利用Illumina MiSeq测序平台分析肉鸡盲肠微生物多样性

发布时间：2017-07-02 16:08

  本文关键词：利用Illumina MiSeq测序平台分析肉鸡盲肠微生物多样性，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：为对肉鸡盲肠微生物的多样性进行探索,选取15只饲养在相同条件下的科宝-500肉鸡,利用Illumina MiSeq测序平台与Qiime等16srRNA序列分析工具在22日龄时采集盲肠内容物进行研究。结果显示:1)测序共获得359 158条有效序列与3 210个OTU,并且由稀释曲线可以证明此次测序结果比较全面的覆盖了肉鸡盲肠微生物群落。2)各样品菌群之间存在差异,得到序列的数量以及菌群多样性差别较大。3)通过核心菌群分析可知,4个共享菌群在门水平上分别为:拟杆菌门Bacteroidetes(70.0%±12.1%)、厚壁菌门Firmicutes(25.4%±11.2%)、变形菌门Proteobacteria(4.3%±3.7%)和蓝菌门Cyanobacteria(0.3%±0.5%)。4)有益菌群如乳酸杆菌属Lactobacillus、双歧杆菌属Bifidobacterium虽然存在于盲肠微生物中,但相对丰度不高。5)PICRUSt分析盲肠菌群对应的基因功能发现:功能转运、嘌呤代谢、DNA修复重组蛋白、氧化磷酸化和甲烷代谢等基因功能丰度最高。由此可见,个体差异虽然对肉鸡盲肠微生物结构影响较大,但是仍然存在不少共性。
【作者单位】： 四川农业大学动物医学院/动物微生态研究中心/动物疫病与人类健康四川省重点实验室;
【关键词】： 肉鸡 盲肠 微生物 核心菌群 Illumina MiSeq测序 PICRUSt分析
【基金】：四川省科技厅国际合作项目(2013HH0055)
【分类号】：S831
【正文快照】： 肉鸡作为一类重要的经济动物,其生产性能和健康程度与肠道内复杂的微生物结构紧密相关。作为肉鸡肠道微生物最富集的肠段,盲肠微生态系统受到了广泛的关注。在之前的研究中,许多方法例如厌氧培养法[1]、末端限制性片段长度多样性分析(T-RFLP)[2]、变性梯度凝胶电泳PCR(PCR-DGG

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本文编号：510566