中国荷斯坦奶牛生产寿命、体型线性性状分子标记的研究

发布时间：2021-11-20 13:58

　　本研究基于本实验室之前对奶牛生产寿命和体型线性性状全基因组关联分析研究的基础上,选取IBSP基因的rs110298719,rs109305259以及METTL13基因的rs41257804等三个SNP位点进行扩大样本验证,并找寻一个新的候选基因FoxO1基因,结合PCR-SSCP 和 PCR-RFLP等技术分析其与奶牛生产寿命和体型线性性状的关系。除此之外,本试验还分析了奶牛体型线性性状和生产寿命的关系,试验结果如下：1. FoxO1基因第4外显子1 292位点处发生C/T突变,产生了一个BseG I酶切位点,酶切后产生CC, CT, TT三种基因型,其频率分别是0.9081,0.0854,0.0065。等位基因C的频率P（C）是0.95,等位基因T的频率P（T）为0.05。Ho为0.9065,He为0.0935,Ne为1.1032,PIC为0.0892,表现为低度多态。x2检验表明此位点在此群体中不符合哈代-温伯格平衡状态（P<0.05）。与生产寿命和奶牛体型线性性状进行关联分析（一般线性模型）表明TT基因型的奶牛总泌乳月数显著高于CC与CT型奶牛总泌乳月数（P<0.05... 

【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：72 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
缩略语表
1 文献综述
    1.1 引言
    1.2 试验的研究基础
    1.3 奶牛生产寿命的研究进展
        1.3.1 衡量奶牛生产寿命的指标
        1.3.2 奶牛生产寿命的遗传力估计
        1.3.3 影响奶牛生产寿命的因素
    1.4 候选基因及验证SNP所处基因的研究进展
        1.4.1 FoxO1基因的研究进展
        1.4.2 METTL13基因的研究进展
        1.4.3 IBSP基因的研究进展
        1.4.4 Rs109305259概述
2 试验研究目的和意义
3 试验材料和方法
    3.1 试验材料
        3.1.1 试验样本的采集
        3.1.2 主要仪器设备
        3.1.3 试验试剂及其配制
    3.2 试验方法
        3.2.1 奶牛基因组DNA的提取及浓度测定
        3.2.2 引物设计及聚合酶链式反应(PCR)的条件
        3.2.3 PCR产物的琼脂糖凝胶检测
        3.2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测
        3.2.5 PCR-SSCP检测
        3.2.6 PCR产物的回收与测序
        3.2.7 酶切分型
    3.3 试验数据的收集及统计分析方法
        3.3.1 奶牛体型线性性状
        3.3.2 奶牛生产寿命数据的收集
        3.3.3 群体遗传学研究及统计分析
4 试验结果与分析
    4.1 奶牛全基因组DNA的检测
    4.2 FoxO1基因
        4.2.1 FoxO1基因目的片段扩增产物
        4.2.2 FoxO1基因目的片段SNP的寻找
        4.2.3 FoxO1基因目的片段的回收测序
        4.2.4 FoxO1基因的酶切分型
        4.2.5 FoxO1基因的遗传信息
        4.2.6 FoxO1基因型与荷斯坦奶牛生产寿命和奶牛体型线性性状的关联分析
    4.3 IBSP基因
        4.3.1 IBSP基因目的片段扩增产物
        4.3.2 IBSP基因目的片段混合测序
        4.3.3 IBSP基因的酶切分型
        4.3.4 IBSP基因的遗传信息
        4.3.5 IBSP基因型与荷斯坦奶牛生产寿命的关联分析
    4.4 SNP Rs109305259位点
        4.4.1 Rs109305259所在目的片段扩增产物
        4 4.2 Rs109305259所在目的片段的回收测序
        4.4.3 Rs109305259所在目的片段的酶切分型
        4.4.4 Rs109305259所在片段的遗传学分析
        4.4.5 Rs109305259所在目的片段的基因型与荷斯坦奶牛生产寿命的关联分析
    4.5 METTL13基因
        4.5.1 METTL13基因目的片段扩增产物
        4.5.2 METTL13基因目的片段的回收测序
        4.5.3 METTL13基因的酶切分型
        4.5.4 METTL13基因遗传学分析
        4.5.5 METTL13基因型与荷斯坦奶牛体型线性性状的关联分析
    4.6 奶牛体型线性性状与奶牛生产寿命的关系
5 讨论
    5.1 武汉地区荷斯坦奶牛生产寿命和奶牛体型线性性状
    5.2 荷斯坦奶牛不同基因多态性研究与GWAS结果的对比
        5.2.1 最小等位基因频率的对比
        5.2.2 奶牛生产寿命和奶牛体型线性性状的对比
    5.3 荷斯坦奶牛FoxO1基因多态性与奶牛生产寿命和体型线性性状
    5.4 荷斯坦奶牛IBSP基因多态性及Rs109305259和奶牛生产寿命
    5.5 荷斯坦奶牛METTL13基因多态性和体型线性性状
6 小结
    6.1 试验的研究成果
    6.2 本试验的创新点
参考文献
致谢


【参考文献】：
期刊论文
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硕士论文
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本文编号：3507470