猪链球菌rpoE基因克隆及生物信息学分析

发布时间：2022-01-04 02:27

　　本研究旨在克隆猪链球菌rpoE基因,并通过生物信息学软件预测分析猪链球菌rpoE基因编码蛋白功能及其调节机制。以猪链球菌基因组为模板扩增rpoE基因,成功测序后通过生物信息学软件预测该基因编码蛋白的理化性质、抗原表位等。结果表明,成功克隆的猪链球菌rpoE基因全长582 bp,编码一种富含谷氨酸、天冬氨酸及丝氨酸的亲水性胞质蛋白;二级结构分析显示,RpoE蛋白主要结构元件为α-螺旋和无规则卷曲,分别占52.3%和36.3%。综合分析认为,RpoE蛋白上存在5个优势抗原表位。 

【文章来源】：浙江农业学报. 2020,32(07)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

RpoE磷酸化位点分析

利用IEDB程序进行RpoE蛋白B细胞抗原表位分析。RpoE蛋白表面可及性采用Emini法预测,得分较高区域分别为8-15、24-34、43-52、95-113、140-157和179-189位氨基酸(图2-A)。用Parker法进行蛋白亲水性分析,得分较高区域主要集中在后半段,分别为6-15、24-34、94-123、125-136、139-165和166-193位氨基酸(图2-B)。使用Karplus-Schulz法分析RpoE可塑性,发现前半部分布较均匀,高可塑性区域主要集中靠近C端侧,分别为5-16、23-34、44-55、95-113、124-165和166-179位氨基酸(图2-C)。RpoE蛋白抗原性使用Kolaskar & Tongaonkar在线分析,结果显示,RpoE氨基酸序列平均抗原指数为0.980,抗原指数较高的区域为11-28、51-71、78-90、133-145和184-193位氨基酸(图2-D)。对RpoE编码肽链表面可及性、亲水性、可塑性和抗原性综合分析,并结合蛋白二级结构特点进行筛选,认为优势B细胞抗原表位大体应满足如下指标,序列位于无规则卷曲区域内,氨基酸数目在5～15,以及表面可及性指数≥1.0,可塑性指数≥1.015,亲水性指数≥3.210,抗原性指数≥0.980,最终筛选出 5个优势B细胞抗原表位,具体序列见表1。

RpoE与其他蛋白间相互作用关系通过STRING程序进行分析,显示存在10个蛋白与RpoE间存在相互作用(图3-B),其分别为RpoZ、RpoB、RpoA、RpoC、folE、PyrG、PnP、SSU05_2118、SSU05_0839和SSU05_0544。与RpoE相互作用网络相关的生物学通路主要包括RNA代谢及转录、芳香族化合物及其他环状化合物合成过程。3 讨论

【参考文献】：
期刊论文
[1]羊口疮病毒安徽株023基因的原核表达与生物信息学分析[J]. 张高峰,杨侃侃,张谦,王元红,俞赵荣,张学琪,鲁智敏,刘自敏,李永东,王勇.  浙江农业学报. 2019(01)

博士论文
[1]猪链球菌生物被膜形成及致病机理研究[D]. 汪洋.南京农业大学 2011



本文编号：3567470