利用全基因组测序技术筛选影响鸭羽色、喙色及蹼色的候选基因及其关联验证

发布时间：2024-04-22 05:13

　　羽色、喙色及蹼色是鸭重要的表型标记。为了寻找影响鸭羽、喙、蹼色变异的基因,本研究以课题组建立的杂交鸭F₂代资源群体(1534个个体)为研究对象,先构建不同表型个体DNA池样本进行基因组简并测序(Rad-seq)、后采用不同表型样本全基因组重测序的方法,对影响鸭色素性状的候选基因进行筛选,并对筛选出的候选基因中的两个基因CADPS及PTPRG与鸭羽、喙及蹼色进行了关联研究,主要研究结果如下:1.构建不同表型个体DNA池样本、采取简并基因组测序法对F₂代群体鸭两种极端表型(黑羽黑喙黑蹼及白羽黄喙黄蹼)个体DNA样本分别进行测序,然后进行序列比对,经过滤共得到72个分别在黑羽样本或白羽样本中纯合的SNP位点,其中有12个SNP位点定位于不同功能基因中。对其中导致酶切位点改变的2个SNP(g.593704G>A,g.625503T>C)位点,利用PCR-RFLP方法对F₂代资源群体中部分个体(561个)进行基因型鉴定并采用列联表独立性检验法对SNP位点与羽色、喙色及蹼色表型进行关联研究,结果发现这2个SNP与鸭羽色、...

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【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
缩略词表
1 前言
    1.1 研究问题的由来
    1.2 黑色素的合成与转运
    1.3 家禽色素性状研究进展
        1.3.1 控制鸭羽色的C/T位点
        1.3.2 鸡的胫色
    1.4 本研究涉及的基因
        1.4.1 CADPS基因
        1.4.2 PTPRG基因
    1.5 筛选色素性状相关基因的研究方法
        1.5.1 高通量测序
        1.5.2 高通量测序在畜禽研究中的应用
    1.6 研究目的与意义
2 材料与方法
    2.1 实验材料
        2.1.1 实验动物
        2.1.2 F₂代群体表型判定标准
        2.1.3 主要仪器设备
        2.1.4 主要试剂
        2.1.5 常用溶液及其配制
        2.1.6 主要分子生物学软件和分子生物学网站
    2.2 实验方法
        2.2.1 RNA的提取与质量检测
        2.2.2 总RNA去基因组DNA污染
        2.2.3 RNA反转录
        2.2.4 DNA的提取与质量检测
        2.2.5 PCR-RFLP酶切分型
        2.2.6 引物设计
        2.2.7 RT-PCR检测鸭CADPS、PTPRG基因的表达量
        2.2.8 鸭基因组重测序
    2.3 数据统计与性状关联分析
        2.3.1 基因型频率和等位基因频率
        2.3.2 遗传多态性分析
        2.3.3 基因型与性状关联分析
3 结果
    3.1 基因组简并测序(Rad-seq)
        3.1.1 SNP的获得与筛选
        3.1.2 候选SNP与目标性状的关联
    3.2 不同表型样本重测序
        3.2.1 测序质量
        3.2.2 数据预处理结果
        3.2.3 SNP筛选结果
        3.2.4 SNP的分布
        3.2.5 候选基因的GO注释
    3.3 鸭CADPS基因与目标性状的关联
        3.3.1 鸭CADPS基因中检测到的SNP及部分位点多态性检测
        3.3.2 鸭CADPS基因SNP筛选及与羽色、蹼色、喙色的关联分析
        3.3.3 CADPS基因在鸭羽毛毛球中的表达
    3.4 鸭PTPRG基因与目标性状的关联
        3.4.1 鸭PTPRG基因中检测到的SNP及部分位点多态性检测
        3.4.2 鸭PTPRG基因与羽色、蹼色、喙色的关联分析
        3.4.3 PTPRG基因在鸭羽毛毛球中的表达
4 讨论
    4.1 鸭的颜色性状遗传控制复杂
    4.2 鸭CADPS基因多态性与色素性状相关
    4.3 鸭PTPRG基因多态性与色素性状相关
    4.4 两种测序方法的比较
5 总结
    5.1 研究小结
    5.2 本研究的不足之处与下一步研究设想
参考文献
致谢



本文编号：3961978