河南省猪流行性腹泻病毒流行株的遗传变异分析

发布时间：2022-06-03 21:22

　　为分析河南省猪流行性腹泻病毒（PEDV）S基因的遗传变异情况,设计并合成能够扩增N基因和S基因的引物,利用RT-PCR方法对2017年1月至2018年5月河南省11个地区规模猪场的178份病料进行检测、克隆和测序,并在氨基酸水平上将本研究分离株的S基因与国内外流行毒株的S基因进行比对分析。结果显示,河南省11个地区的178份样品,PEDV阳性样品113份,阳性率63.5%（113/178）。选取29株PEDV代表株进行氨基酸序列比较,结果显示,29株分离株与经典株CV777同源性为88.4%～90.3%,与经典株CV777相比,29株代表株在S1区域存在碱基的插入、缺失和变异现象;基于S基因的遗传进化分析表明,本研究的29株分离株均属于G2群,而以CV777为代表的经典株属于G1群。通过与经典株CV777的S蛋白进行抗原表位比对分析,在5～190 aa存在较大差异。本研究结果明确了目前河南省PEDV的遗传变异情况,为河南省猪流行性腹泻（PED）的诊断和防控提供参考依据。 

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 病料样品
    1.2 引物设计
    1.3 样本处理及RNA的提取
    1.4 N、S基因的扩增
    1.5 S基因的测序
    1.6 S基因序列分析
    1.7 参考序列
2 结果
    2.1 PEDV N、S基因的扩增
    2.2 S基因的测序结果分析
    2.3 基于S基因的遗传进化分析
    2.4 PEDV S基因的氨基酸同源性分析
    2.5 S蛋白抗原表位预测分析
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]抗猪流行性腹泻病毒制剂研究进展[J]. 王艳丰,张丁华,朱金凤,常洪涛,张战军,陈付梅.  中国兽医学报. 2019(08)
[2]河南地区猪流行性腹泻病毒S基因和ORF3基因分子特征和遗传进化分析[J]. 赵丽,李存法,韩昊莹,张鸿鑫,卢婷婷,陈红英,雷连成.  中国兽医杂志. 2018(05)
[3]河南省2014-2015年猪流行性腹泻病毒流行株遗传进化分析[J]. 韩莎莎,张玉娟,时庆贺,石昂,杨利,常洪涛,赵军,王川庆,陈陆.  中国兽医学报. 2017(06)
[4]猪流行性腹泻病毒河南流行株S基因的克隆与遗传进化分析[J]. 乔涵,李辉,赵丽,张宇,杨兴武,徐朋丽,韩昊莹,杨明凡,陈红英.  中国兽医学报. 2017(05)

硕士论文
[1]猪流行性腹泻病毒变异株与经典疫苗株S蛋白免疫原性差异分析[D]. 陈静.河南农业大学 2015



本文编号：3653506