基于WGCNA方法筛选内蒙古绒山羊不同毛被类型相关基因及其分子机制的研究
发布时间：2021-10-27 03:02
内蒙古绒山羊是我国优良地方品种,所产山羊绒是毛纺织业中优质的天然纤维纺织原料,素有“纤维宝石”、“软黄金”等美誉。课题组前期对内蒙古绒山羊（阿尔巴斯型）生产性能数据进行分析,根据粗毛长度（毛长）将内蒙古绒山羊划分为长毛型（毛长>22 cm）、短毛型（毛长≤13 cm）和中间型（13 cm<毛长≤22 cm）这三种毛被类型,并发现毛长对绒毛其他重要经济性状的间接选择具有一定参考价值,选择长毛型个体能够提高产绒量,增加羊绒长度,降低羊绒细度。本研究在课题组前期研究基础上,对12个月内蒙古绒山羊长毛型和短毛型个体共72份皮肤组织转录组测序数据进行加权基因共表达网络分析（WGCNA）,探寻与不同毛被类型相关的共表达模块,挖掘候选基因,并对关键候选基因的相对表达量进行检测,对蛋白表达进行定位。研究得到以下主要结论:1、对72份转录组数据进行WGCNA分析,将基因划分为19个共表达模块,其中发现Magenta模块与毛被类型有较强的相关性。该模块共有128个基因,包括49个角蛋白相关基因及多个与脂肪代谢相关的基因。GO功能主要富集在细胞组分中,包括中间丝、中间纤维细胞骨架、细胞骨架和角蛋...
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：81 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３内蒙古绒山羊不同毛长分布图??
?内蒙古农业大学硕士学位论文?７＿??图４长毛型和短毛型绒山羊??Ｆｉｇ．４?Ｌｏｎｇ?ａｎｄ?ｓｈｏｒｔ?ｈａｉｒ?ｔｙｐｅ?ｃａｓｈｍｅｒｅ?ｇｏａｔｓ［１９Ｊ??注：左侧为长毛型绒山羊，右侧为短毛型绒山羊。??李学武（２０１９）?［２３，２８，２９］等进一步研究毛被类型的遗传规律，发现内蒙古绒山羊??长毛型个体的毛长性状具有较高的表型遗传多样性，其中长毛型、中间型和短毛型??毛长的遗传力分别为０．２２、０．１６和０．１１。并发现在三种毛被类型中，不同毛被类型??对其他重要经济性状均有显著性影响（表１），遗传评估发现各性状遗传力和遗传相??关也随毛长的增加而增加。其中长毛型的毛和绒最细，绒也最长，产绒量的表型值??最高，毛长性状遗传力最高，且遗传进展最快，遗传相关也最大。说明选择长毛型??个体能够提高产绒量，增加羊绒长度，降低羊绒细度。因此通过毛长能对产绒量和??绒细等其他绒毛品质性状进行间接选择，可提高选育效率，并加速遗传进展。??表１不同毛被类型对其他重要经济性状的方差分析??Ｔａｂｌｅ．?１?Ｖａｒｉａｎｃｅ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｉｍｐｏｒｔａｎｔ?ｅｃｏｎｏｍｉｃ?ｔｒａｉｔｓ?ａｔ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｔｙｐｅｓ?ｏｆ?ｓｔａｐｌｅ?Ｉｅｎｇｔｈ［２３１??＾?性状?短毛型?中间型?长毛型?—??产绒量?８６４．１１±１９１．０１Ａ?８４３．３４±１９３．５７ｃ?８４５．５５±２０５．８１Ｂ￣??毛细?６７．６０±６．９１Ａ?６５．６５±７．６４Ｂ?６２．６２±６．３３ｃ??毛长?９．９９±１．８９ｃ?１７．６１±２．４４Ｂ?２４．１０±１．８４Ａ??绒细?
的ＦＰＫＭ值｜亞?｜测序个体表型??＼???Ｉ??Ｉ??加权基因共表达网络分析（ＷＧＣＮＡ）??筛选共表达模块??，?１?，??基因表达模式分析ｊ?｜?ＧＯ富集分析１?［ＫＥＧＧ通路分析１?［基因共表达网络１?［蛋白互作网络??ｆＳ（??筛选与不同毛被类型相关的候选基因??，?１?，??候选基因相对表达量验证?免疫组化技术??（ｑＲＴ－ＰＣＲ）?定位候选基因蛋白表达位点??Ｖ?＾?＾???Ｊ??解析内蒙古绒山羊不同毛被类型相关基因及其分子机制??图５技术路线图??Ｆｉｇ．?５?Ｔｈｅ?ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ?ｒｏａｄｍａｐ??
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于WGCNA的马铃薯根系抗旱相关共表达模块鉴定和核心基因发掘[J]. 秦天元,孙超,毕真真,梁文君,李鹏程,张俊莲,白江平. 作物学报. 2020(07)
[2]基于加权基因共表达网络分析识别卵巢癌的特异性表达基因[J]. 连梅,邹亦庐,陈剑锋,陈杏婷,陈淑贤,郭玉佳. 临床合理用药杂志. 2019(35)
[3]利用WGCNA构建与胃癌发展进程相关的关键lncRNA网络[J]. 阮班来,王桂玲. 解剖科学进展. 2019(06)
[4]利用WGCNA鉴定玉米株高和穗位高基因共表达模块[J]. 马娟,曹言勇,王利锋,李晶晶,王浩,范艳萍,李会勇. 作物学报. 2020(03)
[5]苏博美利奴羊毛囊发育相关lncRNA与mRNA共表达网络的构建[J]. 陈华峰,田可川,黄锡霞,阿布来提·苏来曼,何军敏,田月珍,徐新明,付雪峰,赵冰茹,朱桦,哈尼克孜·吐拉甫. 中国农业科学. 2019(19)
[6]我国绒山羊产业发展历程、现状及展望[J]. 王宇翔. 现代畜牧兽医. 2019(07)
[7]FGF20、FGFR2和FGFR3在小鼠毛囊第一生长周期的定位和差异表达[J]. 闫瑞琴,牛姝,吴晋强,陆娜,张娇娇,吴佳豪,赫晓燕. 动物医学进展. 2019(05)
[8]常染色体隐性遗传性羊毛状发1例及基因突变研究[J]. 于聪,温广东,姚雪妍,徐宏俊,张建中,周城. 临床皮肤科杂志. 2019(05)
[9]我国绒毛羊产业现状及发展趋势与应对策略[J]. 田可川. 饲料与畜牧. 2019(06)
[10]成纤维细胞生长因子FGF11、13、18对小鼠毛囊第一生长周期作用的研究[J]. 曹校瑞,高淑媛,牛姝,程笳琪,赫晓燕. 中国兽医杂志. 2019(03)
博士论文
[1]内蒙古绒山羊毛被类型遗传规律及其对重要经济性状间接选择研究[D]. 李学武.内蒙古农业大学 2019
[2]不同毛被类型内蒙古绒山羊皮肤毛囊周期性生长及相关分子机理研究[D]. 范一星.内蒙古农业大学 2019
[3]绵羊角蛋白基因鉴定及毛用性状关联性研究[D]. 李文浩.甘肃农业大学 2019
[4]通过权重基因共表达网络鉴定与膀胱癌病理特征及临床预后相关的分子标志物[D]. 舒博.武汉大学 2018
[5]成纤维细胞生长因子20对毛囊生长、周期转换及再生作用机制的研究[D]. 徐学刚.中国医科大学 2018
[6]多组学研究揭示山羊高海拔适应性及产绒性状分子机制[D]. 宋伸.中国农业大学 2017
[7]内蒙古绒山羊胎儿期毛囊发生发育相关基因的筛选与鉴定[D]. 王乐乐.内蒙古农业大学 2016
[8]内蒙古绒山羊绒毛品质性状早期选择原理与方法的研究[D]. 王志英.内蒙古农业大学 2016
[9]新吉细毛羊和小尾寒羊的毛品质性状及皮肤转录组学研究[D]. 孙福亮.延边大学 2016
[10]基于转录组学滩羊卷曲被毛形成的分子机制研究[D]. 康晓龙.中国农业大学 2013
硕士论文
[1]褪黑激素对内蒙古绒山羊毛囊生长周期及Wnt10b、β-catenin基因表达的影响[D]. 穆卿.内蒙古农业大学 2018
[2]长毛兔候选基因5’调控区多态性及其与产毛性状的关联分析[D]. 张露.山东农业大学 2018
[3]基于RNA-seq分析褪黑素对内蒙古绒山羊毛囊发育相关基因表达的影响[D]. 王岩.内蒙古农业大学 2017
[4]KRT2基因在不同毛色羊驼皮肤中的表达及其对黑色素生成影响的研究[D]. 崔玉琮.山西农业大学 2017
[5]阿勒泰羊毛绒品质性状及KRT36基因遗传效应分析[D]. 张敏.新疆农业大学 2016
[6]陆川猪皮肤组织转录组测序及毛色决定分子机制初步分析[D]. 许钟峯.广西大学 2016
[7]中国美利奴羊（新疆型）KRT85、Notch2和ADAM9基因对毛性状的遗传效应研究[D]. 迪丽娜热·阿布都热合曼.新疆农业大学 2016
[8]内蒙古绒山羊不同毛被类型遗传规律及其对重要经济性状影响的研究[D]. 娜清.内蒙古农业大学 2016
[9]利用CRISPR-Cas9技术构建FGF21基因敲除小鼠及其对毛发生长的作用研究[D]. 张平.内蒙古大学 2016
[10]Wnt5a和FGF4基因对鹅毛囊及羽毛发育影响的研究[D]. 李瑶.吉林农业大学 2014
本文编号：3460737
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：81 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３内蒙古绒山羊不同毛长分布图??
?内蒙古农业大学硕士学位论文?７＿??图４长毛型和短毛型绒山羊??Ｆｉｇ．４?Ｌｏｎｇ?ａｎｄ?ｓｈｏｒｔ?ｈａｉｒ?ｔｙｐｅ?ｃａｓｈｍｅｒｅ?ｇｏａｔｓ［１９Ｊ??注：左侧为长毛型绒山羊，右侧为短毛型绒山羊。??李学武（２０１９）?［２３，２８，２９］等进一步研究毛被类型的遗传规律，发现内蒙古绒山羊??长毛型个体的毛长性状具有较高的表型遗传多样性，其中长毛型、中间型和短毛型??毛长的遗传力分别为０．２２、０．１６和０．１１。并发现在三种毛被类型中，不同毛被类型??对其他重要经济性状均有显著性影响（表１），遗传评估发现各性状遗传力和遗传相??关也随毛长的增加而增加。其中长毛型的毛和绒最细，绒也最长，产绒量的表型值??最高，毛长性状遗传力最高，且遗传进展最快，遗传相关也最大。说明选择长毛型??个体能够提高产绒量，增加羊绒长度，降低羊绒细度。因此通过毛长能对产绒量和??绒细等其他绒毛品质性状进行间接选择，可提高选育效率，并加速遗传进展。??表１不同毛被类型对其他重要经济性状的方差分析??Ｔａｂｌｅ．?１?Ｖａｒｉａｎｃｅ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｉｍｐｏｒｔａｎｔ?ｅｃｏｎｏｍｉｃ?ｔｒａｉｔｓ?ａｔ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｔｙｐｅｓ?ｏｆ?ｓｔａｐｌｅ?Ｉｅｎｇｔｈ［２３１??＾?性状?短毛型?中间型?长毛型?—??产绒量?８６４．１１±１９１．０１Ａ?８４３．３４±１９３．５７ｃ?８４５．５５±２０５．８１Ｂ￣??毛细?６７．６０±６．９１Ａ?６５．６５±７．６４Ｂ?６２．６２±６．３３ｃ??毛长?９．９９±１．８９ｃ?１７．６１±２．４４Ｂ?２４．１０±１．８４Ａ??绒细?
的ＦＰＫＭ值｜亞?｜测序个体表型??＼???Ｉ??Ｉ??加权基因共表达网络分析（ＷＧＣＮＡ）??筛选共表达模块??，?１?，??基因表达模式分析ｊ?｜?ＧＯ富集分析１?［ＫＥＧＧ通路分析１?［基因共表达网络１?［蛋白互作网络??ｆＳ（??筛选与不同毛被类型相关的候选基因??，?１?，??候选基因相对表达量验证?免疫组化技术??（ｑＲＴ－ＰＣＲ）?定位候选基因蛋白表达位点??Ｖ?＾?＾???Ｊ??解析内蒙古绒山羊不同毛被类型相关基因及其分子机制??图５技术路线图??Ｆｉｇ．?５?Ｔｈｅ?ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ?ｒｏａｄｍａｐ??
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于WGCNA的马铃薯根系抗旱相关共表达模块鉴定和核心基因发掘[J]. 秦天元,孙超,毕真真,梁文君,李鹏程,张俊莲,白江平. 作物学报. 2020(07)
[2]基于加权基因共表达网络分析识别卵巢癌的特异性表达基因[J]. 连梅,邹亦庐,陈剑锋,陈杏婷,陈淑贤,郭玉佳. 临床合理用药杂志. 2019(35)
[3]利用WGCNA构建与胃癌发展进程相关的关键lncRNA网络[J]. 阮班来,王桂玲. 解剖科学进展. 2019(06)
[4]利用WGCNA鉴定玉米株高和穗位高基因共表达模块[J]. 马娟,曹言勇,王利锋,李晶晶,王浩,范艳萍,李会勇. 作物学报. 2020(03)
[5]苏博美利奴羊毛囊发育相关lncRNA与mRNA共表达网络的构建[J]. 陈华峰,田可川,黄锡霞,阿布来提·苏来曼,何军敏,田月珍,徐新明,付雪峰,赵冰茹,朱桦,哈尼克孜·吐拉甫. 中国农业科学. 2019(19)
[6]我国绒山羊产业发展历程、现状及展望[J]. 王宇翔. 现代畜牧兽医. 2019(07)
[7]FGF20、FGFR2和FGFR3在小鼠毛囊第一生长周期的定位和差异表达[J]. 闫瑞琴,牛姝,吴晋强,陆娜,张娇娇,吴佳豪,赫晓燕. 动物医学进展. 2019(05)
[8]常染色体隐性遗传性羊毛状发1例及基因突变研究[J]. 于聪,温广东,姚雪妍,徐宏俊,张建中,周城. 临床皮肤科杂志. 2019(05)
[9]我国绒毛羊产业现状及发展趋势与应对策略[J]. 田可川. 饲料与畜牧. 2019(06)
[10]成纤维细胞生长因子FGF11、13、18对小鼠毛囊第一生长周期作用的研究[J]. 曹校瑞,高淑媛,牛姝,程笳琪,赫晓燕. 中国兽医杂志. 2019(03)
博士论文
[1]内蒙古绒山羊毛被类型遗传规律及其对重要经济性状间接选择研究[D]. 李学武.内蒙古农业大学 2019
[2]不同毛被类型内蒙古绒山羊皮肤毛囊周期性生长及相关分子机理研究[D]. 范一星.内蒙古农业大学 2019
[3]绵羊角蛋白基因鉴定及毛用性状关联性研究[D]. 李文浩.甘肃农业大学 2019
[4]通过权重基因共表达网络鉴定与膀胱癌病理特征及临床预后相关的分子标志物[D]. 舒博.武汉大学 2018
[5]成纤维细胞生长因子20对毛囊生长、周期转换及再生作用机制的研究[D]. 徐学刚.中国医科大学 2018
[6]多组学研究揭示山羊高海拔适应性及产绒性状分子机制[D]. 宋伸.中国农业大学 2017
[7]内蒙古绒山羊胎儿期毛囊发生发育相关基因的筛选与鉴定[D]. 王乐乐.内蒙古农业大学 2016
[8]内蒙古绒山羊绒毛品质性状早期选择原理与方法的研究[D]. 王志英.内蒙古农业大学 2016
[9]新吉细毛羊和小尾寒羊的毛品质性状及皮肤转录组学研究[D]. 孙福亮.延边大学 2016
[10]基于转录组学滩羊卷曲被毛形成的分子机制研究[D]. 康晓龙.中国农业大学 2013
硕士论文
[1]褪黑激素对内蒙古绒山羊毛囊生长周期及Wnt10b、β-catenin基因表达的影响[D]. 穆卿.内蒙古农业大学 2018
[2]长毛兔候选基因5’调控区多态性及其与产毛性状的关联分析[D]. 张露.山东农业大学 2018
[3]基于RNA-seq分析褪黑素对内蒙古绒山羊毛囊发育相关基因表达的影响[D]. 王岩.内蒙古农业大学 2017
[4]KRT2基因在不同毛色羊驼皮肤中的表达及其对黑色素生成影响的研究[D]. 崔玉琮.山西农业大学 2017
[5]阿勒泰羊毛绒品质性状及KRT36基因遗传效应分析[D]. 张敏.新疆农业大学 2016
[6]陆川猪皮肤组织转录组测序及毛色决定分子机制初步分析[D]. 许钟峯.广西大学 2016
[7]中国美利奴羊（新疆型）KRT85、Notch2和ADAM9基因对毛性状的遗传效应研究[D]. 迪丽娜热·阿布都热合曼.新疆农业大学 2016
[8]内蒙古绒山羊不同毛被类型遗传规律及其对重要经济性状影响的研究[D]. 娜清.内蒙古农业大学 2016
[9]利用CRISPR-Cas9技术构建FGF21基因敲除小鼠及其对毛发生长的作用研究[D]. 张平.内蒙古大学 2016
[10]Wnt5a和FGF4基因对鹅毛囊及羽毛发育影响的研究[D]. 李瑶.吉林农业大学 2014
本文编号：3460737
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