牛卵泡发育相关下调基因的筛选

发布时间：2022-01-08 15:24

　　为寻找牛卵泡颗粒细胞（GCs）凋亡的关键调控因子,阐明单胎动物卵泡闭锁调控机理,本研究对奶牛优势卵泡与从属卵泡GCs深度测序,筛选卵泡发育相关的下调基因。选取健康荷斯坦奶牛,屠宰后,分别采集卵巢上正常发育的最大卵泡（8～10 mm）与第二大卵泡（5～8mm）,并结合雌激素/孕激素确定卵泡优势与否,优势卵泡（DF）:E₂/P>1;从属卵泡（SF）E₂/P<1。分别刮取GCs,提取总RNA并建库,Illumina测序,将获得序列与牛Refseq数据库比对后,利用DESeq2软件对获得的RNA进行差异表达分析,并对其中表达下调的基因进行GO和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证。测序共获得32 346个基因,其中194个在DF中表达显著上调,502个表达下调;GO分析结果显示,这些下调基因的生物学功能共分为3大类104组,其中生物学过程相关基因占61.5%,细胞组分有关基因占25.0%,分子功能相关基因占13.5%;KEGG信号通路分析,共发现5条通路,其中基因富集最为显著的是癌症通路;... 

【文章来源】：中国兽医学报. 2020,40(09)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

DF和SF中差异表达基因火山图

表6 抑制牛卵泡发育的候选基因 基因名称 FPKM lb差异倍数 基因功能 DF SF PPP1R14A 3.991 68.286 -4.100 平滑肌肌球蛋白磷酸酶的抑制剂 OLA1 1.740 22.711 -3.707 与卵巢癌相关 QRFPR 1.554 19.150 -3.624 G蛋白偶联受体活性 EGR1 2.415 17.563 -2.863 参与细胞凋亡图3 候选表达下调基因在牛DF和SF中的相对表达量

图2 牛DF和SF中下调表达基因GO分析IRELAND等[23-25]把直径≥6 mm的牛卵泡分为E2活跃型卵泡和E2不活跃型泡。E2活跃型卵泡卵泡液中E2>P,且具有健康卵泡的生物学特性;雌激素不活跃卵泡卵泡液中E2<P,具有闭锁卵泡或即将走向闭锁的生物学特性。AUSTIN等[4]也进一步证实了在牛发情周期的第一个卵泡波中,卵泡出现闭锁之前,SF就失去了分泌E2的能力。所以,在研究通过分别测定候选DF和SF中E2和P 的浓度,采用候选DF卵泡液中E2/P>1和候选SF卵泡液中E2/P<1的3对卵泡作为试验中的DF和SF。

【参考文献】：
期刊论文
[1]绵羊卵泡期卵泡颗粒细胞FSHR差异剪接体的表达[J]. 郭云霞,郝庆红,张英杰,刘月琴.  中国兽医学报. 2019(08)
[2]黄体期短期优饲对道寒杂交羊卵泡发育的影响[J]. 郭云霞,宋杰,刘月琴,张英杰,段春辉.  中国兽医学报. 2019(03)
[3]高原型藏羊与湖羊、小尾寒羊卵巢动脉构筑的比较[J]. 王欣荣,杨雅楠,铁雅楠,刘成泽,王彪.  中国兽医学报. 2019(01)
[4]细胞自噬相关信号通路分子在猪卵巢黄体形成与退化过程中的表达[J]. 齐丽娜,蒋静乐,魏全伟,张月桥,茆达干.  中国兽医学报. 2019(01)
[5]Smad2/Smad3蛋白在大鼠卵巢颗粒细胞中的表达及FSH对其活化的影响[J]. 卫晓红,祁丽花,迟晓春,董静霞,杨京京,徐健.  解剖学报. 2007(02)



本文编号：3576802