西藏山羊高海拔适应性的选择信号筛选

发布时间：2023-10-27 20:46

　　试验旨在对西藏山羊常染色体的选择信号进行筛选,发掘重要的种质特性基因。基于西藏山羊、新疆山羊和太行山羊群体的Illumina 50K芯片分型数据,通过过滤等位基因频率较低和未定位的变异位点,得到高质量的SNPs标记;通过计算遗传分化系数(Fst)来分析群体遗传结构,同时对群体进行主成分分析(principal component analysis,PCA)和系统进化树构建以确定其群体结构;借助Di和XP-EHH两种不同的方法,以前5%为阈值,通过SNPs注释得到西藏山羊基因组受选择基因,并利用相关的生物信息学数据分析库对候选基因进行功能富集分析。结果显示,在3个群体中共鉴定出48 358个SNPs标记,3个群体有相近的遗传距离(Fst<0.05),西藏山羊的遗传分化程度(Fst=0.0376)明显高于新疆山羊(Fst=0.0256)、太行山羊(Fst=0.0257),表明西藏山羊群体已经产生一定程度的遗传分化。通过选择信号分析,在西藏山羊群体中共筛选到36个受到较强选择的位点和211个候选基因,其中EGFR、AKT1、PDHB和PFKP等基因与高海拔适应性相关。这些基因主要富集在...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验群体
    1.2 方法
        1.2.1 基因分型与质量控制
        1.2.2 群体遗传结构分析
        1.2.3 选择信号检测
        1.2.4 生物信息学分析
2 结 果
    2.1 群体遗传结构分析
    2.2 选择信号分析
        2.2.1 Fst的统计结果
        2.2.2 Di统计结果
        2.2.3 XP-EHH统计结果
    2.3 生物信息学分析
3 讨 论
4 结 论



本文编号：3857243