贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测

发布时间：2023-04-16 21:37

　　【目的】明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据。【方法】以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代(F2)为研究对象,提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池,PCR扩增MSTN基因全部外显子序列,直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析,探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响。【结果】在鸡MSTN基因第1外显子(Exon-1)筛查到6个SNPs位点,分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6个SNPs位点均为同义突变。在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性,但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性,以C为优势等位基因,而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性。A234G位点突变对鸡MSTN基因m RNA二级结构稳定性无影响,G51A位点突变致使MSTN...

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【文章目录】：
0 引言
1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 基因组DNA提取
    1.3 引物设计及PCR扩增
    1.4 序列校对及等位基因频率估算
    1.5 生物信息学分析
2 结果与分析
    2.1 PCR扩增结果
    2.2 测序分析结果
    2.3 等位基因频率估算结果
    2.4 生物信息学分析结果
        2.4.1 m RNA二级结构预测分析结果
        2.4.2 MSTN蛋白理化性质预测分析结果
        2.4.3 信号肽预测分析结果
        2.4.4 MSTN蛋白跨膜结构预测结果
        2.4.5 MSTN蛋白亚细胞定位分析结果
        2.4.6 MSTN蛋白二级结构分析结果
3 讨论
4 结论



本文编号：3791925