布鲁氏菌sRNA的预测与部分功能的研究

发布时间：2024-03-21 23:54

　　布鲁氏菌病是由布鲁氏菌引起的一种人畜共患病,严重危害公共卫生安全和畜牧业发展。布鲁氏菌是一种胞内寄生菌,其侵入宿主细胞后会面临恶劣的生存环境。为了应对胞内复杂的环境,布鲁氏菌需要调控相关基因的表达以保证其生存和复制。随着sRNA在细菌中不断被发现,sRNA的功能也逐渐被人们熟知,其在细菌基因表达的调节中发挥重要作用,可以影响生物膜形成、代谢、群体感应、应激反应及毒力等。Hfq是一种RNA伴侣蛋白,可以介导sRNA的基因调控。布鲁氏菌中也存在sRNA,但对其参与的转录调控尚不明确。为了研究布鲁氏菌中sRNA的相关功能,本研究应用二代测序技术和sRNA-Detect算法对牛种布鲁氏菌2308株的sRNA进行预测,选取部分验证正确的sRNA进行功能研究,包括其对细菌毒力的影响以及应激条件下的转录,并寻找这些sRNA的作用靶点。1、提取该菌株的总RNA,进行RNA-Seq高通量测序,基于测序结果采用sRNA-Detect算法进行sRNA预测,并采用反转录PCR对sRNA进行验证。结果共预测出3523条候选的sRNA,随机挑选14个sRNA均得到验证。另外经验证,在2308 hfq缺失株中,其中...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图3-1预测的sRNAs的长度分布

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图3-2反转录PCR对sRNA预测结果的验证Fig.3-2VerificationofsRNApredictionresultsbyRT-PCRM:1000DLMarker；1:sRNA015；2:sRNA020；3:sRNA068；4:sRNACandidate070；5:sRNA104；6:sRNA121；7:sRNA154；8:sRNA218；9:sRNA252；10:sRNA261；11:sRNA265；12:sRNA295；13:sRNA305；14:sRNA308

图3-2反转录PCR对sRNA预测结果的验证Fig.3-2VerificationofsRNApredictionresultsbyRT-PCRRNA015；2:sRNA020；3:sRNA068；4:sRNACandidate070；59:sRNA25....

图3-3hfq同源臂扩增结果

图3-3hfq同源臂扩增结果3-3Theresultofhfqhomologousarmb臂扩增结果；2:hfq下游同源臂扩增臂-Km质粒的鉴定e质粒经SacI和KpnI双酶切pBlue-hfq同源臂重组质粒上下游同源臂之间的EcoRl霉素....

图3-4pBlue-hfq同源臂-Km酶切鉴定结果

图3-3hfq同源臂扩增结果Theresultofhfqhomologousarm增结果；2:hfq下游同源臂扩增Km质粒的鉴定粒经SacI和KpnI双酶Blue-hfq同源臂重组质粒游同源臂之间的EcoR素抗性基因连接，得到后，出现线性化的p....

本文编号：3934321