德比沙门菌耐药性及分子流行病学特征研究

发布时间：2017-08-29 20:08

  本文关键词：德比沙门菌耐药性及分子流行病学特征研究

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【摘要】：本研究从广东省的农贸市场共采集391份动物性食品,分离得到279株沙门菌,沙门菌在样品中的分离率为71.34%,德比沙门菌26株,占总体沙门菌的9.32%。并从上海市收集133株德比沙门菌,其中含有74株人源德比沙门菌,59株动物性食品源德比沙门菌。本研究共计使用159株德比沙门菌为本研究所使用。本研究对159株德比沙门菌进行16种抗生素的药敏试验检测,结果显示98.11%(156/159)的德比沙门菌对抗菌药物有耐药性。耐药率最高的是四环素、磺胺异恶唑及链霉素,分别为88.05%、78.62%及58.49%。不同来源及不同地域的德比沙门菌菌群对部分抗生素的耐药情况存在差异:动物性食品源德比沙门菌对于链霉素的耐药性显著高于人源德比沙门菌;广东省的德比沙门菌菌群对于磺胺异恶唑的耐药性达到100%,显著高于上海市的德比沙门菌。而多重耐药性统计显示,菌群有50个耐药模式,3重及3重以上耐药的菌株达到总体菌群比例的69.81%(111/159),耐药性最严重的菌株达到11重耐药,德比沙门菌菌群多重耐药性情况严重且复杂。本研究对159株德比沙门菌进行了10种毒力基因检测,检测结果显示毒力基因avr A、bcf C、ssa Q、sii D、mgt C、sop B、sop E、sod C1、gip A和spv C的携带率分别为100%、100%、99.37%、98.74%、98.11%、98.11%、96.86%、95.60%、4.40%和0.63%,总体菌群中毒力基因模式“avr A-ssa Q-mgt C-sii D-sop B-sod C1-sop E-bcf C”携带率占84.91%(135/159)。存在上海德比沙门菌的毒力基因携带种类多于广东德比沙门菌菌群,毒力基因携带模式比广东德比沙门菌菌群复杂的情况,提示上海德比沙门菌的致病力可能强于广东德比沙门菌的。对159株德比沙门菌检测18个质粒不相容群,检测结果显示菌群携带有11个质粒不相容群,携带率最高的三个质粒不相容群为FIA、P和FIC,携带比例为50.94%、33.33%和28.30%。质粒不相容群携带模式统计结果显示,82.39%(131/159)的德比沙门菌携带质粒不相容群,无明显优势的携带模式,质粒不相容群携带数最多的菌株可达到6重。存在不同地域或不同来源对同一种质粒不相容群携带情况出现差异显著的情况,质粒不相容群HI1、HI2和P的携带率在不同来源的菌群中差异显著,质粒不相容群T、FIB和Frep B携带率在不同地域的菌群中差异显著,Y和FIIs只存在上海的动物性食品源德比沙门菌菌群中。159株德比沙门菌经Xba I酶切处理后进行脉冲场电泳,即PFGE分子分型,分型成功率为94.97%(151/159),共得到84个不同的PFGE基因型,德比沙门菌菌群PFGE分子分型相似度范围为65%-100%。按相似度85%进行PFGE基因分簇,得到11个基因簇,经统计可知存在不同地域、不同宿主、不同采集时间的菌株共享一个PFGE基因簇,乃至同一PFGE基因型的情况,说明德比沙门菌有跨时间、跨地域、跨宿主交叉传播的可能性。本研究毒力基因与质粒不相容群的携带情况与菌株相似度存在相关性,且所使用的毒力基因分型及质粒不相容群分型两种分型方法与作为标准的PFGE分子分型方法部分结果具有一致性,说明毒力基因分型方法及质粒不相容群分型方法有作为潜在分型方法的价值。德比沙门菌作为一种常见的沙门菌血清型,长期在各项关于沙门菌的研究中有前五位的分离率。但由于国内外对德比沙门菌的相关研究十分稀缺,导致德比沙门菌的耐药性、致病力及质粒携带等情况尚未明确。本研究对不同地域及不同来源的德比沙门菌菌群进行耐药性检测、毒力基因检测、质粒不相容群检测和PFGE分型,从结果分析并探究了德比沙门菌流行菌株的耐药性及分子流行病学特点。
【关键词】：德比沙门菌 耐药性 毒力基因 质粒不相容群 PFGE
【学位授予单位】：华南农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S852.61
【目录】：

• 摘要3-5
• Abstract5-8
• 本研究常用缩写词8-13
• 1 前言13-20
• 1.1 沙门菌概述13-14
• 1.1.1 沙门菌特性13
• 1.1.2 沙门菌的宿主范围及污染情况13
• 1.1.3 沙门菌流行与危害13-14
• 1.2 沙门菌的耐药性现状概述14-15
• 1.3 沙门菌毒力因子概述15
• 1.4 质粒不相容群分型概述15-16
• 1.5 脉冲场凝胶电泳技术概述16-17
• 1.6 研究目的及意义17-19
• 1.7 技术路线19-20
• 2 材料与方法20-39
• 2.1 材料20-30
• 2.1.1 样品采集与菌种来源20-23
• 2.1.1.1 采样采集20-21
• 2.1.1.2 上海市德比沙门菌菌株21-23
• 2.1.2 标准菌株23-24
• 2.1.3 培养基24
• 2.1.4 主要试剂24
• 2.1.5 实验耗材24-25
• 2.1.6 试剂的配制25-26
• 2.1.7 主要仪器26
• 2.1.8 药敏纸片26-27
• 2.1.9 引物27-30
• 2.1.9.1 沙门菌鉴定引物27-28
• 2.1.9.2 毒力基因引物28-29
• 2.1.9.3 质粒不相容群引物29-30
• 2.2 方法30-39
• 2.2.1 沙门菌分离鉴定30-33
• 2.2.1.1 样品的采集及预增菌处理30-31
• 2.2.1.2 沙门菌的分离31-32
• 2.2.1.3 沙门菌分离株的生化试验32
• 2.2.1.4 沙门菌分离株的血清型鉴定32-33
• 2.2.1.5 沙门菌的保存33
• 2.2.2 德比沙门菌的药敏实验33
• 2.2.3 德比沙门菌毒力基因及质粒不相容群的PCR检测33-35
• 2.2.3.1 DNA模板的制备33-34
• 2.2.3.2 毒力基因的PCR检测34
• 2.2.3.3 质粒不相容群的PCR检测34-35
• 2.2.4 PFGE分子分型35-37
• 2.2.4.1 细菌培养35
• 2.2.4.2 凝胶块的制备35-36
• 2.2.4.3 细菌的裂解36
• 2.2.4.4 洗胶块36
• 2.2.4.5 限制性酶切36
• 2.2.4.6 加样36-37
• 2.2.4.7 脉冲场电泳37
• 2.2.4.8 图像的获取37
• 2.2.4.9 图像的数据分析37
• 2.2.5 统计学数据分析37-39
• 3 实验结果及分析39-94
• 3.1 细菌分离鉴定结果39-40
• 3.2 德比沙门菌药敏试验结果及分析40-58
• 3.2.1 德比沙门菌菌株耐药情况40-52
• 3.2.2 德比沙门菌菌株耐药结果分析52-53
• 3.2.3 德比沙门菌多重耐药统计及分析53-58
• 3.2.4 德比沙门菌耐药情况小结58
• 3.3 德比沙门菌毒力基因检测结果58-71
• 3.3.1 毒力基因携带情况58-68
• 3.3.2 毒力基因检测结果分析68-69
• 3.3.3 毒力基因模式统计69-70
• 3.3.4 毒力基因检测情况小结70-71
• 3.4 德比沙门菌质粒不相容群检测结果71-86
• 3.4.1 质粒不相容群检测结果71-82
• 3.4.2 德比沙门菌质粒不相容群携带情况统计分析82
• 3.4.3 质粒不相容群携带模式统计82-85
• 3.4.4 质粒不相容群携带模式分析85-86
• 3.4.5 质粒不相容群检测小结86
• 3.5 德比沙门菌的PFGE分型结果及分析86-90
• 3.5.1 PFGE分型结果图谱86-90
• 3.5.2 PFGE分子分型结果分析90
• 3.5.3 PFGE分子分型小结90
• 3.6 德比沙门菌的分子流行病学相关性研究90-94
• 3.6.1 整理PFGE分子分型、毒力基因及质粒不相容群图谱结果90-92
• 3.6.2 毒力基因相关性分析92-93
• 3.6.3 质粒不相容群相关性分析93
• 3.6.4 德比沙门菌的分子流行病学相关性研究小结93-94
• 4 讨论94-103
• 4.1 德比沙门菌耐药结果讨论94-95
• 4.2 德比沙门菌毒力基因检测及毒力基因模式分型结果讨论95-97
• 4.3 德比沙门菌质粒不相容群检测及携带模式分型结果讨论97-98
• 4.4 德比沙门菌PFGE分子分型结果讨论98-99
• 4.5 PFGE分子分型及本研究中的毒力基因分型、质粒不相容群分型方法关系探究讨99-103
• 4.5.1 PFGE分子分型方法、毒力基因分型及质粒不相容群分型方法图谱对比99
• 4.5.2 德比沙门菌PFGE分型与毒力基因分型关系探究99-100
• 4.5.3 PFGE分子分型和质粒不相容群分型关系探究100-102
• 4.5.4 PFGE分子分型方法与本研究中毒力基因分型及质粒不相容群分型方法的关系探究小结102-103
• 5 结论103-105
• 致谢105-106
• 参考文献106-111
• 附录111-112

【参考文献】

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本文编号：755180