山羊卵泡发育相关基因的筛选及分析

发布时间：2024-02-24 11:28

　　【背景】山羊第一卵泡波中的优势卵泡(dominant follicles, DF)和从属卵泡(subordinate follicles,SF)是整个卵泡发育过程中最为关键的两个阶段。随着卵泡的进一步发育,最终DF可能发育成为成熟卵泡,直到排卵;SF将走向闭锁,其中颗粒细胞的凋亡是导致卵泡发生闭锁的关键因素。然而目前对促进卵泡的优势化或导致其闭锁的分子机理尚不清楚。【目的】通过对山羊第一卵泡波中DF和SF颗粒细胞进行高通量测序,旨在筛选影响卵泡发育的关键基因,为深入探究卵泡发育的调控机制提供理论依据。【方法】选取10只1岁龄健康的贵州白山羊分别注射前列腺素F2α,使其同期发情,此后每天用B超检测并记录卵泡的生长情况,发情3 d后,统一屠宰并采集第一卵泡波中DF (直径4.5—6 mm)与SF (直径3—4.5 mm),分别分离其中的颗粒细胞,提取总RNA、构建文库后通过Illumina Hiseq 2500平台进行测序。利用FastQC对测序产出raw reads进行质量评估并经过过滤后,获得品质较高的clean reads;使用Trinity对得到的clean reads进行重新组装...

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【部分图文】：

图1DF和SF颗粒细胞中原始数据的分类

高通量测序得到的rawreads，经过滤带接头的、含N的及低质量的reads，最终在DF中获得43217934条cleanreads，占95.19%；在SF中获得40766348条cleanreads，占95.35%（图1）。将得到的cleanreads比对到山羊....

图2DF和SF颗粒细胞中差异表达基因火山图

通过goseq软件对得到的695个差异表达基因进行GO功能富集分析,共分为三大类42组：其中生物学过程占47.6%，细胞组分占47.6%，分子功能占4.8%（图3）。图3DF和SF颗粒细胞中差异表达基因GO分析

图3DF和SF颗粒细胞中差异表达基因GO分析

图2DF和SF颗粒细胞中差异表达基因火山图2.4KEGG信号通路分析

图4DF和SF颗粒细胞中差异表达基因KEGG通路富集散点图

通过功能分析，我们筛选出6个可能与山羊卵泡发育密切相关的基因（表3）。其中PRLR、PTX3、RGN在SF颗粒细胞中表现为上调；DKK3、ALDH1A2、RARRES1则表现为下调。QRT-PCR结果显示PRLR、RGN、DKK3、ALDH1A2、RARRES1的表达趋势与高通量....

本文编号：3908928