安徽白山羊卵巢组织差异表达基因的筛选及分析

发布时间：2021-11-08 08:28

　　山羊（Capra hircus）是一种重要的经济动物,它为人们提供了优质的皮、毛和动物蛋白。山羊的产羔率较低,且遗传力也很低,限制了其育种进程。近年来全国肉羊产业发展迅速,传统的育种方法已经很难满足人们的需求。安徽白山羊以性早熟、繁殖力高而著称,母羊全年发情,一年产两胎或两年产三胎,产羔率高,是研究山羊繁殖性状的理想材料。相较于绵羊,山羊高繁殖力相关基因的研究成果还不多。因此,本研究选取单羔和多羔安徽白山羊发情期卵巢为试验材料,通过RNA-Seq（Quantification）的方法来筛选和分析它们之间的差异表达基因,寻找控制山羊高繁殖力的主效基因,为山羊的分子育种提供理论依据。本试验分为以下2个部分：1.单、多羔安徽白山羊卵巢组织差异表达基因的筛选和分析为了筛选与安徽白山羊高繁殖力相关的基因,根据羊场最近5年的繁殖记录,挑选单羔和多羔母羊各3只,利用RNA-Seq（Quantification）技术对单羔和多羔安徽白山羊卵巢组织进行了高通量测序,结果在2个文库里都产生了超过5,900,000的原始数据,纯净序列占原始数据的比例分别达到98.60%和98.16%。在15890个检测到的... 

【文章来源】：安徽农业大学安徽省

【文章页数】：70 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
英文缩略词表
第一章 文献综述
    1. 山羊高繁殖力相关基因的研究进展
        1.1 研究较深入的高繁殖力相关基因
            1.1.1 GDF9基因
            1.1.2 GnRHR基因
            1.1.3 BMP15基因
            1.1.4 INH基因
            1.1.5 FSHR基因
        1.2 有待深入研究的高繁殖力相关基因
            1.2.1 AA-NAT基因
            1.2.2 ADIPOQ基因
            1.2.3 NPY-Y1R基因
            1.2.4 OPN基因
            1.2.5 其它
        1.3 讨论与展望
    2. 筛选差异表达基因的主要研究方法
        2.1 mRNA差异显示技术(DDRT-PCR)
        2.2 代表性差异显示(RDA)
        2.3 基因表达系列分析(SAGE)
        2.4 基因芯片技术(Gene Chips)
        2.5 抑制消减杂交(SSH)
        2.6 RNA-Seq
        2.7 小结
第二章 单、多羔安徽白山羊卵巢组织差异表达基因的筛选与分析
    引言
    1 材料与方法
        1.1 安徽白山羊母羊主要繁殖性能的测定
        1.2 试验动物的筛选
        1.3 样品采集
        1.4 主要试剂和仪器
        1.5 RNA提取及质量分析
        1.6 文库的构建和测序
        1.7 测序数据分析
        1.8 基因表达量统计
        1.9 差异表达基因筛选
        1.10 GO基因功能分类和KEGG通路富集分析
        1.11 RNA-Seq数据的验证
    2 结果
        2.1 安徽白山羊母羊的主要繁殖性能
        2.2 RNA样品质量检测
        2.3 测序结果分析
        2.4 基因表达定量
        2.5 GO基因功能分类和KEGG Pathway显著性富集分析结果
        2.6 定量PCR验证
    3 讨论
        3.1 参考序列分析
        3.2 试验结果数据量分析
        3.3 与繁殖相关的信号通路分析
        3.4 表达量差异倍数最高的10个基因的功能
        3.5 前人已经研究过的与高繁殖力有关的基因
    4 小结
第三章 FER1L4和SRD5A2基因在山羊不同组织中的表达谱分析
    引言
    1 材料和方法
        1.1 试验材料
        1.2 主要试剂和仪器
        1.3 试验方法
    2 结果
        2.1 熔解曲线分析
        2.2 FER1L4在安徽白山羊不同组织表达谱
        2.3 SRD5A2在安徽白山羊不同组织表达谱
        2.4 FER1L4在波尔山羊不同组织表达谱
        2.5 SRD5A2在波尔山羊不同组织表达谱
    3 分析与讨论
        3.1 基因的时空表达谱分析
        3.2 FER1L4和SRD5A2的已知功能
        3.3 FER1L4和SRD5A2与山羊产羔数的关系
        3.4 FER1L4和SRD5A2表达的组织特异性
    4 小结
第四章 结论
参考文献
附录
致谢
个人简历


【参考文献】：
期刊论文
[1]猪Gli1基因的克隆、表达谱分析及脂肪组织特异性表达载体的构建[J]. 林佳丽,沈良才,潘登科,张瑾.  遗传. 2012(10)
[2]利用数字基因表达谱对小尾寒羊高繁性状相关基因的筛选研究[J]. 罗庆苗,秦晓玉,苗向阳.  中国农学通报. 2012(23)
[3]几种差异表达基因筛选方法比较[J]. 康晓龙,李新海,冯登侦.  中国兽医杂志. 2012(06)
[4]山羊溶酶体α-AMA基因的克隆、生物信息学及组织表达谱分析[J]. 孔祥雅,李义,程敏,荆新堂,李勤凡.  畜牧兽医学报. 2012(05)
[5]里岔黑猪GDF11基因cDNA的克隆及组织表达谱分析[J]. 邢晋祎,戈新,贾坤航,王建华,刘忠琛,李培培,张宝珣.  华北农学报. 2012(01)
[6]山羊UBA52基因多态性及其与繁殖性能的关系[J]. 王永娟,储明星,曹贵玲,王金玉,狄冉,方丽.  安徽农业大学学报. 2012(01)
[7]猪糖原合酶激酶3β基因的克隆、染色体定位和组织表达谱分析[J]. 袁继红,龙欢,林瑞意,杨在清.  中国畜牧兽医. 2011(07)
[8]莱芜猪PID1基因的功能分析及表达谱研究[J]. 钱源,曾勇庆,崔景香,陈其美,宋一萍,杜金芳,陈伟.  畜牧兽医学报. 2011(05)
[9]贵州白山羊和古蔺马羊脂联素基因多态性及其与繁殖性能的关联研究[J]. 刘重旭,王凭青,张宝云,储明星,邓腊梅,谭颖,樊奇.  中国农业科学. 2011(09)
[10]神经肽Y-Y1受体基因（NPY-Y1R）多态性及其与山羊繁殖性能关系[J]. 储明星,冯涛,赵有璋,张英杰,方丽,狄冉.  农业生物技术学报. 2009(06)

博士论文
[1]抑制素对山羊繁殖力的影响[D]. 赵中权.西南大学 2011
[2]山羊产羔和牛精液品质与卵泡发育性状主基因鉴定及功能研究[D]. 滑国华.华中农业大学 2009
[3]大足黑山羊地方类群多胎性及与周边山羊品种亲缘进化关系分子标记研究[D]. 杨国锋.甘肃农业大学 2006

硕士论文
[1]山羊骨桥蛋白基因（OPN）多态性及其与胎盘效率、繁殖性能的相关性研究[D]. 谢畅.西南大学 2011
[2]GnRH和GDF9基因多态性研究及其与山羊产羔数的关联分析[D]. 颜泉梅.西北农林科技大学 2010
[3]与山羊繁殖性能相关候选基因的研究[D]. 闫艳.重庆大学 2010
[4]山羊高繁殖力候选基因GnRHR、BMP6和BMP15的多态性及与繁殖性状的相关性研究[D]. 肖杰文.四川农业大学 2008
[5]催乳素受体基因单核苷酸多态性与山羊繁殖性能的相关研究[D]. 康峰.河北农业大学 2006
[6]山羊FSH受体基因第10外显子多态性及其与繁殖性状关系的研究[D]. 于艳.山东农业大学 2006
[7]山羊繁殖性状五个候选基因多态性及其与产羔数性状关联分析[D]. 滑国华.华中农业大学 2006
[8]绵、山羊MTNR1A基因的克隆测序及其与繁殖季节性的关联研究[D]. 程笃学.山西农业大学 2005



本文编号：3483368