3株猪博卡病毒的全基因遗传进化及重组分析

发布时间：2024-05-14 00:45

　　【目的】了解猪博卡病毒(Porcine bocavirus,PBoV)在广西猪群中的流行状况及遗传学特征,为有效防控PBoV感染提供科学依据。【方法】采用PCR对采自广西境内养殖场的388份猪源样品进行PBoV检测,挑选3份阳性样品(1份为PBoVG1阳性样品,2份为PBoVG3阳性样品)进行全基因扩增,测序获得的序列使用LaserGene进行处理及多重比对分析,应用MEGA 5.2中的ClustalW进行遗传进化分析,通过邻接法(NJ)构建系统发育进化树,并以SimPlot3.5.1进行潜在基因重组事件分析。【结果】猪内脏组织(肺脏、脾脏和淋巴结的混合样品)、扁桃体、脑组织和公猪精液的PBoV阳性率分别为25.19%、8.33%、2.94%和1.54%。在所有检测样品中,PBoVG3基因群的阳性率最高,为9.02%,PBoVG2和PBoVG1基因群的阳性率均为1.55%;不同基因群的PBoV存在混合感染现象,其中,PBoVG1+PBoVG3二重感染率为1.03%,PBoVG2+PBoVG3二重感染率为0.77%。从PBoV阳性样品中扩增获得3条PBoV全基因序列(毒株),命名为GXB...

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【部分图文】：

图1PBoV的PCR检测电泳结果

PCR扩增产物以1.0%琼脂糖凝胶电泳进行检测，结果显示成功扩增获得约300bp/400bp/500bp的目的条带（图1），与预期结果一致。不同种类样品的PBoV检测结果显示，内脏组织的阳性率最高，为25.19%(34/135）；其次是扁桃体，阳性率为8.33%(2/24....

图2PBoV全基因PCR扩增电泳结果

基于PBoV全基因编码区（Codingsequence,CDS）全长序列构建的系统发育进化树（图3）显示，所有PBoV毒株可分为三大分支，GXBH2014株和GXBH2015株同处于PBoVG3基因群分支上，其中，GXBH2014株与2013年马来西亚3B株（MK4674....

图3基于PBoV全基因CDS全长序列构建的系统发育进化树

图2PBoV全基因PCR扩增电泳结果2.5不同PBoV毒株间的全基因序列重组分析结果

图4不同PBoV毒株间的全基因序列重组分析结果

不同PBoV基因群（PBoVG1、PBoVG2和PBoVG3）间的核苷酸同源性均低于60.0%，具有高度的遗传多样性，由于缺乏共同的保守区域，无法设计可用于所有基因群毒株PCR扩增鉴定的通用引物，因此，本研究采用PBoVG1、PBoVG2和PBoVG3共3对PCR引物分别对同份样....

本文编号：3972947