猪免疫组学信息平台的构建
发布时间：2023-03-12 02:58
免疫组学是研究免疫相关的全套分子及其作用靶分子的学科,研究内容包括免疫基因组学、免疫蛋白质组学和免疫信息学。免疫信息学主要研究免疫生物学及疫苗学与临床免疫学中的问题,其基本研究方法包括数据库构建方法、计算统计方法和数学建模与计算机模拟方法。数据库构建包括数据收集和数据库创建、数据库管理等技术,这是免疫信息学研究的基础,通过免疫实验获得的大量数据只有有效的存储起来,才能为后续工作提供基石。随着猪全基因组测序的完成以及免疫组学的发展,所有实验获得的数据都存储在生物数据库中,各通用生物信息学网站的数据不断丰富,若充分整合目前互联网上猪免疫相关的数据,构建专题数据库,将会给猪免疫相关工作带来极大的便利,因此,本课题构建了猪免疫组学信息平台,并在该平台中搭建生物信息学分析工具,为广大研究者提供新的研究平台。基于Linux+Apache+MySQL+PHP环境开发本信息平台,通过对PDB和IEDB相关数据的整合,构建抗体分子结构和序列数据库,抗体轻链和重链CDR区序列数据库,MHC分子结构和序列数据库,B细胞表位信息和序列数据库,T细胞表位信息和序列数据库,这14个数据库中分别包含抗体结构1787...
【文章页数】：83 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
中文摘要
Abstract
英文缩写说明
第一章 引言
1.1 研究背景
1.1.1 免疫学背景
1.1.2 免疫组学和免疫信息学背景
1.2 国内外研究现状
1.2.1 猪相关数据库研究现状
1.2.2 免疫相关数据库研究现状
1.3 选题依据和主要研究内容
1.3.1 选题依据
1.3.2 主要研究内容
第二章 相关生物信息学研究技术理论
2.1 序列比对算法
2.2 同源建模
2.3 线性B细胞表位预测方法
2.4 本章小结
第三章 LAMP开发平台概述及搭建
3.1 LAMP开发平台概述
3.1.1 Linux操作系统
3.1.2 Web服务器Apache
3.1.3 MySQL数据库管理系统
3.1.4 PHP后台脚本编程语言
3.2 LAMP开发环境搭建
3.2.1 Apache的编译与安装
3.2.2 安装MySQL
3.2.3 安装PHP
3.3 本章小结
第四章 猪免疫组学信息平台数据整合
4.1 材料与方法
4.1.1 数据来源
4.1.2 整合抗体分子结构和序列数据
4.1.3 整合抗体CDR区序列数据
4.1.4 整合MHC分子结构和序列数据
4.1.5 整合猪B细胞表位信息数据及构建MySQL数据库
4.1.6 整合猪T细胞表位信息数据及构建MySQL数据库
4.2 结果与讨论
4.2.1 抗体分子的结构库和序列库
4.2.2 抗体CDR区的序列库
4.2.3 MHC分子的结构库和序列库
4.2.4 猪B细胞表位的详细信息和序列信息数据
4.2.5 猪T细胞表位的详细信息和序列信息数据
4.3 本章小结
第五章 猪免疫组学信息平台的实现
5.1 材料和方法
5.1.1 安装本地化BLAST工具并构建本地BLAST可用的数据库
5.1.2 使用PHP语言调用Blast命令
5.1.3 安装MODELLER程序
5.1.4 使用PHP语言调用MODELLER命令
5.1.5 使用PHP语言调用线性B细胞表位预测命令
5.1.6 使用PHP语言与MySQL数据库交互进行数据查询
5.2 结果与讨论
5.2.1 BLAST序列比对功能与序列比对网页的实现
5.2.2 MODELLER同源建模功能与同源建模网页的实现
5.2.3 猪线性B细胞表位预测网页的实现
5.2.4 信息查询功能网页的实现
5.3 本章小结
第六章 猪免疫组学信息平台的应用实例
6.1 材料和方法
6.1.1 猪免疫球蛋白kappa可变区序列比对及同源建模
6.1.2 中国荷包猪SLA-1分子序列比对及同源建模
6.1.3 猪圆环病毒Ⅱ型衣壳蛋白的线性B细胞表位预测
6.1.4 猪圆环病毒Ⅱ型衣壳蛋白B细胞线性表位信息查询
6.1.5 猪圆环病毒相关T细胞表位信息查询
6.2 结果与讨论
6.2.1 猪免疫球蛋白kappa可变区序列的同源建模
6.2.2 中国荷包猪SLA-1分子序列比对及同源建模
6.2.3 猪圆环病毒Ⅱ型衣壳蛋白的线性B细胞表位预测
6.2.4 猪圆环病毒Ⅱ型衣壳蛋白B细胞表位信息查询
6.2.5 猪圆环病毒相关T细胞表位信息查询
6.3 本章小结
总结与展望
总结
展望
参考文献
致谢
个人简历
本文编号：3760799
【文章页数】：83 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
中文摘要
Abstract
英文缩写说明
第一章 引言
1.1 研究背景
1.1.1 免疫学背景
1.1.2 免疫组学和免疫信息学背景
1.2 国内外研究现状
1.2.1 猪相关数据库研究现状
1.2.2 免疫相关数据库研究现状
1.3 选题依据和主要研究内容
1.3.1 选题依据
1.3.2 主要研究内容
第二章 相关生物信息学研究技术理论
2.1 序列比对算法
2.2 同源建模
2.3 线性B细胞表位预测方法
2.4 本章小结
第三章 LAMP开发平台概述及搭建
3.1 LAMP开发平台概述
3.1.1 Linux操作系统
3.1.2 Web服务器Apache
3.1.3 MySQL数据库管理系统
3.1.4 PHP后台脚本编程语言
3.2 LAMP开发环境搭建
3.2.1 Apache的编译与安装
3.2.2 安装MySQL
3.2.3 安装PHP
3.3 本章小结
第四章 猪免疫组学信息平台数据整合
4.1 材料与方法
4.1.1 数据来源
4.1.2 整合抗体分子结构和序列数据
4.1.3 整合抗体CDR区序列数据
4.1.4 整合MHC分子结构和序列数据
4.1.5 整合猪B细胞表位信息数据及构建MySQL数据库
4.1.6 整合猪T细胞表位信息数据及构建MySQL数据库
4.2 结果与讨论
4.2.1 抗体分子的结构库和序列库
4.2.2 抗体CDR区的序列库
4.2.3 MHC分子的结构库和序列库
4.2.4 猪B细胞表位的详细信息和序列信息数据
4.2.5 猪T细胞表位的详细信息和序列信息数据
4.3 本章小结
第五章 猪免疫组学信息平台的实现
5.1 材料和方法
5.1.1 安装本地化BLAST工具并构建本地BLAST可用的数据库
5.1.2 使用PHP语言调用Blast命令
5.1.3 安装MODELLER程序
5.1.4 使用PHP语言调用MODELLER命令
5.1.5 使用PHP语言调用线性B细胞表位预测命令
5.1.6 使用PHP语言与MySQL数据库交互进行数据查询
5.2 结果与讨论
5.2.1 BLAST序列比对功能与序列比对网页的实现
5.2.2 MODELLER同源建模功能与同源建模网页的实现
5.2.3 猪线性B细胞表位预测网页的实现
5.2.4 信息查询功能网页的实现
5.3 本章小结
第六章 猪免疫组学信息平台的应用实例
6.1 材料和方法
6.1.1 猪免疫球蛋白kappa可变区序列比对及同源建模
6.1.2 中国荷包猪SLA-1分子序列比对及同源建模
6.1.3 猪圆环病毒Ⅱ型衣壳蛋白的线性B细胞表位预测
6.1.4 猪圆环病毒Ⅱ型衣壳蛋白B细胞线性表位信息查询
6.1.5 猪圆环病毒相关T细胞表位信息查询
6.2 结果与讨论
6.2.1 猪免疫球蛋白kappa可变区序列的同源建模
6.2.2 中国荷包猪SLA-1分子序列比对及同源建模
6.2.3 猪圆环病毒Ⅱ型衣壳蛋白的线性B细胞表位预测
6.2.4 猪圆环病毒Ⅱ型衣壳蛋白B细胞表位信息查询
6.2.5 猪圆环病毒相关T细胞表位信息查询
6.3 本章小结
总结与展望
总结
展望
参考文献
致谢
个人简历
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