阿拉善双峰驼MHC基因的定位注释与其阴道微生态的研究

发布时间：2022-07-19 14:18

　　阴道蝇蛆病是目前己知对阿拉善双峰驼危害性最严重的一种寄生虫病。流行病学调查显示,即使同一群落阿拉善双峰驼对阴道蝇蛆病表现出的易感性不同。围绕这种现象本试验对阿拉善双峰驼MHC基因的定位注释与其阴道微生态进行了相关的研究。首先采用比较基因组学方法完成了与阿拉善双峰驼阴道蝇蛆病的易感性和抗性相关的MHC基因的定位及注释。然后采用高通量测序技术对阿拉善双峰驼阴道黏膜免疫重要组成部分—阴道微生态菌群进行了分析,比较了阴道蝇蛆病易感驼与非易感驼阴道菌群的结构和多样性差异。接着利用ACQUITY UPLC H-Class超高效液相色谱仪对阴道蝇蛆病易感驼与非易感驼阴道分泌物进行了代谢组学分析。最后选择代谢组学分析中匹配到的3种化合物进行雌性黑须污蝇对寄主信息素类挥发性化合物的趋向性研究。结果表明:找到并注释了存在于阿拉善双峰驼基因组中的24个MHC基因;发现阿拉善双峰驼阴道优势菌群结构有较强的稳定性,但患病组双峰驼因阴道菌群中产酸菌属显著增多而阴道pH显著降低,同时在样本组间门水平和属水平分别鉴定到差异显著的分类单元4个和51个,这些菌群的变化可能在阿拉善双峰驼患阴道蝇蛆病的整个病理周期中多数与免... 

【文章页数】：60 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
缩略语表
1 引言
    1.1 阿拉善双峰驼概述
    1.2 阿拉善双峰驼阴道蝇蛆病概述
        1.2.1 阴道蝇蛆病
        1.2.2 阴道蝇蛆病病原——黑须污蝇幼虫
        1.2.3 阿拉善双峰驼阴道蝇蛆病治疗现状
    1.3 阴道黏膜免疫概述
        1.3.1 阴道黏膜免疫系统
        1.3.2 阴道微生态
        1.3.3 MHC基因
    1.4 昆虫对寄主挥发性化合物的趋向性
    1.5 研究目的与意义
2 阿拉善双峰驼MHC基因的定位及注释
    2.1 实验材料
    2.2 实验方法
        2.2.1 blastn序列比对
        2.2.2 共线性分析
        2.2.3 基因注释
        2.2.4 绘制系统进化树
    2.3 实验结果
        2.3.1 blastn序列对比及拼接
        2.3.2 共线性分析
        2.3.3 BLAT分析
        2.3.4 基因注释
    2.4 讨论与小结
3 阿拉善双峰驼阴道微生态菌群多样性分析
    3.1 实验材料
        3.1.1 实验动物
        3.1.2 主要试剂与材料
    3.2 实验方法
        3.2.1 样品采集
        3.2.2 微生物组总DNA提取
        3.2.3 目标片段PCR扩增
        3.2.4 扩增产物回收纯化
        3.2.5 扩增产物荧光定量
        3.2.6 测序文库制备
        3.2.7 高通量测序
        3.2.8 原始数据处理与样品序列数目统计
        3.2.9 OTU划分和分类地位鉴定
        3.2.10 Alpha多样性分析
        3.2.11 Beta多样性分析
        3.2.12 群落结构分析
    3.3 实验结果
        3.3.1 pH检测结果
        3.3.2 高通量测序数据分析处理结果
        3.3.3 OTU划分和分类地位鉴定结果
        3.3.4 Alpha多样性结果
        3.3.5 Beta多样性分析结果
        3.3.6 群落结构分析结果
    3.4 讨论与小结
4 双峰驼阴道分泌物样品质谱分析
    4.1 实验材料与方法
        4.1.1 实验动物
        4.1.2 主要试剂与材料
        4.1.3 主要仪器
        4.1.4 实验方法
    4.2 实验结果
        4.2.1 UPLC-QTof/MS BPI总离子色谱图
        4.2.2 主要成分结构确定
        4.2.3 多变量统计分析-PCA分析
    4.3 讨论与小结
5 雌性黑须污蝇对寄主信息素类挥发性化合物的趋向性研究
    5.1 实验材料与方法
        5.1.1 实验动物
        5.1.2 主要试剂与耗材
    5.2 实验方法
    5.3 实验结果
    5.4 讨论与小结
6 结论
致谢
参考文献
作者简介


【参考文献】：
期刊论文
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[3]桔小实蝇雌雄虫对18种寄主挥发物的触角电位差异比较[J]. 谭静,陈玲,李红亮,王强,商晗武.  浙江农业科学. 2016(05)
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博士论文
[1]中国主要双峰驼群体遗传多样性、系统进化及mtDNA异质性研究[D]. 何晓红.中国农业科学院 2011

硕士论文
[1]黑须污蝇及其幼虫的形态学与生活习性研究[D]. 安希文.内蒙古农业大学 2018
[2]肠道菌群与肠黏膜免疫及相关疾病的研究进展[D]. 王丽娜.重庆医科大学 2017
[3]阿拉善双峰驼人工感染阴道蝇蛆病的细胞因子研究及阴道组织形态学观察[D]. 姜建强.内蒙古农业大学 2016
[4]双峰驼MHC-DRB基因exon2克隆序列分析及遗传多样性研究[D]. 亢孝珍.内蒙古农业大学 2015



本文编号：3663569