拷贝数变异全基因组关联分析及数量性状基因座定位联合鉴定猪体高性状候选基因

发布时间：2023-05-11 05:11

　　旨在利用全基因组拷贝数变异区域(copy number variation regions, CNVRs)关联分析以及全基因组数量性状基因座(quantitative trait locus, QTLs)定位联合筛选出影响猪体高性状的候选基因。本研究利用快速检测基因组拷贝数变异软件CNVcaller对本实验室构建的大白×民猪F2代资源群体的重测序数据进行拷贝数变异检测。利用混合线性模型(mixed-linear model, MLM)将性别和胎次作为固定效应对体高性状进行拷贝数变异全基因组关联分析(CNVR-GWAS)。采用软件R/qtl进行QTL分析,并使用置换检验(permutation test, PT)进行检验。将CNVR-GWAS与QTL结果进行联合注释,结合GO富集和KEGG通路分析,对影响猪体高的位点和基因进行挖掘。利用实时荧光定量PCR(qPCR)方法验证候选基因。结果表明,本群体在全基因组范围内共有3 099个CNVRs,其中有两个CNVRs与体高性状在全基因组范围内显著相关,分别位于7号染色体的25 358 001～26 696 400 bp处(CNVR1)和54 ...

【文章页数】：10 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 研究材料及表型测定
    1.2 DNA提取及测序
    1.3 CNVR全基因组关联分析
    1.4 QTL全基因组关联分析
    1.5 猪体高显著相关CNVR与QTL定位联合分析
    1.6 利用qPCR方法对OR12D3基因拷贝数进行验证
2 结 果
    2.1 猪体高性状表型分布分析
    2.2 猪全基因组CNVR检测及体高性状显著CNVRs鉴定
    2.3 影响猪体高性状QTL的定位
    2.4 猪体高显著相关的CNVR与QTL重叠区间的基因功能注释
    2.5 qPCR对OR12D3基因拷贝数的验证
3 讨 论
4 结 论



本文编号：3814227