SOX6基因拷贝数变异对鸡生长性状的影响

发布时间：2017-07-13 17:00

  本文关键词：SOX6基因拷贝数变异对鸡生长性状的影响

  更多相关文章： 鸡 拷贝数变异 SOX6基因 生长

【摘要】：拷贝数变异(copy numbe variation,CNV)是一种重要的遗传结构变异,其覆盖了大量的功能基因,与个体的疾病或表型差异密切相关。本研究基于SNP芯片的分型数据和CNV计算结果,对多态性丰富的CNV(CNP)与鸡的重要经济性状进行关联分析,并探讨功能基因拷贝数变异影响表型的分子机制,主要结果如下:(1)19个CNP中,共15个CNP与性状显著相关(P0.0.5),其中,12个CNP与生长性状相关,4个CNP与屠体性状显著相关,6个CNP与肉质性状显著相关。(2)筛选6个与生长性状相关的CNP作为候选CNP,并用qPCR成功验证了这些CNP区域,但CNP在邻近区域均未找到合适的Tag-SNP。(3)利用Accucopy和CNVplex对杏花鸡和隐性白洛克鸡中进行CNV分型,其中,与CNP13(chr5:10500294-10675531)重叠的SOX6基因存在1到3拷贝数的CNV,在隐性白洛克鸡中筛选到5个CNV个体(CN=1,CN=3),在杏花鸡中筛选到2个变异个体(CN=3),因此将SOX6基因作为候选基因进行下一步研究。(4)SOX6在鸡的16个组织中都有表达,在胸肌、腿肌、垂体、心脏、小脑、肾中表达量较高;且在肌肉组织中,随着SOX6基因拷贝数的增加,个体的mRNA表达量也逐渐升高,表明该基因可能与肌肉的生长发育有关。(5)过表达SOX6后,成肌细胞周期发生变化,处于G1时期的细胞极显著减少(P0.01),而进入S期的细胞极显著增多(P0.01),说明SOX6促进成肌细胞的增殖;而干扰SOX6基因后,IGFIR1、MYF6、SOX9、SHOX、CCND1表达显著上调,说明SOX6可能与这些基因互作,影响细胞的增殖和肌肉的生长发育。(6)SOX6蛋白的生物信息学预测结果显示:氨基酸序列(265-579)区域为无序区域,SOX6重复区域的氨基酸也恰好落在此区域,推测CNV能通过改变SOX6蛋白无序区域的范围从而影响蛋白的功能。综上所述,本研究筛选到15个与鸡重要经济性状相关的CNP。其中,CNP13与鸡的体重、胫长和肉质相关,CNP13通过改变SOX6基因的mRNA表达而直接或间接作用于鸡的生长和发育引起个体间表型差异,此研究为寻找鸡生长发育相关的重要功能基因和揭示其影响复杂性状的分子机制奠定基础。
【关键词】：鸡 拷贝数变异 SOX6基因 生长
【学位授予单位】：华南农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S831
【目录】：

• 摘要3-4
• Abstract4-6
• 常用缩略词表6-10
• 1 前言10-18
• 1.1 拷贝数变异的基本概述10-14
• 1.2 CNV与性状的相关性14-15
• 1.3 CNP与SNP的连锁不平衡分析15-16
• 1.4 CNV对基因表达的影响16
• 1.5 功能候选基因SOX6基因的研究16-18
• 1.6 本研究目的及意义18
• 2 材料与方法18-30
• 2.1 实验材料18-19
• 2.1.1 实验动物18
• 2.1.2 主要实验试剂18-19
• 2.2 实验方法19-30
• 2.2.1 数据统计分析与生物信息学分析19-21
• 2.2.2 血液采集及基因组DNA的抽提和检测21-22
• 2.2.3 组织总RNA提取及检测22
• 2.2.4 总RNA的反转录22
• 2.2.5 实时荧光定量PCR22-24
• 2.2.6 DNA拷贝数变异的检测24
• 2.2.7 细胞功能实验24-30
• 3 结果与分析30-64
• 3.1 CNV的遗传规律和多态性30-35
• 3.1.1 CNV的遗传规律30-35
• 3.1.2 拷贝数多态（CNP）的筛选35
• 3.2 CNP与鸡重要经济性状的关联性35-41
• 3.2.1 CNP与鸡生长性状的相关性36
• 3.2.2 CNP与鸡屠体性状的相关36
• 3.2.3 CNP与鸡肉质性状的相关36-41
• 3.3 与鸡生长性状相关CNP的功能分析41-51
• 3.3.1 候选CNP区域的qPCR验证41-43
• 3.3.2 候选CNP与邻近SNP的连锁不平衡分析43-45
• 3.3.3 在其他群体中筛选候选CNP变异个体45-51
• 3.4 鸡不同拷贝数变异基因SOX6的表达差异51-54
• 3.4.1 组织RNA的提取和反转录51
• 3.4.2 SOX6基因的mRNA在鸡的各组织中的特异性表达51-53
• 3.4.3 SOX6基因不同拷贝数类型之间mRNA的表达差异53-54
• 3.5 SOX6基因的克隆及生物信息学分析54-60
• 3.5.1 SOX6基因编码序列的克隆及测序54
• 3.5.2 不同物种间SOX6基因编码序列比对分析54-55
• 3.5.3 不同物种SOX6蛋白的系统进化树55-56
• 3.5.4 SOX6蛋白理化性质分析56-57
• 3.5.5 SOX6蛋白亲/疏水性分析57
• 3.5.6 SOX6蛋白磷酸化位点的预测57-58
• 3.5.7 SOX6蛋白二级结构的预测58
• 3.5.8 SOX6蛋白三级结构的预测58-59
• 3.5.9 SOX6蛋白无序区域的预测59-60
• 3.6 鸡SOX6在细胞水平的功能验证60-64
• 3.6.1 SOX6基因过表达载体的构建60-61
• 3.6.2 鹌鹑成肌细胞的培养61
• 3.6.3 鹌鹑成肌细胞的转染61-62
• 3.6.4 过表达SOX6对成肌细胞周期的影响62-63
• 3.6.5 干扰SOX6对候选功能基因表达的影响63-64
• 4 讨论64-72
• 4.1 CNV的遗传规律64-66
• 4.2 CNP与重要经济性状的关联分析结果66-67
• 4.3 候选CNP与邻近SNP的连锁不平衡67-68
• 4.4 鸡SOX6的组织表达差异分析68-69
• 4.5 不同拷贝数CNV对鸡SOX6基因表达的影响69
• 4.6 鸡SOX6基因促进机体的生长和发育69-70
• 4.7 SOX6蛋白理化性质和结构受基因的CNV影响70-72
• 5 结论72-73
• 致谢73-74
• 参考文献74-80

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前8条

1 额尔和花;龚炎长;吴高高;程圣启;丁伟;马丽娜;;鸡基因组拷贝数变异研究进展[J];中国家禽;2014年23期

2 黄淑云;施绍萍;邱建丁;;Tau蛋白丝氨酸磷酸化修饰位点的特征分析与识别[J];南昌大学学报(理科版);2013年03期

3 潘梦颖;马云;;家养动物拷贝数变异的研究进展[J];中国牛业科学;2012年06期

4 李健;林希冉;陈佳虹;张奕;陈家欢;张细权;;鸡1号染色体114701476-115068911区域与生长性状的关联分析[J];中国兽医学报;2012年09期

5 高凤华;卞立红;王守志;王启贵;唐志权;李辉;;鸡IGF1R基因多态性与生长和体组成性状的相关性研究[J];东北农业大学学报;2009年01期

6 马兆龙;邱勇;朱锋;朱泽章;王守丰;吴波;;SOX9、L-SOX5、SOX6及Ⅱ型胶原在青少年特发性脊柱侧凸患者顶椎终板软骨的共表达及意义[J];中国脊柱脊髓杂志;2008年08期

7 刘江莹;赵威;张志谦;;利用骨骼肌细胞高效表达人基质金属蛋白酶-9[J];中国生物化学与分子生物学报;2006年06期

8 袁虎;韩东一;郭维;王秋菊;;SOX5、SOX6基因在豚鼠耳蜗中的表达及意义[J];听力学及言语疾病杂志;2006年01期

，

本文编号：537649