猪嵴病毒WUH1株全基因组序列分析及病毒的分离
发布时间：2023-04-26 23:03
嵴病毒(Kobuvirus)属于微小RNA病毒科(Picornaviridae),是一种无囊膜的单股正链RNA病毒,可感染人和动物。嵴病毒属现包含爱知病毒(Aichi virus, AiV)和牛嵴病毒(Bovine kobuvirus, BKV)。2007年,匈牙利学者在检测猪杯状病毒时发现了嵴病毒属的一个候选成员—猪嵴病毒(Porcine kobuvirus, PKV)。此后,PKV在欧洲、亚洲和美洲的猪中检出率都非常高,但其与疾病之间的联系尚不清楚。已有报道爱知病毒会引起人肠胃炎,BKV可能导致牛的腹泻,并且研究发现PKV在具有腹泻症状的猪群中阳性率明显高于无腹泻症状的猪群,这些提示我们PKV也许是引起猪腹泻的一个新病原体。 现在已有大量有关PKV部分核酸序列的报道,但关于全基因组的报道较少,而全基因组的序列分析有助于人们更好地了解不同毒株之间的进化关系。爱知病毒和BKV分别于1991年和2003年被分离到,但目前还没有分离出PKV病毒粒子,这使得许多关于PKV的研究不能进行。鉴于以上基础,本研究从猪嵴病毒RT-PCR诊断方法的建立、基因组遗传进化分析和病毒粒子的分离等方面开展了实...
【文章页数】：54 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
缩略语表
第一章 文献综述
1.1 微小RNA病毒的研究进展
1.1.1 微小RNA病毒的病原学
1.1.2 微小RNA病毒的生物学特性
1.2 嵴病毒的研究进展
1.2.1 嵴病毒的病原学
1.2.2 嵴病毒的临床症状与致病机制
1.2.3 嵴病毒的基因组结构和功能
1.2.4 基因组编码的蛋白及其作用
1.2.5 嵴病毒的遗传进化研究
1.2.6 猪嵴病毒的流行病学研究
1.3 RACE技术
1.4 病毒的分离
第二章 研究目的与意义
第三章 材料与方法
3.1 实验材料
3.1.1 实验样品
3.1.2 菌株与细胞
3.1.3 载体与质粒
3.1.4 工具酶及主要试剂
3.1.5 培养基与抗生素及其配制
3.1.6 主要缓冲液与相关试剂及其配制
3.1.7 感受态细胞制备用试剂
3.1.8 分子生物学分析软件
3.2 实验方法
3.2.1 样品处理
3.2.2 组织样品、接种病毒的细胞样品总RNA的提取
3.2.3 反转录
3.2.4 PCR检测方法的建立
3.2.5 猪嵴病毒病毒基因组序列的PCR扩增
3.2.7 限制性内切酶酶切反应
3.2.8 PCR产物或酶切产物的电泳检测
3.2.9 PCR产物或酶切产物回收与纯化
3.2.10 外源DNA片段与质粒载体的连接反应
3.2.11 大肠杆菌感受态细胞的制备(氯化钙法)
3.2.12 连接产物的转化
3.2.13 质粒的制备与鉴定
3.2.14 重组质粒的测序
3.2.15 病毒的增殖
第四章 结果与分析
4.1 猪嵴病毒检测方法的建立
4.1.1 PKV引物设计
4.1.2 退火温度的选择
4.1.3 特异性实验结果
4.1.4 敏感性实验结果
4.1.5 临床样品中PKV检测结果
4.1.6 PKV扩增产物序列测定和比较分析
4.2 猪嵴病毒基因组遗传进化分析
4.2.1 PKV基因组各片段的扩增
4.2.2 PKV基因组各个片段重组质粒的酶切鉴定结果
4.2.3 各阳性克隆的测序及拼接结果
4.3 基因遗传进化分析结果
4.3.1 PKV与其他微小RNA病毒的对比分析
4.3.2 PKV基因组进化树分析
4.4 基因组序列分析结果
4.4.1 PKV的核苷酸序列分析
4.4.2 PKV蛋白的序列分析
4.5 猪嵴病毒分离鉴定结果
4.5.1 PKV的分离
第五章 讨论与结论
5.1 猪嵴病毒的检测方法和流行病学调查
5.2 PKV病毒基因组的扩增
5.3 PKV的基因组分析
5.4 PKV的分离
5.5 结论
参考文献
致谢
附录
本文编号：3802363
【文章页数】：54 页
【学位级别】：硕士
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摘要
Abstract
缩略语表
第一章 文献综述
1.1 微小RNA病毒的研究进展
1.1.1 微小RNA病毒的病原学
1.1.2 微小RNA病毒的生物学特性
1.2 嵴病毒的研究进展
1.2.1 嵴病毒的病原学
1.2.2 嵴病毒的临床症状与致病机制
1.2.3 嵴病毒的基因组结构和功能
1.2.4 基因组编码的蛋白及其作用
1.2.5 嵴病毒的遗传进化研究
1.2.6 猪嵴病毒的流行病学研究
1.3 RACE技术
1.4 病毒的分离
第二章 研究目的与意义
第三章 材料与方法
3.1 实验材料
3.1.1 实验样品
3.1.2 菌株与细胞
3.1.3 载体与质粒
3.1.4 工具酶及主要试剂
3.1.5 培养基与抗生素及其配制
3.1.6 主要缓冲液与相关试剂及其配制
3.1.7 感受态细胞制备用试剂
3.1.8 分子生物学分析软件
3.2 实验方法
3.2.1 样品处理
3.2.2 组织样品、接种病毒的细胞样品总RNA的提取
3.2.3 反转录
3.2.4 PCR检测方法的建立
3.2.5 猪嵴病毒病毒基因组序列的PCR扩增
3.2.7 限制性内切酶酶切反应
3.2.8 PCR产物或酶切产物的电泳检测
3.2.9 PCR产物或酶切产物回收与纯化
3.2.10 外源DNA片段与质粒载体的连接反应
3.2.11 大肠杆菌感受态细胞的制备(氯化钙法)
3.2.12 连接产物的转化
3.2.13 质粒的制备与鉴定
3.2.14 重组质粒的测序
3.2.15 病毒的增殖
第四章 结果与分析
4.1 猪嵴病毒检测方法的建立
4.1.1 PKV引物设计
4.1.2 退火温度的选择
4.1.3 特异性实验结果
4.1.4 敏感性实验结果
4.1.5 临床样品中PKV检测结果
4.1.6 PKV扩增产物序列测定和比较分析
4.2 猪嵴病毒基因组遗传进化分析
4.2.1 PKV基因组各片段的扩增
4.2.2 PKV基因组各个片段重组质粒的酶切鉴定结果
4.2.3 各阳性克隆的测序及拼接结果
4.3 基因遗传进化分析结果
4.3.1 PKV与其他微小RNA病毒的对比分析
4.3.2 PKV基因组进化树分析
4.4 基因组序列分析结果
4.4.1 PKV的核苷酸序列分析
4.4.2 PKV蛋白的序列分析
4.5 猪嵴病毒分离鉴定结果
4.5.1 PKV的分离
第五章 讨论与结论
5.1 猪嵴病毒的检测方法和流行病学调查
5.2 PKV病毒基因组的扩增
5.3 PKV的基因组分析
5.4 PKV的分离
5.5 结论
参考文献
致谢
附录
本文编号：3802363
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/dongwuyixue/3802363.html
