Zhou. Virologica Sinica. 2020(02)
[2]猪流行性腹泻病毒感染猪小肠上皮细胞miRNA表达谱分析及验证[J]. 张宸语,陈佳宁,温建新,刘光亮. 中国预防兽医学报. 2018(12)
[3]The long non-coding RNA expression profile of Coxsackievirus A16 infected RD cells identified by RNA-seq[J]. Yingying Shi,Huilin Tu,Xiong Chen,Yingying Zhang,Liujun Chen,Zhongchun Liu,Jiqun Sheng,Song Han,Jun Yin,Biwen Peng,Xiaohua He,Wanhong Liu. Virologica Sinica. 2016(02)
博士论文
[1]长链非编码RNA lncATV参与宿主抗病毒机制的研究[D]. 凡静静.北京协和医学院 2018
硕士论文
[1]猪流行性腹泻病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及其初步应用[D]. 王玄珂.华中农业大学 2013
本文编号：3459843
【文章来源】：中国农业科学院北京市
【文章页数】：70 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
长链非编码RNA基于其基因序列与编码蛋白质的基因的相对位置的分类Fig.1-1CurrentclassificationoflongnoncodingRNAs(lncRNAs)basedonthepositionalrelationshipbetween
中国农业科学院硕士学位论文第二章PEDV感染IPEC-J2细胞lncRNA的转录组分析9(2)在EP管中加入RNAisoPlus的1/5体积量的三氯甲烷，剧烈震荡直至溶液由清亮变浑浊，室温静置10min。(3)于4℃12000g离心15min，此时溶液分为三层，上层水相中含RNA，下层酚相含DNA，中间的是蛋白质，吸取水相至新的EP管中。(4)加入异丙醇(RNAisoPlus的1/2体积量)，室温沉淀RNA10min后，于4℃12000g离心15min。(5)用1mL的75%的无水乙醇清洗沉淀，于4℃7500g离心5min，弃上清，加入无酶水溶解沉淀。(6)使用超微量分光光度计分析RNA样品的质量：主要检测A260/A280及A230/260比值。2.2.4.3RNA-seq文库构建及测序使用Ribo-ZerorRNAremovalKit去除总RNA中的核糖体RNA(rRNA)，使用RNA断裂试剂将RNA随机打断为200-500nt的短片段，以短片段为模板，用ProtoScriptII反转录酶、随机引物和ActinomycinD合成第一链cDNA，再加入第二链合成酶试剂盒(含dACG-TP/dUTP)合成第二链cDNA。用QiaQuickPCR试剂盒纯化双链cDNA，EB缓冲液洗脱，进行末端修复、加碱基A和测序接头，采用UNG酶降解第二条链cDNA，最后用琼脂糖凝胶电泳选择片段大小，PCR扩增，采用IlluminaHiSeqTM4000对建好的cDNA文库进行测序，cDNA文库构建示意图2-1所示：图2-1cDNA文库构建示意图Fig.2-1ConstructiondiagramofcDNAlibrary
中国农业科学院硕士学位论文第二章PEDV感染IPEC-J2细胞lncRNA的转录组分析11图2-2样品碱基位置质量分数分布Fig.2-2MassdistributionofbasepositionsofsequencingsamplesA-F分别为Mock36h，60h，72h和PEDV感染36h，60h，72h样品的碱基位置质量分数分布情况通过分析样品的碱基序列平均质量分布，判断测序质量，下图(图2-3)中X轴表示序列平均碱基质量值，Y轴是序列数量，当大部分碱基序列的平均质量值峰值大于30时，可以判断序列质量较好。由下图可知，六组RNA样品中的大部分碱基序列的平均质量值峰值均高于30，约为40左右，表明这六组样品的碱基序列平均质量较好。
【参考文献】：
期刊论文
[1]Analysis of Expression Profiles of Long Noncoding RNAs and mRNAs in A549 Cells Infected with H3N2 Swine Influenza Virus by RNA Sequencing[J]. Yina Zhang,Tianqi Yu,Yingnan Ding,Yahui Li,Jing Lei,Boli Hu,Jiyong Zhou. Virologica Sinica. 2020(02)
[2]猪流行性腹泻病毒感染猪小肠上皮细胞miRNA表达谱分析及验证[J]. 张宸语,陈佳宁,温建新,刘光亮. 中国预防兽医学报. 2018(12)
[3]The long non-coding RNA expression profile of Coxsackievirus A16 infected RD cells identified by RNA-seq[J]. Yingying Shi,Huilin Tu,Xiong Chen,Yingying Zhang,Liujun Chen,Zhongchun Liu,Jiqun Sheng,Song Han,Jun Yin,Biwen Peng,Xiaohua He,Wanhong Liu. Virologica Sinica. 2016(02)
博士论文
[1]长链非编码RNA lncATV参与宿主抗病毒机制的研究[D]. 凡静静.北京协和医学院 2018
硕士论文
[1]猪流行性腹泻病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及其初步应用[D]. 王玄珂.华中农业大学 2013
本文编号：3459843
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3459843.html
