一株麻雀源坦布苏病毒全基因测序和传代研究

发布时间：2023-04-12 01:05

　　本研究从山东地区某发病鸭场周围的麻雀体内分离到一株坦布苏病毒，命名为SDS株，并用RT-PCR技术对分离株全基因组进行扩增并测序，将获得的SDS株坦布苏病毒全基因组序列与已在GenBank发表的24株坦布苏病毒和6株其他黄病毒属病毒全基因序列进行遗传进化分析。结果表明，该株坦布苏病毒的基因组全长为10990nt，包含94nt的5’端非编码区、618nt的3’端非编码区和一个开放阅读框（3425个氨基酸），编码11种病毒蛋白；与GenBank已发表的坦布苏病毒的核苷酸序列同源性为98.2％～99.5％，氨基酸序列同源性为98.1％～99.4％，其中与鸭源WFZ株（KC990545.1）的核苷酸序列同源性最高为99.5％，与鹅源坦布苏病毒（Duck egg-drop syndrome virus straingoose，JQ920424.1）和鸡源坦布苏病毒（CJD50，JF926699）的核苷酸序列同源性较低为98.9％。用NetNGlyc1.0Server在线软件对病毒蛋白潜在糖基化位点进行预测，结果表明在SDS株病毒多聚蛋白中共有13个潜在的糖基化位点，分别位于五个不同病毒蛋白中。本...

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【学位级别】：硕士

【文章目录】：
符号说明 中文摘要 ABSTRACT 1 前言
1.1 黄病毒简介
    1.1.1 黄病毒简介
    1.1.2 黄病毒疫苗概述
    
1.1.2.1 黄热病病毒疫苗
    
1.1.2.2 乙型脑炎疫苗
    
1.1.2.3 西尼罗河病毒疫苗
    
1.1.2.4 登革疫苗
1.2 坦布苏病毒感染概述
    1.2.1 坦布苏病毒感染发病史
    1.2.2 坦布苏病毒生物学特性
    
1.2.2.1 坦布苏病毒的形态结构
    
1.2.2.2 坦布苏病毒基因组及编码蛋白
    
1.2.2.3 病毒的结构蛋白
    
1.2.2.4 病毒的非结构蛋白
    
1.2.2.5 病毒的复制
    1.2.3 坦布苏病毒的理化特性和培养特性
    1.2.4 坦布苏病毒的流行病学
    1.2.5 临床症状和病理变化
    
1.2.5.1 临床症状
    
1.2.5.2 病理变化
    1.2.6 坦布苏病毒感染实验室诊断研究
    
1.2.6.1 病毒分离和鉴定
    
1.2.6.2 分子生物学诊断方法
    
1.2.6.3 血清学检测方法
    1.2.7 病毒的防控
1.3 全基因生物信息学分析的理论基础
    1.3.1 分子进化理论
    1.3.2 构建系统发育树的方法
    1.3.3 序列分析算法
1.4 研究的目的和意义 2 材料与方法
2.1 材料
    2.1.1 病料与鸭胚、鸡胚
    2.1.2 主要试剂
    2.1.3 主要仪器
    2.1.4 引物
2.2 方法
    2.2.1 主要溶剂的配置
    
2.2.1.1 培养基及常见试剂配置
    2.2.2 坦布苏病毒的分离鉴定
    
2.2.2.1 坦布苏病毒 SDS 株的分离与传代
    2.2.3 病毒的 ELD50测定
    2.2.4 病毒对鸭胚 MDT 的测定
    2.2.5 病毒 RNA 的提取和目的片段扩增
    
2.2.5.1 病毒 RNA 的提取
    
2.2.5.2 RT-PCR 反应
    
2.2.5.3 PCR 产物的初步鉴定
    
2.2.5.4 PCR 目的片段的纯化回收
    
2.2.5.5 连接
    
2.2.5.6 用 CaCl2制备大肠杆菌 DH5α感受态细胞
    
2.2.5.7 连接产物转化感受态细胞
    
2.2.5.8 阳性克隆鉴定与测序
    2.2.6 测序结果的拼接和分析
    2.2.7 不同代次病毒 E 蛋白氨基酸序列抗原指数预测 3 结果与分析
3.1 病毒的分离和鉴定
3.2 全基因序列扩增结果和序列分析
    3.2.1 全基因序列扩增结果
    3.2.2 全基因组核苷酸序列拼接和基因组特点
    3.2.3 分离株病毒全基因组同源性分析
    3.2.4 分离株病毒与不同来源坦布苏病毒的结构蛋白和 NS5 蛋白氨基酸序列分析
    3.2.5 潜在糖基化位点分析
    3.2.6 遗传进化分析
3.3 麻雀源坦布苏病毒传代培养结果
    3.3.1 不同代次病毒致死鸭胚胚体变化
    3.3.2 不同代次病毒对鸭胚 MDT 变化
    3.3.3 不同代次病毒对鸭胚半数致死量变化
    3.3.4 不同代次 E 基因的扩增结果
    3.3.5 不同代次 E 基因核苷酸和氨基酸的变异
    3.3.6 不同代次病毒 E 蛋白抗原指数预测与分析 4 讨论 5 结论 参考文献 致谢 攻读硕士学位期间发表论文情况



本文编号：3790114