中国荷斯坦牛DQA2基因SNPs筛选

发布时间：2022-02-25 05:01

　　为了探究中国荷斯坦牛DQA2基因的遗传特性,本研究以中国荷斯坦牛作为研究对象,利用混合DNA扩增产物直接测序的方法对DQA2基因的4个外显子进行SNPs筛选,并利用生物信息学软件预测各SNPs对DQA2基因mRNA二级结构的影响。通过序列拼接和序列比对,结果在荷斯坦牛上检测到6个SNPs,分别为Exon1-T61A、Exon3-C414T、Exon4-C667G、Exon4-C684T、Exon4-C690T和Exon4-C693T。其中Exon1-T61A和Exon4-C667G是错义突变,分别导致半胱氨酸（Cys）和精氨酸（Arg）转变为丝氨酸（Ser）和甘氨酸（Gly）。荷斯坦牛DQA2基因各SNPs的m RNA二级结构预测显示野生型和Exon4-C684T的m RNA二级结构自由能都为-248.67kcal/mol,对DQA2基因的二级结构稳定性无影响;而Exon3-C414T、Exon4-C667G和Exon4-C690T降低了DQA2基因mRNA二级结构的稳定性,Exon1-T61A和Exon4-C693T增强了DQA2基因m RNA二级结构的稳定性。研究结果为DQA2基因... 

【文章来源】：基因组学与应用生物学. 2020,39(08)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
1 结果与分析
    1.1 荷斯坦牛DQA2基因4个外显子
    1.2 荷斯坦牛DQA2基因序列测定比对
    1.3 荷斯坦牛DQA2基因SNP位点基因频率
    1.4 荷斯坦牛DQA2基因m RNA二级结构预测
2 讨论
3 材料与方法
    3.1 试验材料
    3.2 引物设计
    3.3 构建基因组DNA混合池及PCR扩增
    3.4 序列测定与分析
    3.5 等位基因频率估算
    3.6 生物信息学分析
作者贡献


【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3643791