绵羊MC4R、MRF4、PROP1基因多态性及生物信息学分析

发布时间：2023-12-02 16:59

　　本试验利用PCR-SSCP技术分析了永昌甘农新品种群羊、小尾寒羊、湖羊3个品种绵羊的MC4R、MRF4和PROP1基因的多态性突变位点，并运用NCBI网站和ExPaSy等生物信息学在线工具分析各个基因编码序列及其编码氨基酸的理化性质、结构及功能，从而为绵羊生长发育性状的分子标记作辅助选择以及分子育种提供基础资料。结果如下： 1、在MC4R基因的3段基因片段中共发现4个多态性位点，分别是：C495T、G511A、C732G、G896C，其中C495T和G896C属于同义突变，分别编码Ser和Ala。G896C位点上，3个绵羊品种均发现了2个基因型，CC和CD。3个绵羊品种在该位点均处于低度多态性和Hardy-weinberg平衡状态；C732G属于种间突变，小尾寒羊为G碱基，编码Met，另外两个品种均为C碱基，编码Ile，经蛋白质的二级结构预测显示，该位点的氨基酸不同，导致该基因编码蛋白质的二级结构也略有不同，由原来的51.5%的α螺旋、16.27%的β折叠和32.23%的无规则卷曲组成变为由51.2%的α螺旋、15.36%的β折叠和33.43%的无规则卷曲组成。在MC4R-3基因片段中...

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【学位级别】：硕士

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摘要
Summary
第一章 文献综述
    1. 养羊业概况
    2. 绵羊品种介绍
        2.1 湖羊
        2.2 小尾寒羊
        2.3 永昌甘农新品种群羊
    3. 候选基因的研究进展
        3.1 MC4R 基因
        3.2 MRF4 基因
        3.3 PROP1 基因
    4. 家畜分子遗传标记技术
        4.1 直接测序
        4.2 DNA 芯片
        4.3 单链构象多态性
    5. 研究目的意义
第二章 实验研究
    实验一 MC4R 基因多态性及生物信息学分析
        1. 材料与方法
            1.1 试验试剂及药品
            1.2 试验主要仪器设备
            1.3 主要试剂和溶液的配制
            1.4 样本采集
            1.5 血液基因组 DNA 的提取及检测
            1.6 基因组 DNA 浓度和纯度检测
            1.7 引物
            1.8 PCR 扩增
            1.9 SSCP 分析
            1.10. 测序
            1.11. 数据统计及分析
                1.11.1 基因频率和基因型频率的计算
                1.11.2 多态信息含量
                1.11.3 纯合度、杂合度和有效等位基因数
                1.11.4 Hardy-Weinberg 平衡检测
                1.11.5 不同基因型在 3 个绵羊群体中分布的差异显著性检验
                1.11.6 生物信息学分析
        2. 结果
            2.1 DNA 的浓度和纯度检测
            2.2 PCR 扩增结果
            2.3 SSCP 结果
            2.4 测序结果
            2.5 MC4R 基因的生物信息学分析结果
            2.6 MC4R 同源性比对
        3 讨论
    实验二 PROP1 基因外显子 1 多态性及生物信息学分析
        1. 材料与方法
            1.1 试验试剂及药品
            1.2 试验主要仪器设备
            1.3 主要试剂和溶液的配制
            1.4 样本采集
            1.5 血液基因组 DNA 的提取及检测
            1.6 引物
            1.7 PCR 扩增
            1.8 SSCP 分析
            1.9 生物信息学分析
        2. 结果
            2.1 DNA 的浓度和纯度检测
            2.2 PCR 扩增结果
            2.3 SSCP 结果
            2.4 PROP1 基因的生物信息学分析结果
            2.5 PROP1 基因同源性比对
        3 讨论
    实验三 MRF4 基因外显子 1 多态性及生物信息学分析
        1. 材料与方法
            1.1 试验试剂及药品
            1.2 试验主要仪器设备
            1.3 主要试剂和溶液的配制
            1.4 样本采集
            1.5 血液基因组 DNA 的提取及检测
            1.6 引物
            1.7 PCR 扩增
            1.8 SSCP 分析
            1.9 测序
            1.10 数据统计及分析
        2. 结果与分析
            2.1 DNA 的浓度和纯度检测
            2.2 PCR 扩增结果
            2.3 SSCP 结果
            2.4 测序结果
            2.5 MRF4 基因的生物信息学分析
            2.6 MRF4 同源性比对
        3 讨论
结论
参考文献
致谢
导师简介
作者简介



本文编号：3870091