香猪睾丸piRNA的筛选与鉴定
发布时间：2023-10-28 18:43
香猪是贵州本地的小型猪品种,即是重要的经济动物,也因为体型小、生理病理等方面与人类的高度相似性,成为重要的实验动物和模式生物。香猪产仔数少但性成熟早,公猪三月龄进入青春期,六月龄达到性成熟。piRNAs是一类长度为26-44 nt与PIWI家族蛋白相互作用的不同于miRNAs和siRNAs的小的非编码RNA,它主要分布在性腺中,其在染色体上分布不均匀,一般成簇分布,成熟piRNA的3’端2-OH被甲基化修饰的,5’端有明显的尿嘧啶偏爱性。piRNAs通过参与异染色质形成,转录和转录后沉默,抑制转座子,保护生殖系基因组免受DNA损伤和突变的影响,确保遗传信息可靠地代代相传。本研究通过高通量测序及生物信息学分析等方法筛选出了4个发育期的piRNA序列,并分析其特征,染色体分布,来源等,并对其来源基因进行GO富集分析和KEGG通路分析,同时对piRNA簇也进行了相关分析。本研究主要获得的结果如下:1.利用高通量测序及生物信息学分析,从2月龄(断奶期)香猪睾丸中筛选出100335条已知piRNAs和70514条候选piRNA序列,3月龄(发情期)中筛出102013条已知piRNAs和66667...
【文章页数】：84 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
中文摘要
Abstract
第一章 前言
1.1 香猪简介及其现状
1.2 睾丸发育过程
1.3 piRNA的简介
1.3.1 piRNA的来源及产生
1.3.2 piRNA的特征
1.4 piRNA簇
1.5 piRNA的功能机制
1.5.1 piRNA与胚胎发育
1.5.2 piRNA与生殖细胞发育
1.5.3 piRNA引导的沉默
1.5.4 表观遗传信息通过piRNAs的传递
1.6 本研究的目的及意义
第二章 材料和方法
2.1 样品采集
2.2 主要数据库及生物分析软件
2.3 试验试剂与仪器
2.3.1 试验试剂
2.3.2 主要试剂盒
2.3.3 主要溶液的配制
2.3.4 试验仪器
2.4 small RNA的提取
2.4.1 睾丸组织小RNA提取
2.4.2 小RNA的富集
2.5 小RNA文库的构建及高通量测序
2.6 测序数据分析
2.6.1 原始数据质控
2.6.2 序列比对
2.7 piRNAs的筛选
2.8 生物信息学分析
2.9 荧光定量检测
2.9.1 引物设计
2.9.2 逆转录反应
2.9.3 PCR扩增
2.9.4 琼脂糖凝胶电泳
2.9.5 目的片段的回收与纯化
2.9.6 DNA的连接
2.9.7 重组质粒的转化
2.9.8 菌落PCR鉴定
2.9.9 目的序列测序
2.9.10 质粒DNA的提取
2.9.11 稀释质粒,建标曲
2.9.12 荧光定量PCR
第三章 结果与分析
3.1 测序数据
3.2 香猪睾丸中已知,同源和新的piRNA的筛选
3.3 香猪睾丸中已知piRNA和候选piRNA的生物信息学分析
3.4 香猪睾丸中表达piRNAs的来源分析
3.4.1 TE衍生的piRNAs
3.4.2 ncRNA衍生的表达piRNAs
3.4.3 m RNA衍生的表达piRNAs
3.5 香猪睾丸中四个发育期piRNAs的差异分析
3.6 香猪睾丸四个发育期piRNA簇的生物信息学分析
3.6.1 不同发育期香猪睾丸piRNA簇的筛选及分布
3.6.2 piRNA簇在四个发育期的来源分析
3.6.3 簇内区域piRNA序列重叠现象分析
3.6.4 piRNA簇表达量及其基因分析
3.7 实时荧光定量PCR结果分析
第四章 讨论
4.1 香猪睾丸piRNA及 piRNA簇的筛选分析
4.2 香猪睾丸piRNAs和 piRNA簇的来源分析
4.3 piRNAs及 piRNA簇来源基因GO和 KEGG分析
第五章 结论
参考文献
附录
附录1 两个及两个以上月龄表达的piRNA簇
附录2 六个随机piRNAs的标曲
附录3 香猪睾丸piRNA序列信息
致谢
本文编号：3857564
【文章页数】：84 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
中文摘要
Abstract
第一章 前言
1.1 香猪简介及其现状
1.2 睾丸发育过程
1.3 piRNA的简介
1.3.1 piRNA的来源及产生
1.3.2 piRNA的特征
1.4 piRNA簇
1.5 piRNA的功能机制
1.5.1 piRNA与胚胎发育
1.5.2 piRNA与生殖细胞发育
1.5.3 piRNA引导的沉默
1.5.4 表观遗传信息通过piRNAs的传递
1.6 本研究的目的及意义
第二章 材料和方法
2.1 样品采集
2.2 主要数据库及生物分析软件
2.3 试验试剂与仪器
2.3.1 试验试剂
2.3.2 主要试剂盒
2.3.3 主要溶液的配制
2.3.4 试验仪器
2.4 small RNA的提取
2.4.1 睾丸组织小RNA提取
2.4.2 小RNA的富集
2.5 小RNA文库的构建及高通量测序
2.6 测序数据分析
2.6.1 原始数据质控
2.6.2 序列比对
2.7 piRNAs的筛选
2.8 生物信息学分析
2.9 荧光定量检测
2.9.1 引物设计
2.9.2 逆转录反应
2.9.3 PCR扩增
2.9.4 琼脂糖凝胶电泳
2.9.5 目的片段的回收与纯化
2.9.6 DNA的连接
2.9.7 重组质粒的转化
2.9.8 菌落PCR鉴定
2.9.9 目的序列测序
2.9.10 质粒DNA的提取
2.9.11 稀释质粒,建标曲
2.9.12 荧光定量PCR
第三章 结果与分析
3.1 测序数据
3.2 香猪睾丸中已知,同源和新的piRNA的筛选
3.3 香猪睾丸中已知piRNA和候选piRNA的生物信息学分析
3.4 香猪睾丸中表达piRNAs的来源分析
3.4.1 TE衍生的piRNAs
3.4.2 ncRNA衍生的表达piRNAs
3.4.3 m RNA衍生的表达piRNAs
3.5 香猪睾丸中四个发育期piRNAs的差异分析
3.6 香猪睾丸四个发育期piRNA簇的生物信息学分析
3.6.1 不同发育期香猪睾丸piRNA簇的筛选及分布
3.6.2 piRNA簇在四个发育期的来源分析
3.6.3 簇内区域piRNA序列重叠现象分析
3.6.4 piRNA簇表达量及其基因分析
3.7 实时荧光定量PCR结果分析
第四章 讨论
4.1 香猪睾丸piRNA及 piRNA簇的筛选分析
4.2 香猪睾丸piRNAs和 piRNA簇的来源分析
4.3 piRNAs及 piRNA簇来源基因GO和 KEGG分析
第五章 结论
参考文献
附录
附录1 两个及两个以上月龄表达的piRNA簇
附录2 六个随机piRNAs的标曲
附录3 香猪睾丸piRNA序列信息
致谢
本文编号：3857564
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