两株猪繁殖与呼吸综合征病毒弱毒全基因组序列比较分析

发布时间：2017-06-24 22:10

  本文关键词：两株猪繁殖与呼吸综合征病毒弱毒全基因组序列比较分析，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：为了解PRRSV JXA1株致弱的分子学基础,本试验将PRRSV JXA1-86株在Marc-145细胞上连续传10代,得到JXA1-96株。根据GenBank上发表的PRRSV基因序列设计并合成9对扩增区域相互重叠的特异性引物,扩增两毒株的全基因组片段,并将其分别成功克隆到pEasy-T1载体后进行序列测定,用DNA Star软件拼接测序结果,得到JXA1-86与JXA1-96株的全基因组序列。将JXA1株与JXA1-86株序列比对分析,发现Nsp5、Nsp6、Nsp8、Nsp12、M、 N蛋白编码的氨基酸未发生变化,表明JXA1株毒力的降低可能与这些蛋白无关;将JXA1株和JXA1-86株与其他2对PRRSV原始毒株/弱毒疫苗株进行基因序列比较分析,发现这3对毒株中结构蛋白的氨基酸突变率更高一些,表明毒力的改变与结构蛋白的改变关系更大一些；将各代次PRRSV序列比对分析,发现在第70代到第86代序列之间,ORF1a中A928V, I1155M, E1629D(前两个突变位于Nsp2中,第三个突变位于Nsp3中),GP2中I11sV,GP3中H79N,GP4中1124V,GP5中K59N发生了改变,说明其毒力的减弱可能与以上几处变异有关。利用不同生物信息学软件对JXA1株与JXA1-86株的Nsp2, Nsp3, GP2, GP3, GP4和GP5蛋白进行分析,探究突变对蛋白的影响,推测其致弱的可能原因,为研发高致病性PRRSV弱毒疫苗提供一定的理论基础。
【关键词】：PRRSV JXA1株 传代 全基因组测序 毒力致弱
【学位授予单位】：内蒙古农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S852.65
【目录】：

• 摘要3-4
• abstract4-9
• 缩略语表9-10
• 1 引言10-22
• 1.1 猪繁殖与呼吸综合征简介10
• 1.2 病原学10-14
• 1.2.1 一般特征10-11
• 1.2.2 基因组结构11-14
• 1.3 流行病学14
• 1.3.1 易感动物与宿主14
• 1.3.2 传染源与传播途径14
• 1.4 临诊症状14-15
• 1.5 病理变化15
• 1.6 致病机理15-16
• 1.7 诊断16-17
• 1.7.1 病毒分离16
• 1.7.2 血清学诊断16-17
• 1.7.3 分子生物学诊断17
• 1.8 病毒的遗传变异17-18
• 1.8.1 5'UTR和3'UTR的遗传变异17
• 1.8.2 ORF1的遗传变异17-18
• 1.8.3 结构蛋白的遗传变异18
• 1.9 疫苗的研究进展与现状18-21
• 1.9.1 传统疫苗18-19
• 1.9.2 基因工程疫苗19-21
• 1.10 本研究的目的与意义21-22
• 2 材料与方法22-31
• 2.1 材料22-25
• 2.1.1 毒株与细胞22
• 2.1.2 主要试剂22-23
• 2.1.3 主要仪器23
• 2.1.4 参考强毒株及其致弱株与JXA1/JXA1-86毒株来源信息23-24
• 2.1.5 PRRSV JXA1株各代毒株传代信息24
• 2.1.6 引物的设计与合成24-25
• 2.2 方法25-31
• 2.2.1 细胞的培养与病毒的传代25-26
• 2.2.2 PRRSV JXA1-86株与JXA1-96株全基因组序列测定26-30
• 2.2.3 序列分析30-31
• 3 结果31-49
• 3.1 病毒在细胞上传代结果31
• 3.2 全基因组序列测定结果31-49
• 3.2.1 目的片段PCR扩增结果31-32
• 3.2.2 重组质粒鉴定结果32
• 3.2.3 测序结果32
• 3.2.4 PRRSV JXA1株、JXA1-86株、JXA1-96株序列比对结果32-36
• 3.2.5 PRRSV JXA1株与JXA1-86株各蛋白生物信息学分析36-49
• 4 讨论49-52
• 5 结论52-53
• 致谢53-54
• 参考文献54-62
• 附录62-71
• 作者简介71

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