三穗麻鸭ADF基因序列分析及其荧光定量PCR方法建立

发布时间：2022-02-26 15:58

　　为探究三穗麻鸭肌动蛋白解聚因子（ADF）基因生物学功能及其在各组织中的转录水平,根据GenBank预测的ADF基因序列设计特异性引物,以40日龄健康三穗麻鸭脑、心脏及肝脏总RNA提取样本反转录为cDNA,进行PCR扩增、克隆质粒构建及序列测定,对测定序列进行同源性比对及生物信息学分析。根据ADF基因测定序列设计特异性引物,以克隆质粒为模板建立三穗麻鸭ADF基因荧光定量PCR检测方法并进行特异性、重复性和敏感性试验,利用建立的方法检测三穗麻鸭组织ADF基因转录水平。结果表明:三穗麻鸭ADF基因完整CDS序列为498 bp,与斑胸草雀ADF基因同源性最高（95.4%）,与非洲爪蟾蜍ADF基因同源性最低（54.1%）;三穗麻鸭ADF基因共编码165个氨基酸,理论成熟蛋白质分子质量约为18.53 ku,等电点为8.14,总平均亲水指数为-0.242;建立的三穗麻鸭ADF荧光定量PCR方法标准曲线呈典型的S型,方程为y=-2.413x+25.061,扩增效率为159.6%,相关系数为0.991;熔解曲线呈特异性单峰,批内、批间重复变异系数分别小于2%和3%,最低检出量为1.939×10^... 

【文章来源】：扬州大学学报(农业与生命科学版). 2020,41(05)北大核心

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
        1) 动物和菌株:
        2) 主要试剂:
    1.2 方法
        1.2.1 引物设计与合成
        1.2.2 总RNA提取及cDNA样本制备
        1.2.3 PCR扩增目的片段及胶回收
        1.2.4 克隆测序及标准品制备
        1.2.5 三穗麻鸭ADF基因序列的生物信息学分析
        1.2.6 标准质粒制备及退火温度优化
        1.2.7 标准曲线建立和重复性及敏感性检测
        1.2.8 ADF基因在三穗麻鸭各组织中转录水平检测
2 结果与分析
    2.1 ADF基因扩增及克隆
    2.2 ADF基因核苷酸同源性与系统进化树
    2.3 三穗麻鸭ADF蛋白结构与功能分析
        2.3.1 理化性质分析
        2.3.2 亲水性分析
        2.3.3 蛋白信号肽、跨膜区域预测
        2.3.4 O-糖基化位点与蛋白质磷酸化位点
        2.3.5 二级结构和三级结构预测分析
    2.4 实时荧光定量PCR方法建立
        2.4.1 退火温度优化与标准曲线建立
        2.4.2 重复性及敏感性检测
        2.4.3 ADF基因在鸭机体组织中转录水平检测
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]扬子鳄IL-1β基因的克隆和生物信息学分析及表达量的测定[J]. 苏玉鑫,费荣梅.  中国兽医科学. 2019(10)

硕士论文
[1]刚地弓形虫ADF基因的生物信息学分析、克隆表达及免疫保护性研究[D]. 李雅清.山西医科大学 2013



本文编号：3644747