蒙古羊全基因组测序及基于转录组分析的抗寒性状遗传基础研究

发布时间：2021-11-19 10:59

　　蒙古羊是我国古老的绵羊品种,以其抗逆性强、肉品质好而著称,其基因组中蕴藏着大量宝贵的遗传资源。本研究利用Illumina Hiseq2000测序平台和鸟枪法策略对蒙古羊进行了全基因组测序,为蒙古羊抗寒、抗病性强等优良性状相关基因的筛选提供了基础。测序结果显示蒙古羊基因组大小为2.91Gb,基因组组装的contigN50的长度为20.1K, scaffold N50的长度为2731.3K,平均GC含量为42%,平均覆盖深度达到40÷以上。重复序列的大小为1.01Gb,占基因组的34.71%,其中转座因子占90%以上。利用基因结构预测和功能预测,蒙古羊基因组中约有21,704个基因,其中能确定功能的数有20,600个,占基因总数的96.70%,非编码RNA的大小占基因组的0.015%。蒙古羊基因组共鉴定了17,015个基因家族,其中特有家族为30个,没有聚类的基因有1,063个在上述研究的基础上,采用aCGH芯片技术,以绵羊基因组序列为信息设计探针,构建了蒙古羊、哈萨克羊、藏羊、湖羊和杜泊羊的拷贝数变异多样性（CNVs）图谱。结果显示,共检测出51个CNVRs,包括24个扩张型,22个缺失... 

【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区

【文章页数】：125 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

GSFLX系统流程

Fig 1.1 Procedure of GS FLX system11111 mina 公司的 Genome Analyzer 于 2006 年问世，它是基于 Solexa技术的测序技术。Genome Analyzer技术同样是边合成边测序。将单链DNA “一端通过接头与芯片连接，另外一端和引物互补，形成桥状结构。每个单链DNA被扩增，成为单克隆的DNA族，然后线性化。在DNA合成时，焚光信号结果被收集，就可以得知每个模板DNA片段的序列丨33】。GenomeAnalyzer系统样品需要量低，操作简单，自动化程度高，运行成本较低，是性价比较高的新一代测序技术。Genome Analyzer系统流程见图1.2。

图1.3 SOLiD系统数据分析过程Figl.3 Procedure of SOLiD system近期出现的Helicos公司的Heliscope单分子测序仪、PacificBiosciences 公司的 SMRT 技术和 Oxford Nanopore Technologies 公司正在研

【参考文献】：
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本文编号：3504897