基于目标区域捕获测序策略进行奶牛产奶性状功能基因挖掘

发布时间：2022-01-09 07:53

　　奶牛业是畜牧业非常重要的组成部分之一,其发展水平标志着畜牧业的先进程度。奶牛的产奶性状作为最重要的经济性状,一直是分子育种的研究热点。对奶牛产奶性状的功能基因的挖掘和验证是奶牛分子育种的重要前提和基础,本课题组前期对中国荷斯坦牛群体进行了产奶性状的全基因组关联分析（GWAS）研究,定位到了105个基因组水平的显著SNP位点。本研究在全基因组关联分析研究结果的基础上,选取了分布于牛13条染色体共约6.6Mb的显著区段,运用目标区域捕获技术对60头中国荷斯坦公牛进行高通量混池测序,共得到了该区段内127218个SNP,其中735个位于编码区,418个位于UTR区。通过生物信息学分析及筛选,选取了200个SNP进行深入研究,试验群体来自北京的17个公牛家系以及上海的15个公牛家系共734头母牛,运用飞行质谱技术进行基因分型,利用单标记回归分析混合模型对五个产奶性状进行关联分析,研究共发现40个显著的SNPs,分布于33个基因中,与前期全基因组关联分析一致的基因有17个,同时影响五个产奶性状的基因有7个,分别为DGAT1, HEATR7A, VPS28, CPSF1, PPP1R16A,GPT... 

【文章来源】：中国农业大学北京市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：110 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 引言
    1.1 奶牛产奶性状QTL定位情况及候选基因研究进展
    1.2 全基因组关联分析与基因组选择在奶牛育种中的应用
    1.3 高通量测序技术的发展与应用
    1.4 本研究的目的和意义
第二章 运用目标区域捕获测序技术检测中国荷斯坦牛GWAS显著区段遗传变异
    2.1 试验材料与方法
    2.2 结果与分析
    2.3 讨论
第三章 中国荷斯坦牛产奶性状关联分析
    3.1 试验材料与方法
    3.2 结果与分析
    3.3 讨论与结论
第四章 EEF1D和RPL8基因的功能验证
    4.1 试验材料与方法
    4.2 结果与分析
    4.3 讨论
第五章 结论
参考文献
致谢
个人简历


【参考文献】：
期刊论文
[1]An RNA-seq-based Gene Expression Profiling of Radiation-induced Tumorigenic Mammary Epithelial Cells[J]. Lina Ma,Linghu Nie,Jing Liu,Bing Zhang,Shuhui Song,Min Sun,Jin Yang,Yadong Yang,Xiangdong Fang,Songnian Hu,Yongliang Zhao,Jun Yu.  Genomics, Proteomics & Bioinformatics. 2012(06)



本文编号：3578282