猪胴体性状全基因组关联分析及背膘厚主效基因筛选研究

发布时间：2021-10-27 16:53

　　本研究从基因组水平对猪的重要且复杂的经济性状-胴体性状研究，并筛选背膘厚性状的主效候选基因。本研究构建了大白猪×民猪F2代资源群体，对其应用Illumina Porcine SNP60K BeadChip基因分型，之后对猪的胴体性状进行了全基因组关联分析（Genome-wideAssociation Study, GWAS），并对背膘厚性状的显著区间深入研究筛选主效候选基因。1、对F2资源群体的头重、蹄重、板油重、背膘厚、胴体长、胴体重和屠宰体重七个性状进行描述分析，均值分别为7.52kg,1.69kg,1.46kg,3.84cm,95.58cm,78.96kg and109.11kg。2、根据GRAMMAR-GC （Genome-wide Rapid Association using the Mixed Model andRegression-Genomic Control）计算方法，应用R语言环境下GenABEL软件包和DMU软件对F2资源群体个体的头重、蹄重、板油重、背膘厚、胴体长、胴体重和屠宰体重7个性状进行全基因组关联分析。结果显示除胴体重外，其余6个指标均检测到了全基因组... 

【文章来源】：中国农业科学院北京市

【文章页数】：94 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
    1.1 全基因组关联分析
        1.1.1 GWAS 样本量
        1.1.2 GWAS 试验设计
        1.1.3 基因分型与质控
        1.1.4 性状选择
        1.1.5 数量性状遗传
        1.1.6 GWAS 统计分析
        1.1.7 GWAS 的局限
        1.1.8 GWAS 的研究进展
    1.2 RNA 干扰
        1.2.1 RNA 干扰概述
        1.2.2 RNAi 作用机制
        1.2.3 体外合成 siRNA 种类
        1.2.4 RNAi 的应用
    1.3 3T3-L1 前体脂肪细胞
    1.4 HMGA1 基因
    1.5 本研究目的及意义
第二章 猪部分胴体性状的 GWAS 研究
    2.1 试验材料
        2.1.1 试验动物
        2.1.2 组织样本的采集及保存
        2.1.3 仪器、主要试剂和溶液配制
    2.2 试验方法
        2.2.1 技术路线
        2.2.2 胴体表型性状测定
        2.2.3 全基因组 DNA 提取及检测
        2.2.4 SNP 基因型的判定
        2.2.5 对基因型数据进行质量控制
        2.2.6 数据分析
    2.3 试验结果与分析
        2.3.1 猪胴体性状表型数据分析结果
        2.3.2 质量控制
        2.3.3 全基因组关联分析
        2.3.4 群体分层结果分析
    2.4 讨论
        2.4.1 试验群体
        2.4.2 全基因组关联分析
        2.4.3 群体分层
        2.4.4 GWAS 分析结果讨论
    2.5 本章小结
第三章 背膘厚性状候选主效基因的筛选
    3.1 试验材料
        3.1.1 试验动物及组织样本采集
        3.1.2 仪器、主要试剂和溶液配制
    3.2 试验方法
        3.2.1 单倍型分析
        3.2.2 选择性清除分析(Selective sweep)
    3.3 试验结果
        3.3.1 单倍型分析结果
        3.3.2 选择性清除分析结果
        3.3.3 荧光定量 PCR 结果
    3.4 讨论
        3.4.1 单倍型分析
        3.4.2 选择性清除分析讨论
        3.4.3 候选基因确定的讨论
        3.4.4 荧光定量 PCR 结果讨论
    3.5 本章小结
第四章 HMGA1 基因功能的细胞验证
    4.1 试验材料
        4.1.1 细胞系
        4.1.2 仪器、主要试剂和溶液配制
    4.2 试验方法
        4.2.1 3T3-L1 前体脂肪细胞的培养
        4.2.2 3T3-L1 前体脂肪细胞油红 O 染色
        4.2.3 siRNA 干扰
    4.3 试验结果分析
        4.3.1 3T3-L1 前体脂肪细胞的培养及诱导分化
        4.3.2 siRNA 转染结果
        4.3.3 荧光定量 PCR
    4.4 讨论
    4.5 本章小结
第五章 全文结论
参考文献
附表
致谢
作者简历


【参考文献】：
期刊论文
[1]全基因组关联分析在畜禽中的研究进展[J]. 王继英,王海霞,迟瑞宾,郭建凤,武英.  中国农业科学. 2013(04)
[2]3T3-L1前脂肪细胞在功能性成分评价中的应用[J]. 蔡教英,刘姚,王文君,杨武英.  食品科学. 2011(21)
[3]RNA干扰的研究进展及应用[J]. 李方华,侯玲玲,苏晓华,郑扬,庞全海,关伟军,马月辉.  生物技术通讯. 2010(05)
[4]人类复杂疾病关联研究中群体分层的检出和校正[J]. 智联腾,周钢桥,贺福初.  遗传. 2007(01)
[5]脂肪细胞分化过程中的分子事件[J]. 庞卫军,李影,卢荣华,白亮,吴江维,杨公社.  细胞生物学杂志. 2005(05)



本文编号：3462006