利用全基因组关联分析鉴别影响猪小肠长度的基因位点
发布时间：2022-01-14 08:52
小肠是动物重要的消化器官，其长度与机体生长、脂肪沉积及饲料报酬等重要经济性状显著相关。定位影响小肠长度的基因位点，有助于理解小肠生长发育分子调控机制。在此前的研究中，本实验室分析了来自杜洛克×二花脸猪F2杂交群体的1034个个体和苏太群体276个个体的小肠长度表型和60K基因型数据。结果在4、7号等染色体上发现了显著影响小肠长度的遗传变异位点。为了深入研究小肠长度变异的分子遗传机理，本研究进一步测定了157头苏太猪的小肠长度表型。此外还测定了来自杜长大三元杂交商品猪、纯种莱芜猪和纯种二花脸猪等3个独立群体的1259头猪小肠长度。我们比较了不同群体小肠长度的差异，并发现中国地方猪小肠平均长度比商品杂交猪短3.6-5.9米，在饲养条件和屠宰日龄相同的情况下，莱芜猪的小肠长度要显著长于二花脸猪的小肠长度。此外，此前的研究和本研究均发现小肠长度和日增重、脂肪沉积等生长性状的相关性。因此我们推测：品种之间，特别是中国地方品种猪和西方商品猪之间存在的小肠长度的显著差异，可能是由于受到不同的自然和人工选择压力造成的。结合60K SNP基因型数据，本研究计算了5个群体的遗传力，其值在0.3-0.64之...
【文章来源】：江西农业大学江西省
【文章页数】：36 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1 引言
2 猪小肠简介
2.1 消化系统的构成
2.2 小肠的形态结构
2.3 饲料在小肠的消化吸收
2.4 肠道的神经系统和血液循环系统
2.5 猪小肠长度表型
2.6 影响小肠长度的因素
2.7 猪小肠长度的遗传研究进展
3 全基因组关联分析
3.1 全基因组关联分析的原理
3.2 全基因组关联分析的历史及应用
3.3 猪基因芯片的发展
4 单倍型分析
5 数量性状的遗传力
6 实验群体之莱芜猪、二花脸猪介绍
6.1 二花脸猪
6.2 莱芜猪
7 本研究的目的、意义
第二章 研究正文
1 前言
2 材料与方法
2.1 实验群体介绍（来源、饲养、屠宰处理）
2.2 表型测定与样品采集（生长性状测定、小肠长度测定）
2.3 DNA 提取
2.4 60K 芯片实验
2.4.1 试剂、平台介绍
2.4.2 实验过程与步骤
2.5 60K 数据质量控制
2.6 GWAS 分析
2.7 最强相关 SNP 解释表型变异值计算
2.8 本实验的分析软件
3 实验结果
3.1 各实验群体小肠长度分布情况
3.2 猪小肠长度与部分生长性状的相关性
3.3 猪小肠长度的遗传力估计
3.4 猪小肠长度的全基因组关联分析
3.5 最强相关 SNP 解释表型变异
4 讨论
4.1 中国地方品种与西方猪种小肠长度的比较分析
4.2 猪小肠长度与生长性状的相关性分析
4.3 小肠长度的遗传力
4.4 小肠长度的全基因组关联分析
4.4.1 强相关位点分析
4.4.2 强相关位点区候选基因分析
4.5 最强相关位点解释的表型变异
5 小结
参考文献
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]陆川猪屠宰性能的测定[J]. 张家富,何若钢,覃小荣,江永强,李万呈,何国青. 猪业科学. 2013(04)
[2]利用大规模F2及F3群体研究猪小肠长度及其生长发育性状的相关性[J]. 周利华,任冬仁,李琳,陈蓉蓉,郭源梅,肖石军,高军. 畜牧与兽医. 2010(03)
[3]日粮碳水化合物/蛋白质水平对240日龄不同品种猪肌内脂肪含量和胃肠道重量、长度及消化酶活性的影响[J]. 刘宏伟,王康宁. 动物营养学报. 2009(04)
[4]基因芯片技术在动物研究中的应用[J]. 栗艳,董常生,李鹏. 上海畜牧兽医通讯. 2008(01)
[5]国家级畜禽遗传资源保护名录[J]. 刘刚. 四川农业科技. 2007(05)
[6]哺乳动物消化系统胚胎发生[J]. 卫红丽,王平利,梁宏德,王岩,丁利. 上海畜牧兽医通讯. 2007(02)
[7]胎儿宫内发育迟缓对新生仔猪小肠组织发育的影响[J]. 周根来,王恬,霍永久,陈才勇,石现瑞,李建农. 动物营养学报. 2006(01)
[8]大豆对不同猪种有关器官形态的影响[J]. 秦贵信,徐良梅,A F B vander Poel,M W Bosch,M W A Verstegen. 中国兽医学报. 2001(04)
[9]皖南花猪消化系统生长发育研究[J]. 陈宏权,蒋模有,赵瑞莲,凌荣春. 安徽农业大学学报. 1998(02)
[10]碱性成纤维细胞生长因子和谷氨酰胺对小肠上皮细胞生长的促进作用[J]. 伍烽,金先庆,吴仕孝,李镜,王珊,许嘉陵,李欣. 肠外与肠内营养. 1997(01)
硕士论文
[1]在苏太猪群体中利用全基因组关联性分析鉴别影响猪小肠长度的QTL[D]. 黄菲.江西农业大学 2012
本文编号：3588203
【文章来源】：江西农业大学江西省
【文章页数】：36 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1 引言
2 猪小肠简介
2.1 消化系统的构成
2.2 小肠的形态结构
2.3 饲料在小肠的消化吸收
2.4 肠道的神经系统和血液循环系统
2.5 猪小肠长度表型
2.6 影响小肠长度的因素
2.7 猪小肠长度的遗传研究进展
3 全基因组关联分析
3.1 全基因组关联分析的原理
3.2 全基因组关联分析的历史及应用
3.3 猪基因芯片的发展
4 单倍型分析
5 数量性状的遗传力
6 实验群体之莱芜猪、二花脸猪介绍
6.1 二花脸猪
6.2 莱芜猪
7 本研究的目的、意义
第二章 研究正文
1 前言
2 材料与方法
2.1 实验群体介绍（来源、饲养、屠宰处理）
2.2 表型测定与样品采集（生长性状测定、小肠长度测定）
2.3 DNA 提取
2.4 60K 芯片实验
2.4.1 试剂、平台介绍
2.4.2 实验过程与步骤
2.5 60K 数据质量控制
2.6 GWAS 分析
2.7 最强相关 SNP 解释表型变异值计算
2.8 本实验的分析软件
3 实验结果
3.1 各实验群体小肠长度分布情况
3.2 猪小肠长度与部分生长性状的相关性
3.3 猪小肠长度的遗传力估计
3.4 猪小肠长度的全基因组关联分析
3.5 最强相关 SNP 解释表型变异
4 讨论
4.1 中国地方品种与西方猪种小肠长度的比较分析
4.2 猪小肠长度与生长性状的相关性分析
4.3 小肠长度的遗传力
4.4 小肠长度的全基因组关联分析
4.4.1 强相关位点分析
4.4.2 强相关位点区候选基因分析
4.5 最强相关位点解释的表型变异
5 小结
参考文献
致谢
【参考文献】：
期刊论文
[1]陆川猪屠宰性能的测定[J]. 张家富,何若钢,覃小荣,江永强,李万呈,何国青. 猪业科学. 2013(04)
[2]利用大规模F2及F3群体研究猪小肠长度及其生长发育性状的相关性[J]. 周利华,任冬仁,李琳,陈蓉蓉,郭源梅,肖石军,高军. 畜牧与兽医. 2010(03)
[3]日粮碳水化合物/蛋白质水平对240日龄不同品种猪肌内脂肪含量和胃肠道重量、长度及消化酶活性的影响[J]. 刘宏伟,王康宁. 动物营养学报. 2009(04)
[4]基因芯片技术在动物研究中的应用[J]. 栗艳,董常生,李鹏. 上海畜牧兽医通讯. 2008(01)
[5]国家级畜禽遗传资源保护名录[J]. 刘刚. 四川农业科技. 2007(05)
[6]哺乳动物消化系统胚胎发生[J]. 卫红丽,王平利,梁宏德,王岩,丁利. 上海畜牧兽医通讯. 2007(02)
[7]胎儿宫内发育迟缓对新生仔猪小肠组织发育的影响[J]. 周根来,王恬,霍永久,陈才勇,石现瑞,李建农. 动物营养学报. 2006(01)
[8]大豆对不同猪种有关器官形态的影响[J]. 秦贵信,徐良梅,A F B vander Poel,M W Bosch,M W A Verstegen. 中国兽医学报. 2001(04)
[9]皖南花猪消化系统生长发育研究[J]. 陈宏权,蒋模有,赵瑞莲,凌荣春. 安徽农业大学学报. 1998(02)
[10]碱性成纤维细胞生长因子和谷氨酰胺对小肠上皮细胞生长的促进作用[J]. 伍烽,金先庆,吴仕孝,李镜,王珊,许嘉陵,李欣. 肠外与肠内营养. 1997(01)
硕士论文
[1]在苏太猪群体中利用全基因组关联性分析鉴别影响猪小肠长度的QTL[D]. 黄菲.江西农业大学 2012
本文编号：3588203
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