赤芍水提物和芍药苷对耐药大肠杆菌的抗菌增敏活性研究
发布时间：2022-02-20 06:43
禽多重耐药大肠杆菌病给养禽业造成较大损失,清热中药赤芍具有广谱抗菌作用,并且能与抗生素联合（相加或协同）抑制耐药大肠杆菌已被研究所证实。本试验从多重耐药外排泵的角度探究赤芍主要成分芍药苷的抗菌增敏机制,从转录组和IBT定量蛋白组联合分析探讨赤芍对禽源多重耐药大肠杆菌的耐药消除机制。本试验通过微量棋盘稀释法检测赤芍水提物及其主要成分芍药苷与抗生素联合应用对临床分离的禽多重耐药大肠杆菌E320和质控菌株大肠杆菌ATCC35218的抑制作用进行研究,试验结果证实赤芍水提物和芍药苷与磷霉素钠联合用药均具有协同抑制多重耐药大肠杆菌E320的作用（FICI≤0.5）,赤芍水提物联合头孢曲松钠对E320呈现相加作用（0.5<FICI≤1）,且赤芍水提物联合磷霉素钠能够协同抑制大肠杆菌ATCC35218（磷霉素钠敏感菌株）;利用YASARA软件,以大肠杆菌多重耐药Acr AB-TolC系统中的外排泵转运子AcrB为靶标,将其与芍药苷进行分子对接模拟,分子对接结果显示芍药苷与AcrB蛋白受体的结合能达到8.333 kJ/mol,作用主要位点是AcrB蛋白受体上Phe628、Phe615、Val61...
【文章来源】：河北农业大学河北省
【文章页数】：92 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
abstract
1 引言
1.1 国内外研究现状
1.1.1 大肠杆菌耐药机制
1.1.2 中草药治疗耐药大肠杆菌情况
1.1.3 赤芍水提物和芍药苷应用现状
1.2 研究目的和意义
2 材料与方法
2.1 材料
2.1.1 主要试剂、药品及菌株
2.1.2 主要设备仪器
2.1.3 生物信息软件
2.2 方法
2.2.1 药物处理
2.2.2 最小抑菌浓度(MIC)测定
2.2.3 联合抑菌试验
2.2.4 赤芍主要单体与AcrB分子对接
2.2.5 芍药苷对尼罗红外排抑制试验
2.2.6 AcrB及正负调控基因引物设计
2.2.7 qPCR检测芍药苷和磷霉素钠对AcrB表达量的影响
2.2.8 赤芍水提物作用大肠杆菌E320 筛选出耐药消除菌株
2.2.9 转录组测序
2.2.10 qPCR验证转录组结果
2.2.11 IBT定量蛋白质组学
2.2.12 转录组与蛋白组联合分析
3 结果
3.1 药物对大肠杆菌的MIC
3.2 药物联合抑菌试验
3.2.1 赤芍水提物、芍药苷联合磷霉素钠对大肠杆菌ATCC35218 的抑菌作用
3.2.2 赤芍水提物、芍药苷联合磷霉素钠对大肠杆菌E320 的抑菌作用
3.3 赤芍单体与AcrB分子对接
3.4 芍药苷对尼罗红外排抑制作用
3.5 qPCR检测AcrB及 AcrB正负调控基因的表达量
3.6 赤芍水提物筛选耐药消除菌株
3.7 转录组结果
3.7.1 测序数据过滤结果
3.7.2 参考基因组比对结果
3.7.3 新转录本(novel transcript)预测结果
3.7.4 与参考基因集(reference gene set)比对、评估及定量分析结果
3.7.5 Gene表达水平分析
3.7.6 差异表达基因分析结果
3.7.7 ncRNA表达水平分析
3.8 qPCR验证转录组结果
3.9 IBT定量蛋白组结果
3.9.1 蛋白质鉴定结果
3.9.2 蛋白质IBT定量
3.9.3 Protein定量重复性分析
3.9.4 Protein的 GO注释分析
3.9.5 Protein的 COG注释分析
3.9.6 Protein的 Pathway注释分析
3.9.7 赤芍水提物差异蛋白的GO富集分析
3.9.8 差异蛋白passway富集分析
3.9.9 差异蛋白COG注释分析
3.9.10 差异表达蛋白亚细胞定位
3.10 转录组和蛋白组相关性分析
3.10.1 蛋白组和转录组关联分析参数
3.10.2 表达关联分析
3.10.3 蛋白质组与转录组聚类分析
4 讨论
4.1 芍药苷对耐药大肠杆菌的抗菌增敏活性分析
4.1.1 芍药苷与AcrB分子对接分析
4.1.2 尼罗红外排试验分析
4.1.3 外排泵相关基因表达量分析
4.2 赤芍水提物对耐药大肠杆菌的耐药消除机制分析
4.2.1 抗性增敏基因分析
4.2.2 下调蛋白增敏机制分析
5 结论
参考文献
在读期间发表的学术论文
作者简介
致谢
附录
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于转录组学技术分析细菌耐药机制的研究进展[J]. 裘鹏,郭玉茹,张泽辉,范春玲,张德显,崔璨璨,刘明春. 中国家禽. 2019(04)
[2]大肠杆菌毒力因子及耐药机制研究进展[J]. 赫鸣睿. 现代畜牧科技. 2018(09)
[3]细菌多药外排泵的调节及与细菌毒力的关系[J]. 周孝荣,胡佳学,刘德福,冯振月. 黑龙江畜牧兽医. 2018(07)
[4]42种常见中药对猪链球菌的体外抑菌试验[J]. 冯沙沙,宋鹏琰,翟福展,马双,张铁. 黑龙江畜牧兽医. 2017(24)
[5]大肠杆菌耐药现状的严峻性[J]. 高海涛,韩俊丽,关道明. 生命科学. 2017(05)
[6]赤芍水提物对金黄色葡萄球菌肠毒素及蛋白A表达的影响[J]. 张鹏鹏,李增顺,汤鹏,段慧琴,孙英健,穆祥. 动物医学进展. 2016(09)
[7]穿心莲水提取物联合抗菌药对含fosA3大肠杆菌的作用[J]. 吴永继,宋剑武,孙燕杰,刘增援,黄凯,司红彬. 江苏农业科学. 2016(06)
[8]黄柏水提物联合抗菌药对产ESBLs大肠杆菌的抑菌效果[J]. 徐素萍,刘增援,吴永继,梁政,潘婕,孙燕杰,宋剑武,黄凯,司红彬. 南方农业学报. 2016(03)
[9]中药抗细菌耐药性的研究进展[J]. 韩飞,幸仁汇,陈琳琦,陈来,熊魏,杨明,赵志冬. 中国中药杂志. 2016(05)
[10]白头翁水提物与抗菌药联合对耐药大肠埃希菌作用研究[J]. 司红彬,吴永继,徐素萍,黄丽云,秦燕,姚晓韵,潘婕,黄凯,夏娟,唐承明. 动物医学进展. 2015(11)
博士论文
[1]新型抗菌增敏剂的分子设计、合成及生物学活性研究[D]. 吴翀.第三军医大学 2013
[2]山楂抗菌增敏活性物质的定向分离及生物学活性研究[D]. 覃容欣.第三军医大学 2013
[3]产超广谱β内酰胺酶肠杆菌科细菌对磷霉素的耐药机制研究[D]. 马莹.复旦大学 2013
硕士论文
[1]染料木素抑制耐甲氧西林金黄色葡萄球菌外排系统的作用机制[D]. 王迪.辽宁师范大学 2017
[2]基于青蒿琥酯抗菌增敏作用的新型AcrB抑制剂的设计、合成及作用研究[D]. 宋羿.第三军医大学 2016
[3]大肠杆菌膜蛋白的亚蛋白质组学分析及其膜蛋白相关复合物研究[D]. 黄传钟.厦门大学 2007
[4]乙醇降解菌的筛选及特性研究[D]. 杨小柏.重庆大学 2005
本文编号：3634488
【文章来源】：河北农业大学河北省
【文章页数】：92 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
abstract
1 引言
1.1 国内外研究现状
1.1.1 大肠杆菌耐药机制
1.1.2 中草药治疗耐药大肠杆菌情况
1.1.3 赤芍水提物和芍药苷应用现状
1.2 研究目的和意义
2 材料与方法
2.1 材料
2.1.1 主要试剂、药品及菌株
2.1.2 主要设备仪器
2.1.3 生物信息软件
2.2 方法
2.2.1 药物处理
2.2.2 最小抑菌浓度(MIC)测定
2.2.3 联合抑菌试验
2.2.4 赤芍主要单体与AcrB分子对接
2.2.5 芍药苷对尼罗红外排抑制试验
2.2.6 AcrB及正负调控基因引物设计
2.2.7 qPCR检测芍药苷和磷霉素钠对AcrB表达量的影响
2.2.8 赤芍水提物作用大肠杆菌E320 筛选出耐药消除菌株
2.2.9 转录组测序
2.2.10 qPCR验证转录组结果
2.2.11 IBT定量蛋白质组学
2.2.12 转录组与蛋白组联合分析
3 结果
3.1 药物对大肠杆菌的MIC
3.2 药物联合抑菌试验
3.2.1 赤芍水提物、芍药苷联合磷霉素钠对大肠杆菌ATCC35218 的抑菌作用
3.2.2 赤芍水提物、芍药苷联合磷霉素钠对大肠杆菌E320 的抑菌作用
3.3 赤芍单体与AcrB分子对接
3.4 芍药苷对尼罗红外排抑制作用
3.5 qPCR检测AcrB及 AcrB正负调控基因的表达量
3.6 赤芍水提物筛选耐药消除菌株
3.7 转录组结果
3.7.1 测序数据过滤结果
3.7.2 参考基因组比对结果
3.7.3 新转录本(novel transcript)预测结果
3.7.4 与参考基因集(reference gene set)比对、评估及定量分析结果
3.7.5 Gene表达水平分析
3.7.6 差异表达基因分析结果
3.7.7 ncRNA表达水平分析
3.8 qPCR验证转录组结果
3.9 IBT定量蛋白组结果
3.9.1 蛋白质鉴定结果
3.9.2 蛋白质IBT定量
3.9.3 Protein定量重复性分析
3.9.4 Protein的 GO注释分析
3.9.5 Protein的 COG注释分析
3.9.6 Protein的 Pathway注释分析
3.9.7 赤芍水提物差异蛋白的GO富集分析
3.9.8 差异蛋白passway富集分析
3.9.9 差异蛋白COG注释分析
3.9.10 差异表达蛋白亚细胞定位
3.10 转录组和蛋白组相关性分析
3.10.1 蛋白组和转录组关联分析参数
3.10.2 表达关联分析
3.10.3 蛋白质组与转录组聚类分析
4 讨论
4.1 芍药苷对耐药大肠杆菌的抗菌增敏活性分析
4.1.1 芍药苷与AcrB分子对接分析
4.1.2 尼罗红外排试验分析
4.1.3 外排泵相关基因表达量分析
4.2 赤芍水提物对耐药大肠杆菌的耐药消除机制分析
4.2.1 抗性增敏基因分析
4.2.2 下调蛋白增敏机制分析
5 结论
参考文献
在读期间发表的学术论文
作者简介
致谢
附录
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于转录组学技术分析细菌耐药机制的研究进展[J]. 裘鹏,郭玉茹,张泽辉,范春玲,张德显,崔璨璨,刘明春. 中国家禽. 2019(04)
[2]大肠杆菌毒力因子及耐药机制研究进展[J]. 赫鸣睿. 现代畜牧科技. 2018(09)
[3]细菌多药外排泵的调节及与细菌毒力的关系[J]. 周孝荣,胡佳学,刘德福,冯振月. 黑龙江畜牧兽医. 2018(07)
[4]42种常见中药对猪链球菌的体外抑菌试验[J]. 冯沙沙,宋鹏琰,翟福展,马双,张铁. 黑龙江畜牧兽医. 2017(24)
[5]大肠杆菌耐药现状的严峻性[J]. 高海涛,韩俊丽,关道明. 生命科学. 2017(05)
[6]赤芍水提物对金黄色葡萄球菌肠毒素及蛋白A表达的影响[J]. 张鹏鹏,李增顺,汤鹏,段慧琴,孙英健,穆祥. 动物医学进展. 2016(09)
[7]穿心莲水提取物联合抗菌药对含fosA3大肠杆菌的作用[J]. 吴永继,宋剑武,孙燕杰,刘增援,黄凯,司红彬. 江苏农业科学. 2016(06)
[8]黄柏水提物联合抗菌药对产ESBLs大肠杆菌的抑菌效果[J]. 徐素萍,刘增援,吴永继,梁政,潘婕,孙燕杰,宋剑武,黄凯,司红彬. 南方农业学报. 2016(03)
[9]中药抗细菌耐药性的研究进展[J]. 韩飞,幸仁汇,陈琳琦,陈来,熊魏,杨明,赵志冬. 中国中药杂志. 2016(05)
[10]白头翁水提物与抗菌药联合对耐药大肠埃希菌作用研究[J]. 司红彬,吴永继,徐素萍,黄丽云,秦燕,姚晓韵,潘婕,黄凯,夏娟,唐承明. 动物医学进展. 2015(11)
博士论文
[1]新型抗菌增敏剂的分子设计、合成及生物学活性研究[D]. 吴翀.第三军医大学 2013
[2]山楂抗菌增敏活性物质的定向分离及生物学活性研究[D]. 覃容欣.第三军医大学 2013
[3]产超广谱β内酰胺酶肠杆菌科细菌对磷霉素的耐药机制研究[D]. 马莹.复旦大学 2013
硕士论文
[1]染料木素抑制耐甲氧西林金黄色葡萄球菌外排系统的作用机制[D]. 王迪.辽宁师范大学 2017
[2]基于青蒿琥酯抗菌增敏作用的新型AcrB抑制剂的设计、合成及作用研究[D]. 宋羿.第三军医大学 2016
[3]大肠杆菌膜蛋白的亚蛋白质组学分析及其膜蛋白相关复合物研究[D]. 黄传钟.厦门大学 2007
[4]乙醇降解菌的筛选及特性研究[D]. 杨小柏.重庆大学 2005
本文编号：3634488
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