猪脂肪沉积性状的全基因组关联分析和一个位置候选基因IRS4的相关研究

发布时间：2021-12-24 12:44

　　脂肪沉积（Fat deposition）是猪生产及育种中最为重要的经济性状指标之一，猪皮下脂肪的含量，如背膘厚度和腹脂重，主要决定胴体品质；而肌内脂肪含量（IMF）主要影响猪肉质品质，如嫩度、多汁性及加工后的风味。本研究旨在鉴别影响猪脂肪沉积性状的数量性状位点（QTL），并对X染色体上主效QTL的位置候选基因IRS4进行研究，以期从分子水平解析猪脂肪沉积性状的遗传机理。本研究第一部分利用白色杜洛克×二花脸资源家系（926头F2代个体）、苏太猪（杜洛克和二花脸杂交的培育品种，408头）、纯种二花脸猪（317头）、纯种莱芜猪（316头）和杜长大三元杂交商品猪（610头）共5个实验群体的Illumina60K SNP基因型数据，针对腹脂重和胸部膘厚表型，开展单个群体的全基因组关联分析（GWAS），并合并相同屠宰日龄的F2群体和苏太猪群体进行荟萃GWAS分析（Meta-analysis），获得了以下结果：1、只在F2群体中鉴别到2个与腹脂重表型显著关联位点（SNPs），且都分布在7号染色体上，其余群体未检测出显著关联信号。2、在F2群体中鉴别到246个与胸部膘厚表型显著相关的SNPs，分布于4... 

【文章来源】：江西农业大学江西省

【文章页数】：52 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
    1 引言
    2 脂肪的形成机理
    3 研究猪胴体脂肪沉积在猪育种中的意义
    4 全基因组关联分析简介
        4.1 全基因组关联分析概述
        4.2 GWAS 的深度分析策略
    5 高通量基因表达谱（gene expression profile）
        5.1 数字基因表达谱概述
        5.2 高通量数字基因表达谱原理
    6 数量性状转录本（quantitative trait transcript，QTT）定位
    7 脂肪沉积性状在 X 染色体上 QTL 定位进展
    8 X 染色体上脂肪沉积候选基因 IRS4 的研究进展
        8.1 IRS4 基因介绍
        8.2 候选基因 IRS4 的研究进展
    9 本研究的目的和意义
第二章 研究正文
    第一部分：猪脂肪沉积性状的全基因组关联分析研究
        1 前言
        2 实验材料与方法
            2.1 实验动物
            2.2 样本采集与表型测定
            2.3 DNA 样本制备
            2.4 RNA 样品提取
            2.5 全基因组 60K SNP 芯片分型及质控
            2.6 GWAS 分析
            2.7 QTT 分析
        3 实验结果
            3.1 各实验群体表型值简单统计
            3.2 GWAS 分析结果
                3.2.1 腹脂重 GWAS 结果
                3.2.2 胸部膘厚 GWAS 分析结果
                3.2.3 QTT 分析结果
        4 分析与讨论
            4.1 位置候选基因的分析
            4.2 GWAS 与 QTT 定位结果的比较
            4.3 同一性状在不同群体信号异同
    第二部分：猪脂肪沉积性状候选基因 IRS4 的相关研究
        1 前言
        2 实验材料与方法
            2.1 实验动物
            2.2 样本采集与表型测定
            2.3 SNPS 的搜寻
            2.4 SNPS 的基因型检测
            2.5 关联分析统计方法
            2.6 生物信息学分析
        3 实验结果
            3.1 表型数据信息分析
            3.2 多态位点鉴定
            3.3 多态位点的基因检测
                3.3.1 多态位点基因型判定标准
                3.3.2 多态位点基因型判定结果分析
            3.4 关联性分析结果
                3.4.1 SNP 位点关联分析结果
                3.4.2 单倍型关联分析结果
            3.5 生物信息学分析
                3.5.1 IRS4 蛋白质的原子组成
                3.5.2 IRS4 蛋白质氨基酸组成及其理化性质
                3.5.3 二硫键、信号肽特殊结构预测
                3.5.4 糖基化和磷酸化位点预测
                3.5.5 蛋白质序列空间结构预测
                3.5.6 预测错义突变对氨基酸序列功能造成的影响
        4 分析与讨论
    第三部分：结论
        1 关于猪脂肪沉积性状的全基因组关联分析
        2 关于候选基因 IRS4 的相关研究
参考文献
附表一
附表二
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]A new approach to dissecting complex traits by combining quantitative trait transcript （QTT） mapping and diallel cross analysis[J]. YANG DaiGang 1,YE ChengYin 2,MA XiongFeng 1,ZHU ZhiHong 2,ZHOU XiaoJian 1,WANG HaiFeng 1,MENG QingQin 1,PEI XiaoYu 1,YU ShuXun 1 & ZHU Jun 2 1 Cotton Research Institute,Chinese Academy of Agricultural Sciences,State Key Laboratory of Cotton Biology,Anyang 455000,China;2 Department of Agronomy,Zhejiang University,Hangzhou 310058,China.  Chinese Science Bulletin. 2012(21)
[2]全基因组关联研究的深度分析策略[J]. 权晟,张学军.  遗传. 2011(02)
[3]DNA测序技术的发展历史与最新进展[J]. 解增言,林俊华,谭军,舒坤贤.  生物技术通报. 2010(08)
[4]提高肉猪胴体瘦肉率的途径[J]. 张正山.  畜牧与饲料科学. 2009(04)
[5]脂肪型和瘦肉型猪肌肉生长和脂肪沉积相关基因的差异表达分析和调控网络构建[J]. 李明洲,李学伟,朱砺,滕晓坤,肖华胜,帅素容,陈磊,李强,郭玉姣.  自然科学进展. 2008(02)
[6]减少猪脂肪沉积的调控方法[J]. 刘希颖,边连全,尤佳.  猪业科学. 2006(10)
[7]猪胴体脂肪沉积性状的QTL定位[J]. 苏玉虹,熊远著,张勤,蒋思文,雷明刚,余雳,郑嵘,邓昌彦.  遗传学报. 2002(08)
[8]猪肉品质及其影响因素（Ⅰ）——影响猪肉品质的遗传因素[J]. 刘红林,陈杰,徐银学,王林云.  畜牧与兽医. 2000(06)
[9]SERPIN超家族的结构、功能及活性调节[J]. 何诚.  国外医学(分子生物学分册). 1998(01)

博士论文
[1]绵羊肉用性状全基因组关联分析[D]. 张莉.中国农业科学院 2013
[2]基于营养目标的我国肉类供需分析[D]. 司智陟.中国农业科学院 2012



本文编号：3550507