我国部分地方鸭品种遗传多样性与群体结构分析

发布时间：2024-05-13 05:21

　　为全面了解我国地方鸭品种遗传资源的遗传多样性,群体间的关系、结构及我国地方鸭品种的起源和保种现状,采集了我国不同地域的22个地方鸭品种(包含中国番鸭)或资源群以及绿头野鸭和斑嘴鸭群体,共计1890个个体样本。通过SSR荧光标记技术,检测了这些个体在12个SSR位点的基因型。分析了等位基因频率、有效等位基因数(Ne)、群体杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、群体间的Nei氏标准遗传距离(DS)和DA遗传距离,采用UPGMA法、主成分分析PCA和群体遗传结构分析等方法(Structure程序),对24个群体的遗传多样性、群体分化时间、群体结构、品种起源、杂种优势预测等进行了分析。同时,本研究利用mtDNA D-loop区部分序列和mtDNA COI基因序列,对24个群体在核外序列上的遗传多样性、系统进化、单倍型分布等进行了分析,并选取了巢湖鸭作为我国地方鸭品种的代表,进行了异地小群保种效果的监测,其分析与监测结果如下。 1.利用已报道的58个微卫星(SSR)座位中筛选出了12个等位基因丰富的座位,并根据等位基因大小分为：第Ⅰ组：AY493256、CM011、APH01,第Ⅱ组：APL2...

【文章页数】：123 页

【学位级别】：博士

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中文摘要
ABSTRACT
缩略词说明
第一章 绪论
    1 遗传多样性的概念及畜禽遗传资源保护
        1.1 遗传多样性的概念
        1.2 畜禽遗传资源保护
            1.2.1 畜禽遗传资源保种理论
            1.2.2 畜禽遗传资源保种方法
    2 我国地方鸭种起源及品种资源概况
        2.1 我国地方鸭品种起源与进化
        2.2 我国地方鸭品种遗传资源概况
        2.3 地方鸭品种遗传多样性及群体结构研究进展
            2.3.1 形态水平遗传多样性与群体结构
            2.3.2 细胞水平遗传多样性与群体结构
            2.3.3 生化水平遗传多样性与群体结构
            2.3.4 分子水平遗传多样性与群体结构
        2.4 SSR标记及其在家禽遗传育种研究中的应用
            2.4.1 SSR DNA的发现、结构及分布
            2.4.2 SSR DNA多态性形成的机制及研究方法
            2.4.3 SSR标记的优点
            2.4.4 SSR标记研究的方法
            2.4.5 SSR标记在畜禽遗传育种研究中的应用
            2.4.6 SSR标记的缺陷与不足
        2.5 mtDNA的遗传多样性与群体结构分析
        2.6 系统发育树构建方法
            2.6.1 非加权组平均法(UPGMA)
            2.6.2 最小二乘法(LS)
            2.6.3 最小进化法(ME)
            2.6.4 邻接法(NJ)
            2.6.5 最大简约法(MP)
            2.6.6 最大似然法(ML)
        2.7 本研究的目的与意义
第二章 基于STR分型技术分析我国部分地方鸭品种遗传多样性与群体结构
    1 材料与方法
        1.1 样本采集
        1.2 SSR引物选择
        1.3 主要仪器与试剂
            1.3.1 主要仪器设备
            1.3.2 主要试剂
        1.4 主要溶液的配制
        1.5 鸭基因组总DNA提取
        1.6 PCR反应体系及程序的优化
        1.7 PCR产物检测
            1.7.1 琼脂糖凝胶电泳检测
            1.7.2 聚丙烯酰胺凝胶电泳及硝酸银染色
        1.8 基于丙烯酰胺凝胶的基因型判定
        1.9 荧光引物的筛选与组合
        1.10 多色PCR扩增产物ABI-3730XL DNA Analyzer检测
        1.11 统计原理与基因型判定方法
            1.11.1 统计原理
            1.11.2 基因型判定方法
        1.12 聚类方法
    2 结果
        2.1 基因组DNA的提取
        2.2 普通PCR扩增产物PAGE电泳检测
        2.3 筛选的标记引物及其组合
        2.4 荧光PCR产物的STR分型
        2.5 所选SSR座位的遗传参数
        2.6 引物在单个群体中的群体遗传学参数
            2.6.1 等位基因数
            2.6.2 多态信息含量
            2.6.3 杂合度
            2.6.4 优势等位基因及频率
            2.6.5 特有等位基因及频率
            2.6.6 共有等位基因
        2.7 F统计量
        2.8 单个群体的遗传学参数分析
        2.9 遗传距离与其初步应用
            2.9.1 遗传距离
            2.9.2 基于遗传距离的聚类分析
            2.9.3 基于遗传距离的分化时间推测
            2.9.4 基于遗传距离的杂种优势预测
        2.10 PCA分析
        2.11 群体结构分析
    3 讨论
        3.1 各群体的样本含量
        3.2 SSR引物的选择及标记
        3.3 群体遗传学参数与遗传距离
        3.4 PCA与Structure程序分析
第三章 基于MTDNA D-LOOP区序列分析我国部分地方鸭品种的遗传结构
    1 材料和方法
        1.1 实验材料
        1.2 实验方法
            1.2.1 mt DNA提取
            1.2.2 mtDNA D-loop区扩增
        1.3 统计分析
    2 结果与分析
        2.1 mtDNA D-loop区扩增效果及测序结果
        2.2 鸭mtDNA D-loop区的碱基组成
        2.3 鸭mtDNAD-loop区遗传结构
        2.4 鸭mtDNA D-loop区遗传多样性
        2.5 聚类分析
        2.6 Network网络图分析
    3 讨论
第四章 基于COI基因序列分析我国部分地方鸭品种的遗传结构
    1 材料与方法
        1.1 实验材料
        1.2 实验方法
            1.2.1 mtDNA的提取
            1.2.2 mtDNA COI基因的扩增
        1.3 统计分析
    2 结果
        2.1 鸭COI基因扩增效果及测序结果
        2.2 鸭COI基因的碱基组成
        2.3 鸭COI基因的遗传多样性
        2.4 聚类分析
        2.5 Network网络图分析
    3 讨论
第五章 巢湖鸭异地小群保种效果监测
    1 材料和方法
        1.1 实验材料
        1.2 实验方法
            1.2.1 血样采集与基因组DNA提取
            1.2.2 SSR引物的选择与数据处理
    2 结果与分析
        2.1 荧光PCR扩增产物检测分型结果
        2.2 保种群体与原产地群体优势等位基因的比较
        2.3 保种群体与原产地群体He、PIC的比较
    3 讨论
第六章 全文结论
参考文献
附录
致谢
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本文编号：3972441