民猪抗寒基因的筛选及生物信息学分析

发布时间：2024-06-01 22:17

　　本研究将同窝民猪6头随机分为两组：常温组3头20℃24h饲养；低温组3头4℃24h饲养。分别对两组民猪肌肉组织进行表达谱测序，目的是获得民猪在冷应激反应时差异基因。全文主要结论如下： 1）常温组和低温组分别获得5860627条和5664509条高质量标签序列（Clean Tags），占标签序列总量的95.28%和96.89%，约为标签序列种类的37.37%和38.24%。 2）筛选出差异表达基因1720个，其中上调表达基因662个，下调表达基因1058个，通过对差异基因筛选结果进一步分析发现了大量免疫相关的基因，如猪白细胞抗原2基因（SLA-2）、白介素10基因（IL-10）等；生长性能相关基因，肌球蛋白重链4基因（MYH4）、抗坏血酸过氧化物酶基因（OSAP）、硫氧还蛋白还原酶1基因（TXNRD1）、上皮生长因子基因(EGF)、3磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1基因（PDK-1）、肌酸磷酸激酶2基因（CKMT-2）、围脂滴蛋白2基因（PLIN-2）、半乳糖结合蛋白基因（GBP1）等，机体保护相关基因硝基还原酶基因（NOR-1）、CADD45A等。 3）对1720个差异基因进行了GO Onto...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图3-1测序饱和度分析

图3-1测序饱和度分析Fig.3-1Sequencingsaturationanalysis.1.2高质量标签序列统计分析.1.2.1高质量标签序列分布统计通过对测序标签序列的统计分析发现，常温组和低温组分别获得586万条和566万量标签序列（CleanT....

图3-2测序整体质量评估Fig.3-2SequencingQualityEvaluation

图3-2测序整体质量评估Fig.3-2SequencingQualityEvaluation图3-3高质量标签序列拷贝数分布统计分析Fig.3-3DistributionofCleanTagCopyNumber

图3-3高质量标签序列拷贝数分布统计分析

18图3-3高质量标签序列拷贝数分布统计分析Fig.3-3DistributionofCleanTagCopyNumber3.1.2.2高质量标签序列的对比统计将标签序列对比到已知转录组是鉴定基因表达谱分子事件的最有效办法，将常温、低温组文库中tag比对到....

图3-4高质量标签序列比对统计

图3-4高质量标签序列比对统计Fig.3-4StatisticsofCleanTagAlignment3.1.4民猪差异表达基因筛选将常温组和低温组的所有高质量标签序列经过基因注释后进行差异表达分析，设定检测条件为log2（常温组/低温组）的比值绝对值大于0.....

本文编号：3986460