萨能奶山羊胎儿成纤维细胞miRNA文库的构建及生物信息学分析

发布时间：2024-05-17 22:53

　　本试验旨在丰富山羊miRNA文库,并探讨miRNAs在胎儿成纤维细胞生长调控中的作用。试验以萨能奶山羊胎儿成纤维细胞为研究对象,运用Illumina高通量测序和生物信息学技术分析山羊胎儿成纤维细胞miRNAs表达。成功构建了萨能奶山羊胎儿成纤维细胞miRNAs的cDNA文库,获得16 395 039 total reads,去除冗余数据后获得16 150 181条clean reads,其中unique sRNAs 205 857条。生物信息学分析获得候选新miRNAs 247条,候选miRNAs靶基因8 401个,靶基因位点数10 832个;同时分析发现候选miRNAs首位碱基对U和A具有偏向性。GO注释表明,69.6%的基因与细胞和细胞组分相关,超过54.1%的基因参与了细胞器相关活动,多达65.0%的基因与细胞及细胞过程相关联。KEGG通路分析显示,约10.5%的基因与代谢通路有关,是占比最多的一条通路,数据显示miRNAs对胎儿成纤维细胞具有重要调控作用。试验结果为胎儿成纤维细胞的生长调控及奶山羊乳腺生物反应器中供核体细胞miRNAs深入研究提供参考。

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【部分图文】：

图1sRNA片段长度分布情况

表1胎儿成纤维细胞sRNA高通量测序数据Table1Datasofhigh-throughputsequencingofsmallRNAinfetalfibroblasts分类CategoriessRNA种数UniquesRNAssRNA总数....

图2Rfam中非编码RNA的sRNA统计

图1sRNA片段长度分布情况2.3候选新miRNAs的鉴别

图3部分新miRNAs二级结构

进一步分析发现,MAPK信号通路(MAPKsignalingpathway,ID:ko04010)、细胞黏附分子(celladhesionmolecules(CAMs),ID:ko04330)、Toll样受体信号通路(Toll-likereceptorsignalin....

图4miRNAs首位碱基偏向性

图3部分新miRNAs二级结构表2候选miRNAs首位碱基分布Table2ThefirstbasedistributionofcandidatemiRNAs候选miRNAs长度LengthofcandidatemiRNAs/ntAUGC20....

本文编号：3976090