绵羊GlyCAM-1基因克
发布时间：2022-01-24 02:11
糖基化依赖细胞粘附分子（GlyCAM-1）是粘液素（mucin）糖蛋白家族的成员,是乳腺细胞合成的一种乳脂球膜蛋白（MFGMPs）的重要组成部分。GlyCAM-1在乳腺发育和泌乳中发挥着重要作用,为探究该基因的序列特征、核苷酸序列变异和表达特征,以高泌乳量的小尾寒羊（泌乳高峰期和空怀期）和低泌乳量的甘肃高山细毛羊（泌乳高峰期）的乳腺组织为研究对象,利用克隆测序、RT-qPCR、生物信息学等方法克隆绵羊GlyCAM-1基因的编码区,分析GlyCAM-1的理化性质和蛋白质结构,并检测GlyCAM-1基因的组织表达特性。结果表明,绵羊的GlyCAM-1基因CDS区全长465 bp,编码154个氨基酸。测序结果表明,在该基因CDS区检测到7个SNPs,其中2个为同义突变,5个为错义突变。GlyCAM-1二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主,延伸链则散布于整个蛋白质结构中。String分析结果表明,GlyCAM-1蛋白与CD34、MadCAM-1都作为L-选择素（L-selectin）的配体发挥作用;RT-qPCR结果表明,GlyCAM-1基因表达具有组织特异性、品种特异性和时空特异性,乳腺、...
【文章来源】：核农学报. 2020,34(08)北大核心CSCD
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
GlyCAM-1氨基酸序列的同源性分析
以小尾寒羊的乳腺cDNA为模板,用RT-PCR进行扩增,PCR产物用1.5%琼脂糖凝胶电泳检测。结果表明,目的片段条带(465 bp)跟预期结果一致(图1)。测序后获得该基因的完整CDS区序列,大小为465 bp,编码154个氨基酸。序列已提交至GenBank,登录号为MH917952.1。通过BLAST分析发现,MH917952.1与山羊的GlyCAM-1具有较高的序列同源性(98.7%),与黄牛GlyCAM-1之间的同源性为88.96%。利用GenBank中山羊(Capra hircus)、野牦牛(Bos mutus)、黄牛(Bos taurus)、藏羚羊(Pantholops hodgsonii)、大鼠(Rattus norvegicus)、小鼠(Mus musculus)和人类(Homo sapiens)GlyCAM-1的氨基酸序列,结合本研究中获得的MH917952.1构建系统进化树。由图2可知,MH917952.1首先与山羊的GlyCAM-1序列聚到一支,然后与藏羚羊、野牦牛和黄牛的序列聚到一起,说明获得的MH917952.1为绵羊的GlyCAM-1序列。
绵羊GlyCAM-1蛋白的二级结构由76个α-螺旋(helix)(49.35%)、73个无规则卷曲(coil)(47.40%)和5个延伸链(extended strand)(3.25%)组成。磷酸化位点检测结果表明,该蛋白功能区域富含丝氨酸(16个)和苏氨酸(10个)磷酸化位点。GO功能注释结果表明,GlyCAM-1基因主要注释到蛋白质结合、离子结合及细胞粘附等生物学过程中。KEGG分析结果表明,GlyCAM-1基因注释到细胞粘附分子代谢通路中。String分析结果表明,GlyCAM-1同催乳素(prolactin,PRL)蛋白、粘膜血管贴壁细胞黏附分子1(mucosal vascular addressing cell adhesion molecule 1,MadCAM-1)、CD34和L-选择素(L-selectin)具有直接的联系(图3)。2.3 GlyCAM-1基因核苷酸序列变异特征分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]绵羊STMN1基因的克隆、序列分析及其组织表达[J]. 卢曾奎,马友记,赵兴绪,张勇,张利平. 核农学报. 2018(10)
[2]磷酸化水平对肌红蛋白稳定性的影响[J]. 李蒙,李铮,李欣,杜曼婷,宋璇,张德权. 中国农业科学. 2017(22)
[3]人类胞内蛋白半衰期与其亚细胞定位的相关性研究[J]. 贾浩,张小白,宋晓峰. 计算机与应用化学. 2011(04)
[4]中国荷斯坦牛GlyCAM1基因遗传多态性与乳房炎关联性分析[J]. 李晶,王洪梅,王长法,柳楠,李秋玲,侯明海,李建斌,仲跻峰. 中国农业科技导报. 2008(06)
硕士论文
[1]整联蛋白alpha6、beta4介导层黏连蛋白作用调控乳腺上皮细胞[D]. 刘畅.东北农业大学 2012
本文编号：3605624
【文章来源】：核农学报. 2020,34(08)北大核心CSCD
【文章页数】：8 页
【部分图文】：
GlyCAM-1氨基酸序列的同源性分析
以小尾寒羊的乳腺cDNA为模板,用RT-PCR进行扩增,PCR产物用1.5%琼脂糖凝胶电泳检测。结果表明,目的片段条带(465 bp)跟预期结果一致(图1)。测序后获得该基因的完整CDS区序列,大小为465 bp,编码154个氨基酸。序列已提交至GenBank,登录号为MH917952.1。通过BLAST分析发现,MH917952.1与山羊的GlyCAM-1具有较高的序列同源性(98.7%),与黄牛GlyCAM-1之间的同源性为88.96%。利用GenBank中山羊(Capra hircus)、野牦牛(Bos mutus)、黄牛(Bos taurus)、藏羚羊(Pantholops hodgsonii)、大鼠(Rattus norvegicus)、小鼠(Mus musculus)和人类(Homo sapiens)GlyCAM-1的氨基酸序列,结合本研究中获得的MH917952.1构建系统进化树。由图2可知,MH917952.1首先与山羊的GlyCAM-1序列聚到一支,然后与藏羚羊、野牦牛和黄牛的序列聚到一起,说明获得的MH917952.1为绵羊的GlyCAM-1序列。
绵羊GlyCAM-1蛋白的二级结构由76个α-螺旋(helix)(49.35%)、73个无规则卷曲(coil)(47.40%)和5个延伸链(extended strand)(3.25%)组成。磷酸化位点检测结果表明,该蛋白功能区域富含丝氨酸(16个)和苏氨酸(10个)磷酸化位点。GO功能注释结果表明,GlyCAM-1基因主要注释到蛋白质结合、离子结合及细胞粘附等生物学过程中。KEGG分析结果表明,GlyCAM-1基因注释到细胞粘附分子代谢通路中。String分析结果表明,GlyCAM-1同催乳素(prolactin,PRL)蛋白、粘膜血管贴壁细胞黏附分子1(mucosal vascular addressing cell adhesion molecule 1,MadCAM-1)、CD34和L-选择素(L-selectin)具有直接的联系(图3)。2.3 GlyCAM-1基因核苷酸序列变异特征分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]绵羊STMN1基因的克隆、序列分析及其组织表达[J]. 卢曾奎,马友记,赵兴绪,张勇,张利平. 核农学报. 2018(10)
[2]磷酸化水平对肌红蛋白稳定性的影响[J]. 李蒙,李铮,李欣,杜曼婷,宋璇,张德权. 中国农业科学. 2017(22)
[3]人类胞内蛋白半衰期与其亚细胞定位的相关性研究[J]. 贾浩,张小白,宋晓峰. 计算机与应用化学. 2011(04)
[4]中国荷斯坦牛GlyCAM1基因遗传多态性与乳房炎关联性分析[J]. 李晶,王洪梅,王长法,柳楠,李秋玲,侯明海,李建斌,仲跻峰. 中国农业科技导报. 2008(06)
硕士论文
[1]整联蛋白alpha6、beta4介导层黏连蛋白作用调控乳腺上皮细胞[D]. 刘畅.东北农业大学 2012
本文编号：3605624
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3605624.html
