地衣芽孢杆菌H2对坏死性肠炎肉鸡盲肠菌群的调控作用

发布时间：2024-03-20 20:50

　　本研究旨在利用Illumina MiSeq高通量测序技术、荧光定量PCR技术、PCR-DGGE技术研究正常肉鸡盲肠微生物组成以及地衣芽孢杆菌对患坏死性肠炎肉鸡盲肠菌群的调控作用。共240只1日龄体重相似的肉鸡被随机分为四组。四个组的设计为:空白组饲喂基础日粮;造模组饲喂高鱼粉型日粮,并使用产气荚膜梭菌与球虫进行攻毒;消除组饲喂高鱼粉型日粮,灌胃球虫;预防组全程饲喂地衣芽孢杆菌,其余处理与造模组相同。22日龄时,每组随机选取15只肉鸡,采集盲肠样品进行高通量测序、荧光定量PCR以及PCR-DGGE检测。14日龄与28日龄时,每组随机选取5只肉鸡,采集盲肠样品进行荧光定量PCR与PCR-DGGE检测。检测结果及分析如下:健康肉鸡盲肠菌群的高通量分析结果表明:稀释曲线进入平台期,此次高通量测序深度满足分析要求;只有少数样品与其他样品的Beta多样性差异较大;物种注释分析结果显示,健康肉鸡盲肠菌群主要由拟杆菌门Bacteroidetes、厚壁菌门Firmicutes、变形菌门Proteobacteria、柔膜菌门Tenericutes组成,这四个菌门总共占到总体群落的98.8%;KEGG数据库...

【文章页数】：66 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
符号说明
1 文献综述
    1.1 肉鸡坏死性肠炎的研究概述
        1.1.1 产气荚膜梭菌
        1.1.2 坏死性肠炎的特征及危害
    1.2 肉鸡坏死性肠炎的防治措施
        1.2.1 传统治疗方式
        1.2.2 新型治疗方式
        1.2.3 益生菌对肉鸡坏死性肠炎的防治研究
    1.3 肠道菌群研究方法概述
        1.3.1 PCR-DGGE技术
        1.3.2 荧光定量PCR技术
        1.3.3 二代测序技术
    1.4 本研究目的及意义
2 材料与方法
    2.1 试验材料
        2.1.1 试验菌株
        2.1.2 试验动物及日粮
        2.1.3 主要试剂与仪器
    2.2 试验方法
        2.2.1 动物试验设计
        2.2.2 样品采集与处理
        2.2.3 IlluminaMiSeq测序分析流程
        2.2.4 荧光定量PCR分析盲肠内容物特定菌群
        2.2.5 PCR-DGGE分析盲肠菌群结构
3 结果与分析
    3.1 健康肉鸡盲肠菌群的高通量测序分析
    3.2 造模组22日龄肉鸡盲肠菌群的特征以及地衣芽孢杆菌对肉鸡盲肠菌群的调控作用
        3.2.1 产气荚膜梭菌及诱导因素对肉鸡盲肠菌群的影响
        3.2.2 地衣芽孢杆菌对22日龄肉鸡盲肠菌群的调控作用
    3.3 不同日龄肉鸡盲肠菌群分析
        3.3.1 荧光定量PCR对不同日龄肉鸡盲肠特定菌群的分析
        3.3.2 PCR-DGGE对不同日龄肉鸡盲肠菌群结构的分析
4 讨论
    4.1 健康肉鸡盲肠菌群的高通量测序分析
    4.2 造模组肉鸡盲肠菌群的特征
    4.3 地衣芽孢杆菌对肉鸡盲肠菌群的调控作用
    4.4 通过荧光定量PCR与PCR-DGGE对不同日龄肉鸡盲肠菌群的分析
        4.4.1 荧光定量PCR对不同日龄肉鸡盲肠特定菌群的分析
        4.4.2 PCR-DGGE对不同日龄肉鸡盲肠菌群结构的分析
5 结论
参考文献
致谢
简历



本文编号：3933285