基因型填充策略研究

发布时间：2022-02-20 14:29

　　基因组数据在畜禽遗传育种中的应用越来越广泛,基因型填充作为基因组数据处理的重要工具,填充结果的好坏直接影响后续分析,为了得到好的填充结果,需要制定完善的填充策略。本研究通过模拟数据探讨参考群体大小、目标群体与参考群体间遗传关系（距离）远近、目标位点数目（比例）、最小等位基因频率以及填充算法等因素对基因型填充效果的影响。结果表明,目标位点数目与填充效果呈显著的正相关（P<0.05）,是影响基因型填充准确性的主要因素;参考群体大小是影响Beagle5.1填充错误率的主要因素,目标位点数目是影响Minimac4填充错误率的主要因素;目标群体和参考群体的遗传距离对Beagle5.1填充效果的影响较Minimac4更为显著;一般情况下,最小等位基因频率越高的位点填充错误率越高;在参考群体个体数量少且目标位点数目多的情况下,Minimac4的填充速度优于Beagle5.1,但随参考群体个体数目增加有逆趋势。在保证填充质量的前提下,Beagle5.1对本研究中几种因素的标准要求相对较低。相对地,当目标群体位点数目较低,参考群体个体数目较多时,Beagle5.1的填充效果更好,而Minimac4... 

【文章来源】：畜牧兽医学报. 2020,51(09)北大核心CSCD

【文章页数】：11 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 数据模拟
    1.2 因素设置
    1.3 填充软件
    1.4 填充效果评估
2 结 果
    2.1 各因素对基因型填充准确性的影响
    2.2 各因素对基因型填充错误率的影响
    2.3 不同水平两种软件填充耗时比较
3 讨 论
4 结 论


【参考文献】：
期刊论文
[1]Imputation from SNP chip to sequence: a case study in a Chinese indigenous chicken population[J]. Shaopan Ye,Xiaolong Yuan,Xiran Lin,Ning Gao,Yuanyu Luo,Zanmou Chen,Jiaqi Li,Xiquan Zhang,Zhe Zhang.  Journal of Animal Science and Biotechnology. 2018(02)
[2]基因型填充方法介绍及比较[J]. 何桑,丁向东,张勤.  中国畜牧杂志. 2013(23)



本文编号：3635239