Toll样和RIG-I样受体基因序列变异与云南家牛地方品种间抗病力差异的关联分析

发布时间：2017-09-04 11:37

  本文关键词：Toll样和RIG-I样受体基因序列变异与云南家牛地方品种间抗病力差异的关联分析

  更多相关文章： 家牛 Toll样受体基因 RIG-I受体基因 遗传变异 抗病力

【摘要】：由于受云南复杂多样的自然生态环境和多民族的社会经济文化的长期影响,云南家牛地方品种经历了不同强度的自然选择和人工选择作用,形成了许多优良特性如抗病力强等。云南家牛地方品种由普通牛(taurine cattle)和瘤牛(zebu cattle)两种类型组成,除了明显的外形差异外,二者对多种动物疫病存在明显的抗病力差异。例如,普通牛比瘤牛对锥虫病(Trypanosomosis)有更强的抗病力,而瘤牛比普通牛对泰勒虫病(Theileriosis)和蜱虫感染(Tick infection)有更强的抗病力。而目前关于普通牛和瘤牛间抗病力差异的分子机理却知之甚少。鉴于此,我们选择了模式识别受体(Pattern recognition receptor, PRR)中具有代表性的TOLL样受体(TLRs)与RIG-I样受体(RLRs),探讨TLR家族的TLR3与TLR8和RLR家族的DDX58这3个基因的序列变异与云南地方品种间抗病力差异之间的联系。本研究选取了5个云南家牛地方品种共144个样本,包括昭通牛32个、文山牛30个、邓川牛30个、滇中牛20个、云南高峰牛32个,其中云南高峰牛为瘤牛类型,其余4个品种为普通牛类型。首先,测定了以上5个地方品种的TLR3, TLR8与DDX58三个基因的序列；其次,采用了群体遗传分析方法进行了遗传多样性分析、构建了中介网络图、检测了选择作用信号、开展了变异位点的功能预测分析；最后,探讨了重要序列变异位点与云南家牛地方品种间抗病力差异之间的联系。结果显示：云南高峰牛具有较低的遗传多样性,其余4个地方品种都显示出较高的遗传多样性；从中介网络图与单倍型分析中发现DDX58比TLR3与TLR8分化程度更大；检测的3个基因中仅TLR8在邓川牛、文山牛与昭通牛3个品种中受到了平衡选择作用：功能预测发现从普通牛到瘤牛发生的氨基酸替换大多为良性。此外,还发现重要序列突变位点在瘤牛和普通牛之间的分布频率存在显著差异(P0.05,卡方检验)。以上结果提示这3个模式识别受体基因的序列变异与云南家牛地方品种(特别是瘤牛与普通牛类型)间抗病力差异可能存在一定的关联。本研究为保护瘤牛品种资源及培育抗病力强的家牛新品种提供了遗传学依据。
【关键词】：家牛 Toll样受体基因 RIG-I受体基因 遗传变异 抗病力
【学位授予单位】：云南大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S823
【目录】：

• 摘要3-4
• Abstract4-9
• 第一章 研究背景9-25
• 1 云南家牛品种概况9-14
• 1.1 云南高峰牛10
• 1.2 邓川牛10-11
• 1.3 滇中牛11-12
• 1.4 文山牛12-13
• 1.5 昭通牛13-14
• 1.6 迪庆牛14
• 2 免疫相关基因研究进展14-24
• 2.1 模式识别受体(PRR)两大家族研究进展15-16
• 2.2 Toll样受体家族16-21
• 2.3 RLR家族介绍21-24
• 3 本实验的研究目的与意义24-25
• 第二章 材料与方法25-35
• 1 实验材料25-26
• 1.1 样品来源及外群选择25-26
• 1.2 实验仪器26
• 2 实验操作及方法26-32
• 2.1 DNA提取26-28
• 2.2 PCR扩增28-31
• 2.3 PCR产物检测31
• 2.4 测序反应31-32
• 3 数据处理与分析32-35
• 3.1 序列的编辑比对32
• 3.2 序列分析32
• 3.3 系统发育分析32-33
• 3.4 选择压力33
• 3.5 蛋白功能预测33
• 3.6 统计分析33-35
• 第三章 实验结果与分析35-63
• 1 TLR3基因结果分析35-45
• 1.1 TLR3基因单倍型分析35-37
• 1.2 TLR3基因单倍型核苷酸序列碱基组成37-38
• 1.3 TLR3基因中介网络图38-40
• 1.4 TLR3基因遗传多样性分析40-41
• 1.5 TLR3基因系统发育分析41-43
• 1.6 TLR3基因选择压力分析43
• 1.7 TLR3基因蛋白功能预测43-44
• 1.8 TLR3基因变异位点分布频率44-45
• 2 TLR8基因结果分析45-53
• 2.1 TLR8基因单倍型分析45-46
• 2.2 TLR8基因单倍型核苷酸序列碱基组成46
• 2.3 TLR8基因中介网络图46-49
• 2.4 TLR8基因遗传多样性分析49-50
• 2.5 TLR8基因系统发育分析50-51
• 2.6 TLR8基因选择压力分析51
• 2.7 TLR8基因蛋白功能预测51
• 2.8 TLR8基因变异位点分布频率51-53
• 3 DDX58基因结果分析53-63
• 3.1 DDX58基因单倍型分析53-55
• 3.2 DDX58基因单倍型核苷酸序列碱基组成55-56
• 3.3 DDX58基因中介网络图56-58
• 3.4 DDX58基因的遗传多样性分析58-59
• 3.5 DDX58系统发育分析59-60
• 3.6 DDX58基因选择压力分析60
• 3.7 DDX58基因蛋白功能预测60-61
• 3.8 DDX58基因变异位点分布频率61-63
• 第四章 讨论63-67
• 第五章 结论与展望67-69
• 1 结论67
• 2 展望67-69
• 参考文献69-77
• 致谢77-78

【相似文献】

中国重要报纸全文数据库 前2条

1 何德功;“RIG-I”可促进干扰素分泌[N];中国医药报;2004年

2 功;RIG-I酶可促进干扰素分泌[N];医药经济报;2004年

中国硕士学位论文全文数据库 前3条

1 杨阳;Toll样和RIG-I样受体基因序列变异与云南家牛地方品种间抗病力差异的关联分析[D];云南大学;2016年

2 胡跃;稳定表达鹅源RIG-I的鸡胚成纤维细胞系的构建及鉴定[D];吉林农业大学;2014年

3 丁娜;鹅RIG-I在抗NDV先天性免疫中的作用[D];中国农业科学院;2012年

，

本文编号：791320