异卵双生绵羊DNA甲基化组的分析

发布时间：2017-06-14 17:23

  本文关键词：异卵双生绵羊DNA甲基化组的分析，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：绵羊作为一种全世界都在驯养的重要家畜,其为人类社会提供的肉类,羊奶制品以及羊毛制品都是人类日常生活不可或缺的。最近,第三版本的绵羊参考基因组已经发布,但是至今尚未有高分辨率、高覆盖度绵羊DNA甲基化组研究的报道。此次研究通过对一对生长在不同环境下的异卵双生苏尼特羊进行DNA甲基化测序,研究并报告了一个来源于绵羊背最长肌组织、单碱基分辨率且覆盖度高达94.38%的参考甲基化组。此次项目从不同层面对绵羊甲基化组图谱进行了描绘。此外,此次研究还比较了两头羊甲基化组之间的差异,包括对全基因组层次的差异甲基化区域的分析(Differentially Methylated Region, DMRs)、基因组不同功能区域的甲基化分布分析以及248个包含DMRs的基因的分析。其中,我们特别对DMRs基因进行了GO (Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)注释以及富集分析,我们发现,这些DMRs基因显著富集到脂质代谢、个体性成熟以及肿瘤相关功能分类。这些发现不仅为后续绵羊DNA甲基化相关研究提供数据基础,为绵羊育种提供表观遗传学理论参考,另外还有助于阐明表型变化以及基因甲基化模式之间的关系。
【关键词】：绵羊 DNA甲基化 差异甲基化区域
【学位授予单位】：昆明理工大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S826
【目录】：

• 摘要6-7
• ABSTRACT7-10
• 第1章 绪论10-28
• 1.1 表观遗传学10-11
• 1.2 胞嘧啶DNA甲基化11-12
• 1.3 RNA指导的DNA甲基化通路12-15
• 1.4 基因组印迹15-21
• 1.5 环境对表观基因组的影响21-22
• 1.6 表观遗传学与疾病22-26
• 1.7 绵羊DNA甲基化组26-28
• 第2章 材料与方法28-38
• 2.1 实验材料28
• 2.2 DNA样品准备、建库以及BS-SEQ测序28-33
• 2.3 BS-SEQ原始数据质量控制以及与参考基因组比对33-34
• 2.4 绵羊LD DNA甲基化组统计分析方法34-35
• 2.5 差异甲基化区以及相关基因的识别35-36
• 2.6 差异甲基化基因GO和KEGG注释及富集分析36-38
• 第3章 结果分析38-62
• 3.1 绵羊全基因组重亚硫酸盐法测序以及测序数据质量控制38
• 3.2 描绘绵羊LD DNA甲基化组图谱38-42
• 3.3 全基因组尺度DNA甲基化谱42-43
• 3.4 染色体尺度DNA甲基化谱43-45
• 3.5 单碱基尺度DNA甲基化谱45-47
• 3.6 绵羊基因组功能区DNA甲基化分布47-48
• 3.7 两个绵羊LD DNA甲基化组差异甲基化区域的分析48-49
• 3.8 两个绵羊LD DNA甲基化组差异基因分析49-62
• 第4章 讨论62-64
• 致谢64-66
• 参考文献66-82
• 附录A (攻读学位其间发表论文目录)82-84
• 附录B84-88

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本文编号：450079