腹泻与健康仔猪粪便菌群的比较及致病菌的分离与耐药性研究
发布时间：2023-04-30 06:31
仔猪腹泻是生猪养殖场中常见的疾病,也是影响养猪业经济效益的重要因素之一,对其有效防治是目前关注和研究的重点。随着抗生素在养殖业中的广泛使用,多重耐药细菌不断出现,并可通过食物链将其耐药性传播给人类,对食品安全和公共卫生安全造成严重威胁。本研究以广东某生猪养殖场的腹泻和健康哺乳仔猪为研究对象,利用高通量测序技术分析腹泻仔猪与健康仔猪的粪便菌群差异,筛选出与仔猪腹泻相关的病原菌组成,再从采集的粪便样本中分离出致病菌,并采用纸片扩散法(K-B)对分离菌株进行17种抗生素敏感试验,最后对其中一株多重耐药肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)KP4进行全基因组测序。具体内容如下:1、采用16S rRNA基因高通量测序技术对8份腹泻和8份健康哺乳仔猪的粪便样本进行测序,发现健康仔猪粪便菌群的多样性显著高于腹泻仔猪(P<0.05);与健康仔猪粪便菌群组成相比,腹泻仔猪粪便中变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度显著升高,而拟杆菌门(Bacteroidetes)显著降低(P<0.05);在属的分类水平上,腹泻仔猪粪便中埃希氏-志贺菌属(Escherichia...
【文章页数】：87 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
英文缩写表
第一章 绪论
1.1 仔猪腹泻概述
1.2 肠道菌群概况
1.2.1 肠道菌群的组成和功能
1.2.2 肠道菌群与仔猪腹泻
1.2.3 猪肠道菌群研究方法
1.2.4 猪肠道菌群研究进展
1.3 猪源大肠杆菌研究进展
1.3.1 大肠杆菌概述
1.3.2 大肠杆菌耐药现状
1.4 肺炎克雷伯菌研究进展
1.4.1 肺炎克雷伯菌概述
1.4.2 肺炎克雷伯菌的耐药现状及机制
1.4.3 肺炎克雷伯菌的致病因子
1.4.4 肺炎克雷伯菌研究进展
1.5 测序技术发展概况
1.5.1 第一代测序技术
1.5.2 第二代测序技术
1.5.3 第三代测序技术
1.6 本课题的研究意义及主要内容
第二章 腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性的比较
2.1 引言
2.2 实验材料与设备
2.2.1 主要仪器与设备
2.2.2 主要实验试剂
2.3 实验方法
2.3.1 样品采集
2.3.2 样品总DNA提取
2.3.3 16S rRNA基因扩增
2.3.4 Illumina Miseq测序
2.3.5 数据处理与分析
2.4 结果与分析
2.4.1 测序数据整体分析
2.4.2 Alpha多样性分析
2.4.3 Beta多样性分析
2.4.4 物种组成分析
2.4.5 物种差异分析
2.4.6 16S功能预测分析
2.5 讨论
2.6 本章小结
第三章 大肠杆菌和肺炎克雷伯菌的分离及耐药性分析
3.1 引言
3.2 实验材料与设备
3.2.1 主要仪器与设备
3.2.2 主要实验试剂
3.3 实验方法
3.3.1 样本来源
3.3.2 样品制备及增菌
3.3.3 细菌分离
3.3.4 生化试验
3.3.5 分子生物学鉴定
3.3.6 药敏试验
3.3.7 菌种保存
3.3.8 数据分析
3.4 结果与分析
3.4.1 大肠杆菌和肺炎克雷伯菌的分离情况
3.4.2 肺炎克雷伯菌的耐药表型
3.4.3 大肠杆菌的耐药表型
3.4.4 分离菌株的多重耐药性
3.5 讨论
3.6 本章小结
第四章 多重耐药肺炎克雷伯菌基因组分析
4.1 引言
4.2 实验材料和设备
4.2.1 实验菌株
4.2.2 仪器和设备
4.3 实验方法
4.3.1 细菌DNA的提取
4.3.2 文库构建及测序
4.3.3 原始下机数据处理
4.3.4 基因组序列拼装
4.3.5 功能元件分析
4.3.6 毒力基因和耐药基因分析
4.3.7 基因功能注释
4.4 结果与分析
4.4.1 测序数据概况
4.4.2 基因组概况
4.4.3 功能元件分析
4.4.4 毒力因子分析
4.4.5 耐药基因分析
4.4.6 基因功能分析
4.5 讨论
4.6 本章小结
结论与展望
一、结论
二、创新点
三、展望
参考文献
攻读硕士学位期间取得的研究成果
致谢
附件
本文编号：3806622
【文章页数】：87 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
英文缩写表
第一章 绪论
1.1 仔猪腹泻概述
1.2 肠道菌群概况
1.2.1 肠道菌群的组成和功能
1.2.2 肠道菌群与仔猪腹泻
1.2.3 猪肠道菌群研究方法
1.2.4 猪肠道菌群研究进展
1.3 猪源大肠杆菌研究进展
1.3.1 大肠杆菌概述
1.3.2 大肠杆菌耐药现状
1.4 肺炎克雷伯菌研究进展
1.4.1 肺炎克雷伯菌概述
1.4.2 肺炎克雷伯菌的耐药现状及机制
1.4.3 肺炎克雷伯菌的致病因子
1.4.4 肺炎克雷伯菌研究进展
1.5 测序技术发展概况
1.5.1 第一代测序技术
1.5.2 第二代测序技术
1.5.3 第三代测序技术
1.6 本课题的研究意义及主要内容
第二章 腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性的比较
2.1 引言
2.2 实验材料与设备
2.2.1 主要仪器与设备
2.2.2 主要实验试剂
2.3 实验方法
2.3.1 样品采集
2.3.2 样品总DNA提取
2.3.3 16S rRNA基因扩增
2.3.4 Illumina Miseq测序
2.3.5 数据处理与分析
2.4 结果与分析
2.4.1 测序数据整体分析
2.4.2 Alpha多样性分析
2.4.3 Beta多样性分析
2.4.4 物种组成分析
2.4.5 物种差异分析
2.4.6 16S功能预测分析
2.5 讨论
2.6 本章小结
第三章 大肠杆菌和肺炎克雷伯菌的分离及耐药性分析
3.1 引言
3.2 实验材料与设备
3.2.1 主要仪器与设备
3.2.2 主要实验试剂
3.3 实验方法
3.3.1 样本来源
3.3.2 样品制备及增菌
3.3.3 细菌分离
3.3.4 生化试验
3.3.5 分子生物学鉴定
3.3.6 药敏试验
3.3.7 菌种保存
3.3.8 数据分析
3.4 结果与分析
3.4.1 大肠杆菌和肺炎克雷伯菌的分离情况
3.4.2 肺炎克雷伯菌的耐药表型
3.4.3 大肠杆菌的耐药表型
3.4.4 分离菌株的多重耐药性
3.5 讨论
3.6 本章小结
第四章 多重耐药肺炎克雷伯菌基因组分析
4.1 引言
4.2 实验材料和设备
4.2.1 实验菌株
4.2.2 仪器和设备
4.3 实验方法
4.3.1 细菌DNA的提取
4.3.2 文库构建及测序
4.3.3 原始下机数据处理
4.3.4 基因组序列拼装
4.3.5 功能元件分析
4.3.6 毒力基因和耐药基因分析
4.3.7 基因功能注释
4.4 结果与分析
4.4.1 测序数据概况
4.4.2 基因组概况
4.4.3 功能元件分析
4.4.4 毒力因子分析
4.4.5 耐药基因分析
4.4.6 基因功能分析
4.5 讨论
4.6 本章小结
结论与展望
一、结论
二、创新点
三、展望
参考文献
攻读硕士学位期间取得的研究成果
致谢
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本文编号：3806622
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